С 1620 года на этом месте была известная приходская церковь для слободы столешников. В 1657 году был выстроен новый каменный пятиглавый храм с шатровой колокольней. Трапезная и шатровая колокольня построены в 1699-1702 гг., примерно того же времени и три придела: мц. Варвары, Пафнутия Боровского, Николая Чудотворца. В 1836–1841 гг. церковь была обстроена, трапезная увеличена. Были переложены апсиды.
В 1927 г. церковь была закрыта, а в 1929 г. снесена. С 1950-х гг. и до 1992–1993 гг. на месте храма была стоянка автомашин. Нынешняя часовня построена в 1997 г. на фундаменте разрушенного храма. Освящена к 850-летию Москвы. Часовня приписана к Богородице-Рождественскому монастырю.
Церковь Рождества Пресвятой Богородицы, что в Столешниках, известная в народе как Богородицкая, ведёт свою историю с 1620 г. Она была построена в качестве приходского храма для жителей слободы столешников-столяров, находящейся в те времена на этом месте.
В 1657 г. на частично сохранившихся стенах этого древнего храма была возведена новая каменная церковь. В конце XVII – начале XVIII вв., в 1699-1702 гг., к этому храму были пристроены большая трапезная, шатровая колокольня и три придела: во имя мученицы Варвары, Пафнутия Боровского и Николая Чудотворца. В этом виде церковь представляла собой здание с большими апсидами, увенчанное традиционным пятиглавием. Своим внешним видом она напоминала облик соборной церкви, расположенной в боровском Пафнутьевском монастыре.
В 1836-1841 гг. храм снова подвергся перестройке. В результате расширена трапезная, апсиды переложены, приделы главного здания подверглись серьёзной реконструкции – церковь увеличилась в размерах и несколько расплылась. К счастью, старая шатровая колокольня, которая с момента своей постройки являлась украшением храма, осталась не затронутой никакими реконструкциями. В таком виде церковь простояла до 1925 г., в котором была отремонтирована. Обследования, проведённые во время этого ремонта, выявили хорошо сохранившиеся древние декоративные детали, скрытые под толстым слоем штукатурки, изуродовавшей древний изящный облик здания храма. Учёные пришли к выводу, что после реставрации церковь можно было бы сохранить как ценный памятник российского зодчества.
Однако в 1926 г. Московский комитет партии большевиков при поддержке Моссовета инициировал снос церкви, аргументируя необходимость принятия такого решения тем, что храм оказывает серьёзные помехи уличному движению в этом районе. Несмотря на просьбы представителей культуры, науки, архитектурного сообщества и многочисленные письма горожан о сохранении церкви в качестве ценного исторического памятника, летом 1927 г. Президиум ВЦИК РСФСР разрешил снести церковь, а уже осенью этого же года была разобрана.
С конца пятидесятых до середины девяностых годов двадцатого столетия на месте бывшего храма располагалась автостоянка. В 1997 г. эту парковку ликвидировали и на этом месте, по адресу улица Петровка, 13, возвели памятную часовню, которую приписали к Богородице-Рождественскому монастырю.