У юго-восточного крыла собора, возле его апсид - каменная часовня в русском стиле над могилою вкладчицы монастыря и его инокини матери Рафаилы (А.А. Смирновой). Часовня-усыпальница над могилой монахини Рафаилы сооружена в 1893 г. по проекту И.Т. Владимирова.
По материалам сайта http://hist.msu.ru/3D/monastery-his-1.htm
Купчиха Акилина Алексеевна Смирнова (в иночестве — Рафаила) отдавала значительную часть своих средств на благотворительность. Так, в Зачатьевском монастыре на ее средства устроили и богато украсили придел в главном Казанском храме. В Казанской обители в селе Головине Московского уезда на её средства построили двухэтажный больничный корпус с церковью святой Акилины. Позже в Скорбященском женском монастыре Смирнова инициировала и профинансировала постройку собора Всемилостивого Спаса (Спасского Собора), где сама участвовала в его сооружении.
После кончины монахини в 1893 году, её похоронили при монастыре, а над могилой возвели часовню в её честь. Часовню установили у юго-восточного крыла Спасского Собора. Упомянутое культовое сооружение возвели в русском стиле с мраморным иконостасом. Эта могила положила начало кладбищу Скорбященского монастыря (открытого в 1894 году).
В советские годы монастырь закрыли и разрушили. Из немногих монастырских построек чудом уцелела находящаяся рядом со Спасским Собором часовня монахини Рафаилы.
В 1982 году внутри часовни всё было разгромлено, были видны следы пожара. К 1990 году её отремонтировали, провели реставрационные работы. Сделали жестяное покрытие. Шпиль культового сооружения увенчали позолоченным православным крестом. Совсем рядом, на бывшей монастырской территории, ныне высится современный 10-этажный учебно-лабораторный корпус Станкина, построенный сравнительно недавно. На его фоне часовня Монахини Рафаилы в Скорбященском монастыре смотрится несколько необычно. Свободного доступа к указанному культовому сооружению, к сожалению, нет. Попасть к Часовни можно только с территории института, занимающего значительную часть территории бывшего женского монастыря.
Ныне надгробная часовня монахини Рафаилы – одно из немногих уцелевших культовых сооружений бывшего Скорбященского женского монастыря (г. Москва). Скоро исполнится 130 лет с даты её сооружения. Её заново покрасили и увенчали позолоченным православным крестом. Ныне часовня является объектом культурно-исторического наследия.
https://monastyri-moskvy.ru/chasovni/chasovnja-monahini-rafaily-v-skorbjashchenskom-monastyre-moskva/