Каменная церковь на южных святых воротах монастыря еще в конце XVII века освящена в честь св. Иоанна Богослова. Однако после пожара в 1815 г. надвратная церковь сильно пострадала, и в 1820 г. разобрана и вновь восстановлена трудами игуменьи Софии (княжны Болховской). В 1825 г. господа Пушкины пожертвовали 550 рублей на внутреннее устройство Софийской церкви. И уже в 1826 г. она была освящена в честь св. мцц. Веры, Надежды, Любови и матери их Софии. В 1857 г. были вновь окрашены стены и крыша церкви, а через год в июле была поставлена новая глава храма взамен ветхой. 30 декабря 1863 г настоятельница монастыря игуменья Дорифея представила Казанскому архиепископу Афанасию проект «О разборе Софийского храма с трапезным корпусом за ветхостью и теснотою и постройкою нового двухэтажного корпуса с устройством в нем церкви во имя св. мц. Софии, общей трапезной и больницы». Однако, в связи с кончиной игуменьи Дорифеи и за неимением средств этот проект остался надолго неисполненным, а в последствии даже был кардинально изменен.
8 января 1866 г. игуменья Каллиста заявила строительному Комитету по постройке нового каменного корпуса, что «монастырь может только тогда приступить к означенной постройке, когда будет иметь на этот предмет, по крайней мере, половинное количество сметной суммы». Другой настоятельнице монастыря игуменье Анфие Указом от 16 октября 1867 г было предписано «употребить все зависящие меры к начатию столь необходимой для монастыря постройки, т. е. больничного корпуса с церковью и изысканию к тому средств». В виду того, что и новая настоятельница отозвалась неимением наличных денег на выполнение этого Указа, Духовная Консистория предписала строительному Комитету в марте 1870 г. приостановить свои действия. Деньги, оставшиеся от неудавшегося проекта, иг. Анфия передала на закупку воска для свечного завода, который находился на территории монастыря и приносил хороший доход. В 1883 г. игуменья Дорофея заменила предложенный в 1863 г проект о разборке Софийского храма с трапезным корпусом и справа от него начала постройку нового каменного корпуса с храмом в честь Воздвижения Креста Господня. Таким образом, надвратная Софийская церковь, в течение двадцати лет ожидающая реконструкции и сноса, вопреки всему простояла еще более сотни и стоит до сих пор.
Из брошюры А. Малов «Софийская надвратная церковь» КДС. - Казань, 2000 г.