Основание Спасо-Пробоинской церкви произошло 25 мая 1612 г. на месте обретения чудотворной иконы Нерукотворного Спаса. Начало XVII в. - тяжелейшее для страны время Смуты, польско-литовской интервенции, самозванства: «бедственно было тогда состояние земли Русской… Поляки уже засели в Москве как победители и истребляли последнее имущество разоренных жителей; ежедневные убийства обагряли стогны и поля; трупы непогребенные видимы были на распутиях; жены и девы похищаемы были из недр семейств и с наглою дерзостию лишаемы были чести и жизни; законы опровержены, правосудие уничтожено; Вера попрана, святыня поругана. Все дышало унынием, на все простерся мрак горести и отчаяния».
История явления иконы Спаса Нерукотворного в 1612 г. и чудес, происходивших от святыни, обстоятельства построения во имя ее сначала деревянной, а затем каменной церкви изложены в «Сказании об иконе Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа Нерукотворенного Образа, называемого обыденного, иже есть во граде Ярославле на Ильине улице близ монастыря Александрийских чудотворцев Афанасия и Кирилла». Текст этого памятника посадской литературы сохранился в четырех списках XVIII-XIX в.в.
В конце марта 1612 г. для окончательного сбора сил в Ярославль прибыло народное ополчение во главе с Дмитрием Пожарским и Козьмой Мининым. От большого скопления войск в городе началась моровая язва. Согласно сказанию, жители, находясь в «недоумении» по поводу настигшего бедствия, 15 мая обратились к протоиерею Успенского собора Илье. Для избавления от болезни было решено прибегнуть к главной защитнице города - чудотворной иконе Толгской Богоматери - и «с той иконой около града Ярославля учинить крестное хождение о освобождении от той напасти смертоносной». Накануне назначенного дня, 23 мая 1612 г., протопопу Илье случилось «сонное видение», в котором ему повелевалось взять в крестный ход икону Спаса Нерукотворного, находившуюся в часовне близ деревянной церкви Афанасия и Кирилла. Когда священник нашел образ, много лет пребывавший в забвении, он усомнился в истинности указания свыше, ибо под толстым слоем пыли даже не увидел лика. Ночью ему опять было видение: явилась икона, повторив указание «с нею по граду ходити и с молебным пением совершати литии». Утром участники крестного хода взяли из часовни образ, и, когда священная процессия поравнялась с Ильинским храмом, произошло первое чудо от новоявленной святыни: икону пронесли над нищим слепцом, просившим «милостыню от христолюбивых подателей», — и он прозрел. По этому поводу протоиерей Аристарх Израилев, посвятивший несколько работ различным страницам церковной истории Ярославля, заметил: «Вот пример, достойный подражания, - подходить и других подводить под святые иконы, когда их несут куда-либо с крестным ходом».
Второе чудо от иконы Нерукотворного Спаса произошло в этот же день: по совершении крестного хода шествие направилось в Успенский собор, но, когда поравнялось с часовней, «тайная сила остановила несших чудный образ; никак не могли они двинуться с места». Восприняв произошедшее как знамение, «ибо возлюбил Господь это место», горожане решили построить около часовни церковь во имя иконы Спаса Нерукотворного. На следующее утро в Ярославль прибыл митрополит Ростовский Кирилл (IV), он благословил соорудить общими силами деревянную церковь, освятил ее этим же вечером и поставил в нее чудотворную икону. Во время освящения храма от чудотворного образа «многим излияся благодать Божия: слепым, хромым, и всякими недугами страждущии здравие получиша». Язва вскоре прекратилась. Церковь, построенную в один день, стали называть обыденной. По преданию, во вновь построенной церкви перед чудотворной иконой Спаса в числе первых молились Козьма Минин и Дмитрий Пожарский. По словам Н.Г. Первухина, «последняя надежда Руси - ополчение чуть было не погибло» в Ярославле, но, «укрепленное чудесным знамением, двинулось спасать Москву и родину».
В 1613 г. новое бедствие постигло ярославские земли - засуха настолько сильная, что «во все лето не бысть дождя, ни же росы, и от жару солнечного все древа аки опалены зряхуся, и ни же какого-либо овощия и плода земля произрастила». Только по совершении 8 июля крестного хода с иконой Спаса Нерукотворного и молебна Илье Пророку «в самое всенощное бдение дождь превелий ниспаде, винограды и древа и всякое овощие проросли и плод сотвориша, и преста бездождие».
Новое чудо от святыни произошло в 1614 г., когда «учинися пожар велик во граде Ярославле». Спасо-Пробоинский храм, как многие другие деревянные церкви, во время пожара сгорел, но чудотворный образ был найден на пепелище неповрежденным. Ещё дважды в XVII в. «церковь древяна во имя Всемилостивого Спаса Нерукотворенного Образа» погибала в огне, в 1658 и 1670 г.г., но каждый раз отстраивалась вновь, и «в сих такожде пожарах сия святая пречудная Всемилостивого Спаса икона пребываше невредима».
