Построен монастырский храм в 1897 году по проекту архитектора Петра Митрофановича Зыбина (1857–1918). Постройка каменной церкви-школы для детей железнодорожных служащих станции Саратов-II была приурочена к памяти бракосочетания Их Императорских Величеств Государя Императора Николая Александровича и Государыни императрицы Александры Федоровны на средства, пожертвованные Рязанско-Уральской железной дорогой и ее служащими. Строительство было начато в 1896 году, а уже в декабре 1897 года священник Иоанно-Предтеченской церкви Александр Траецкий сообщал Преосвященному Николаю (Налимову; †1914), епископу Саратовскому и Царицынскому, что строение полностью готово, не хватает лишь иконостаса.
25 июля 1898 года последовало торжественное освящение новопостроенного храма. Первоначально Николаевско-Александрийский храм был приписан к расположенной неподалеку Иоанно-Предтеченской церкви, однако в ноябре 1898 года по прошению Преосвященного Николая Святейший Правительствующий Синод благословил открыть при храме отдельный приход, к которому были причислены все рабочие и служащие РУЖД и станции Саратов-II. Престолов в храме было два — во имя святителя Николая, архиепископа Мирликийского Чудотворца, и во имя святой мученицы царицы Александры. В штате причта состояли священник и псаломщик-диакон, квартира причта с отоплением и освещением предоставлялась от общества РУЖД. При церкви имелись мужское и женское двухклассные училища и техническое железнодорожное училище.
3 августа 1923 года комиссией Губисполкома храм был закрыт. Рязано-Уральская железная дорога была национализирована и передана НКПС еще в сентябре 1918 года. Здание церкви-школы сохранилось, были лишь сняты кресты с купола и звонницы и снесена маковка с купола храмовой части. Сам купол уцелел благодаря техническому новшеству, примененному при строительстве храма: по проекту П. М. Зыбина купол был сделан железобетонным монолитом, и разрушить его можно было только взорвав. Однако при взрыве неминуемо пострадала бы и остальная часть здания, что было сочтено нецелесообразным. В результате внешний облик храма практически не пострадал. В учебных корпусах размещались поочередно фабрично-заводское училище, ремесленное училище, общежитие, СПТУ-4, ПУ-33 (ПТУ-33).
21 декабря 1991 года Отделом юстиции Саратовского облисполкома была зарегистрирована община храма во имя святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских. Храмовую часть, в которой находился спортзал Саратовского совета физкультурно-спортивного общества «Юность России», формально возвратили Саратовской епархии 5 августа 1993 года, 14 марта 1994 года, в первый день Великого Поста, приходской совет принял храм святителя Николая практически.
24 апреля 1994 года Преосвященный Нектарий (Коробов; †1994), епископ Саратовский и Вольский, совершил Чин великого освящения восстанавливаемого храма и первую Божественную литургию. Престолы монастырского храма: главный — во имя святителя Николая Чудотворца, архиепископа Мир Ликийских, в приделе во имя святой мученицы царицы Александры Римской.
В середине 1990-х годов в Саратовской епархии не было ни одного мужского монастыря, хотя в епархии проживало около 10 монахов. Назрела необходимость учреждения монастыря и для размещения его было выбрано бывшее здание профтехучилища. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II благословил открытие в Саратове мужского монастыря, и постановлением Священного Синода от 25 декабря 1997 года было преподано благословение на преобразование Свято-Никольского прихода г. Саратова в Свято-Никольский мужской монастырь.
В 2007 году в храме были произведены ремонтные работы. Демонтирован старый и установлен новый купол храма. Установлен иконостас в приделе мученицы царицы Александры Римской. Реконструирована звонница. В 2008 году ремонтные работы были продолжены.
В монастыре находится особо чтимая верующими икона святителя Николая, пожертвованная в Никольский храм в середине 1990-х годов. Для нее в 2005 году были изготовлены новые риза и киот. Почитаемой святыней монастыря является также Козельщанская икона Божией Матери.
Монастырские иконописцы написали ряд икон, в которые были вложены частицы мощей святых угодников Божиих: святителя Иоанна Златоуста, преподобного Павла Фивейского, Санаксарских подвижников преподобного Феодора, праведного воина Феодора (Ушакова) и преподобноисповедника Александра, святителя-песнотворца Афанасия (Сахарова), преподобномученика Никиты Столпника, преподобного Амвросия, старца Оптинского, и одного из святых отцов, убиенных в 796 году в Лавре св. Саввы Освященного.
15 июля 2004 года указом Епископа Саратовского и Вольского Лонгина близ села Криволучье Балаковского района Саратовской области, на берегу реки Иргиз, где некогда располагался Нижне-Воскресенский единоверческий мужской монастырь, было учреждено подворье Свято-Никольского монастыря Саратова. Его настоятелем, по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, стал иеромонах Максимилиан (Кононенко), насельник Свято-Троицкой Сергиевой Лавры.
27 декабря 2005 года восстанавливаемый Нижне-Воскресенский мужской монастырь на Иргизе постановлением Священного Синода был выделен в самостоятельный монастырь.
По материалам Информационно-аналитического портала Саратовской митрополии
30 сентября 2011