Торжественная закладка больничной церкви прп. Елисаветы Чудотворицы была совершена в 1860 году. В 1877 году работы по возведению церкви и других построек монастыря были практически завершены, но в их ход вмешалась русско-турецкая война. Все работы были преостановлены. Освящена церковь была в октябре 1879 года прп. Пименом Угрешским. Больничный корпус и больничная церковь связаны сводчатыми галереями с восточной стороной монастырского собора.

Закрыта в феврале 1927 года. Сначала там находился клуб, позднее службы теплосети будущего ОАО "Мосэнерго". Помещение церкви находилось в аварийном состоянии.

Возвращена РПЦ в 1990 году. Реставрирована и освящена в апреле 1995 года.

Церковь праведной Елисаветы при кельях игуменьи, с востока от собора"Освящена 4 октября 1879 г., построена вместе с собором и всем монастырем М. Д. Быковским. Названа по именинам (24 апреля) Елизаветы Алексеевны Макаровой-Зубачевой, скончавшейся 31 марта 1858 г. и оставившей деньги на восстановление обители. Открытие монастыря было как раз в день освящения Елизаветинской церкви. Закрыли ее в 1925 г.

Ныне храм - обезглавлен, выделяется лишь алтарной абсидой, отходящей к востоку от корпуса келий. Эта часть монастыря отгорожена от владений безымянной конторы и занята "I районом эксплуатации теплосети Мосэнерго". На восточной стороне келий у второго окна с севера от церкви на стене находится граффити: "ПЕТР ГЕРМОГЕНОВИЧ СКВОРЦОВ 1829-1919", написанное углем и обведенное рамкой. Согласно адресным книгам "Вся Москва" на 1908 и 1916 гг. в монастыре был диакон Алексей Петрович Скворцов - вероятно, сын погребенного здесь. Жил он тут же в монастырском доме, а работал еще и законоучителем 2-го Мещанского училища.