В 1885 году в жизни Саратовской семинарии произошло важное событие — семинария переехала в новое здание на углу улиц Александровской и Малой Сергиевской (теперь пересечение улиц Горького и Мичурина).
Отношение к проекту здания семинарии имели два архитектора: А.М. Салько и Н.Н. Марков. Проект нового семинарского комплекса, в который входил и домовый храм семинарии, составил синодальный архитектор Николай Никифорович Марков. Смету на построение здания «Духовной православной семинарии и иконостаса и росписи церкви в здании семинарии» подготовил знаменитый саратовский архитектор Алексей Маркович Салько. Он же был и архитектором-производителем работ при строительстве самого здания. Здание семинарии было построено в характерном для эпохи императора Александра III эклектическом стиле. В фасаде здания вместо лепных украшений используется кирпичный декор, который восходит к средневековым русским и византийским прототипам.
Активным членом Комитета по строительству нового здания семинарии был преподаватель Александр Иванович Заборский, который стал первым ректором семинарии после ее переезда в новое здание.
Как и во всяком духовном учебном заведении Русской Православной Церкви центром духовной жизни и воспитательного процесса в деле подготовки будущих пастырей Церкви стал храм семинарии. Домовая церковь апостола и евангелиста Иоанна Богослова была освящена 6 октября 1885 года епископом Саратовским и Царицынским Павлом (Вильчинским). Храм находился в середине здания, в бельэтаже высотою в два этажа, занимая обширную и почти квадратную территорию. В храме имелся резной дубовый иконостас, иконы в который написал художник Лев Степанович Игорев.
Имеется историческое свидетельство о посещении в 1891 году здания новой семинарии обер-прокурором Святейшего Синода К.П. Победоносцевым, на которого семинарский храм произвел «весьма приятное впечатление своей изящной простотой (иконостас дубовый без позолоты) и художественным стилем иконной живописи».
Интересным историческим пресечением между храмом Саратовской семинарии и храмом Санкт-Петербургской семинарии стало не только то, что они были освящены в честь апостола и евангелиста Иоанна Богослова и фактически были спроектированы одним и тем же архитектором Н.Н. Марковым, но и то, что при них действовали братства помощи неимущим студентам.
После октябрьского переворота 1917 года была реквизирована большая часть семинарских помещений и имущества, а в сентябре 1918 года семинария была закрыта. После закрытия духовной школы в 1918 году храм был разгромлен. Здание семинарии было передано Педагогическому институту. Помещение храма было разделено межэтажным перекрытием и в нем были устроены учебные аудитории.
В 2008 году здание семинарии передано в безвозмездное пользование Саратовской Епархии Русской Православной Церкви, после чего началась его реконструкция. 9 октября 2013 года, в день памяти апостола и евангелиста Иоанна Богослова, в возрожденном семинарском храме была совершена первая Божественная литургия. В день престольного праздника Литургию возглавил Митрополит Саратовский и Вольский Лонгин ему сослужили преподаватели семинарии в священном сане.