Заиконоспасский монастырь основан в 1600 г. при царе Борисе Годунове. Обыкновенно назывался «Спас на старом месте», «Старый Спас на Песках» или « Спасский монастырь, что за иконным рядом».
По сведениям от 1610, 1626 и 1629 гг., в монастыре было две церкви, каменная и деревянная. Около 1660 г. монастырь пострадал от пожара, и по обещанию князя Ф.Ф. Волконского был выстроен двухэтажный храм, освященный 20 ноября 1661 г.
Около 1701 г. игумен Палладий (Роговский) устроил при втором этаже крытую галерею. При пожаре 1737 г. очень пострадала верхняя церковь. Возобновление сопровождалось некоторою переделкой, вследствие которой вид церкви потерял характер XVII ст. Освящение было 15 июля 1742 г., причем, по желанию императрицы Елизаветы Петровны верхний престол был переименован в честь Всех скорбящих Радости. Нижний храм называется Спаса Нерукотворенного Образа. Последнее значительное обновление, главным образом внутри, относится к 1851 г.
Нынешняя колокольня на месте прежней постройки 1743 г. выстроена в ХХ ст. по проекту архитектора З.И. Иванова; она представляет собою некоторое подражание колокольне Успенской церкви 1696 г. на Покровке. Монастырь называется ставропигиальным, что означает непосредственную зависимость от Св. Синода, такую же как и монастыри Симонов, Новоспасский и Донской.
В историческом отношении Заиконоспасский монастырь важен тем, что в нем с 1686 г. помещалась Академия, в которой слились все прежде бывшие высшие училища: Чудовское, Андреевское, Богоявленское и Типографское. Академия эта до 1700 г. была эллино-славянская, до 1775 г. славяно-латинская, до 1814 г. славяно-греко-латинская. С 1814 г. в Москве нет высшего богословского учебного заведения. Память о проповедях, которые произносили наставники и учащиеся Академии сохранилась в Скорбященской церкви в виде особой кафедры у левого клироса, имеющей вид позолоченного столпа.
«Указатель церквей и часовен Китай-города». Москва, «Русская Печатня», Б. Садовая, д. № 14, 1916 г.