Решение о строительстве церкви в 1849 году утвердил император Николай I при посещении университета (в то время Константиновского межевого института). Строительство завершено в 1869 году, тогда же храм был освящен викарием Московским Леонидом. В 1922 году Моссовет закрыл домовой храм и церковный ансамбль был разрушен.
В 1999 году было принято решение создания домовой церкви, пробразом которой стал упомянутый храм Константиновского межевого института. 6 июня 2001 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил малое освящение домовой церкви по имя святых равноапостольных Константина и Елены при Государственном университете по землеустройству.