Приходская церковь во имя Иоанна Богослова находилась за Земляным валом в городском предместье, называемом «Горки», видимо, по небольшому возвышению на местности. Известно, что в XVII веке здесь существовал царский кружечный двор - учреждение, осуществлявшее монополию государства на производство и продажу спиртных напитков. Первое известное упоминание Богословского храма датируется к 1631 г., однако построение на этом месте деревянной церкви относится к XVI веку, «именно к тому времени, когда в Рубленом и Земляном городах, по случаю прибыли народонаселения, стало недостаточно мест для прибывающих жителей, и они начали селиться за валом, по берегам Волги и Которосли и по всему пространству, находящемуся между сими реками, где основались посады и слободы, и в них устраивались церкви, в том числе и Богословская».

К середине XVII века здесь существовали две деревянные церкви - одна во имя Св. Апостола и евангелиста Иоанна Богослова, другая во имя Иоанна Милостивого, патриарха Александрийского. Вместо первой из них, сгоревшей или за ветхостью разобранной, прихожане выстроили каменную одноэтажную четырехстолпную церковь во имя Иоанна Богослова, освященную в 1679 г., с отдельно стоящей колокольней. В южной апсиде алтаря был устроен придел во имя Алексия человека Божия. Затем была разобрана и деревянная церковь Иоанна Милостивого, вместо которой у Богословской церкви был надстроен второй каменный этаж, где разместилась бесстолпная летняя церковь во имя иконы Живоначального Источника Божией Матери. Освящение ее произошло в 1700 г. В XVIII веке с запада, со стороны входа, была пристроена каменная паперть. В 1740 г. в верхней церкви был устроен четырехъярусный иконостас вместо старого тяблового, а в 1827 г. он был заменен новым резным золоченым. Вскоре после обретения мощей святителя Дмитрия Ростовского в алтаре верхней церкви на южной стороне вместо предполагаемого придела во имя Иоанна Милостивого в 1759 г. был устроен придел во имя новоявленного чудотворца Дмитрия, митрополита Ростовского.

Полы в обеих церквах были чугунные, лестница, ведущая в верхнюю церковь, была сделана из белого камня. В 1815-1818 гг. летний храм Живоначального Источника был расписан стенной живописью ярославским художником Федором Васильевым Банщиковым с товарищами. В 1830 г. снаружи под навесом кровли с четырех сторон в 12 клеймах были написаны сцены из житий Божией Матери, Иоанна Богослова и Дмитрия Ростовского. В 1849 г. нижняя теплая Богословская церковь была «по стенам и сводам в приличных местах от кочта прихожан расписана стенною живописью, изображающею св. события Ветхого и Нового Завета, украшенные арабесками». Есть основания полагать, что первоначально храм был украшен стенной росписью еще в XVII веке. В 1853 г. в приделе Алексия человека Божия теплого храма был установлен резной золоченый иконостас. Колокольня находилась к югу от церкви. Она представляла собой восьмигранный шатер, сооруженный на четырехугольном основании. На ней находилось 8 колоколов общим весом 205 пудов. Вокруг храма в 1819 г. была устроена каменная ограда.

В 1934 г. церковь закрыта. Снесена предположительно в 1934-1935 гг.

А.И.Шемякин

«…Св. апостола и евангелиста Иоанна Богослова церковь приходская, двухэтажная, каменная. В верхнем этаже престолы: 1-й во имя Живоносного Источника (в пяток Светлой Пасхальной седьмицы); 2-й (придел) во имя св. Дмитрия Ростовскаго Чудотворца (21-го сент.), устроенный в 1759 году. В нижнем этаже престолы во имя св. Иоанна Богослова (8-го мая, 26-го сент. Во имя Св. Алексия Человека Божия).

Церковь построена в 1679 г. тщанием и усердием прихожан, вместо деревянной. О Богословской церкви есть упоминание в 1631 г. Тогда на месте ея были две деревянныя церкви: Иоанна Богослова и Иоанна Милостиваго. Алтарь отделен от трапезы в зимней церкви капитальною стеной. Иконостас состоит из древних икон 17 века.

Церковной земли, обнесенной оградой, 70 кв. саж. и 1 арш. При церкви для жительства причта двухэтажный полукаменный дом. Капитала церковнаго 25.334 руб. Количество душ в приходе мужч. 326 и жен. 329. Имеется приходское попечительство. По штату положено быть свящ. и псал. Причтов. капит. 16884 р…»

Рыбин К.Г. «Краткие сведения о монастырях и церквах Ярославской епархии. - Ярославль: тип. Губ. земск. управы, 1908 г., стр. 37.

Краткие сведения о монастырях и церквах Ярославской епархии - Рыбин, Константин Григорьевич - Cистема онлайн-просмотра (rsl.ru)