В 1615 г. земский староста Гавриил Мякушкин при поддержке «других усердных ревнителей святого дела» обратился к ростовскому митрополиту Кириллу (Завидову) за благословением к основанию обители на священном для горожан месте, где была обретена икона. Так рядом со Спасо-Пробоинским храмом возник Афанасиевский монастырь. В 1696 г. прихожане, видя, «яко тщету велию претерпевают в лишении храма сего Всемилостивого Спаса от огненного возгорения», решили построить каменную церковь и 5 июня обратились по инициативе земского старосты Ивана Мякушкина за благословением к митрополиту Ростовскому Иоасафу. В ответной грамоте от 26 июня владыка распорядился «на новую церковь кирпич и известь и песок и всякие припасы готовить и построить новую церковь Божию каменную во имя Всемилостивого Спаса Нерукотворенного образа на старом церковном месте, подався немного на восток. А верх бы на той каменной церкви был по чину прочих церквей, а не шатровой, и алтарь сделать круглой тройной, а в церкви по алтарной стене царские двери были [бы] посреди, а по правую их сторону - южные, а [по] левую северные, а подле царских дверей по правую сторону меж южных в начале поставить образ Всемилостивого Спаса, а подле Спасова образ настоящего того [Спаса Нерукотворного] храма, а по левую сторону… в начале поставить образ Пресвятой Богородицы и иные образа по чину».
Как только была «с помощью всесильного Бога церковь сия создана и всяким благолепием украшена», образ Нерукотворного Спаса поставили справа от царских врат. Сказание завершается словами: «…многие же и поныне источаются от сей святой иконы чудеса во исцеление всяких недугов и скорбей с верою приходящим». В «Книге достопамятностей» храма сохранились имена ярославцев, получивших исцеление от святыни в XIX веке: Иван Семенович Соболев, Александра Ивановна Лопатина, Никанор Васильевич Урядов, и уже в XX - Семен Максимович Лоханин.
По преданию, каменная Спасо-Пробоинская церковь была освящена в 1705 г. митрополитом Димитрием Ростовским. Священник Константин Соловьев заметил: «Это предание подтверждается, во-первых, тем, что в храме имеется антиминс, священнодействованный святителем Димитрием; во-вторых, тем, что в 1705 году… святитель был в Ярославле два раза: в июне и в июле».
Главный престол храма был освящен во имя иконы Нерукотворного Спаса, придел в алтарной части - во имя апостола Андрея Первозванного, теплый придел в трапезе - во имя Павла Фивейского и Иоанна Кущника.
О времени и мастерах стенописей сообщает храмозданная надпись: «1741 г. месяца июния в 8-й день начата бысть сия св. церковь писатися стенным и иконным писанием… А трудившиеся во святей сей церкви ярославские иконописцы Алексей Иванов [Сопляков] с сыном Михаилом. Иван Никитин с братом с Иваном Горины. Андрей Емельянов с детьми Афанасием да Иваном. Алексей Данилов. Матфей Никитин. Иван Степанов. Подписи писал церкви Леонтия епископа Ростовского чудотворца поп Борис Федоров… совершися же того же лета сентемвриа во 2-й день». В 1875 году фрески были вновь прописаны «в совершенно другом характере». К 300-летнему юбилею храма, в 1911 г., поздний слой смыли и восстановили первоначальную живопись.
В марте 1798 г. Леонтий Осипов Суконкин, крестьянин деревни Таланово Ярославского уезда, для теплого придела преподобных Павла Фивейскаго и Иоанна Кущника обязался исполнить новый резной иконостас, царския врата и «всё без изъятия вызолотить».
Спасо-Пробоинский храм неоднократно подвергался переделкам: в 1831-1832 г.г. у его западного фасада соорудили теплую трапезу, а в ней устроили церковь, сохранившую посвящение придела - Павла Фивейского и Иоанна Кущника; шатровую колокольню заменили новой, трехъярусной по проекту архитектора П.Я. Панькова (в 1930 г. снесена, в 2018 г. воссоздана).
В 1873 г. теплый и холодный храмы были соединены. В 1909-1911 г.г. церковь вновь подверглась значительным изменениям: к трапезной части с южной стороны пристроили по проекту архитектору А. А. Никифорова еще один придел, освященный во имя преподобных Серафима Саровского и Александра Ошевенского. Финансирование работ начал Иван Александрович Вахромеев, а после его кончины завершил сын, Александр Иванович.
Главной ценностью Спасо-Пробоинского храма являлась чудотворная икона Нерукотворного Спаса, она была особо почитаема ярославцами: «Нет почти ни одного случая семейного, радостного ли или печального, при котором они не обращались бы к сему чудотворному образу с молитвою прошения и благодарения». Как выглядело раннее убранство иконы Спаса Нерукотворного, сведений не сохранилось, а в 1867 г. она получила новое обрамление. «Ковчег, риза и венец сделаны мастером серебряных и золотых дел ярославским купцом Василием Е. Рословым, а украшение оных жемчугом и драгоценными каменьями сделано монахинею Ярославского Казанского монастыря Маврикиею по рисунку, одобренному Его Высокопреосвященством (архиепископом Нилом)». Для участия в крестных ходах святыня помещалась в специально сделанный киот. В летнее время образ Спаса ставили справа от царских врат в холодной церкви, а зимой его переносили в иконостас теплой.
В свои храмовые праздники многие ярославские приходские церкви принимали икону Спаса Нерукотворного (вместе с чудотворной иконой Толгской Богоматери, когда та находилась в кафедральном Успенском соборе). Порядок был такой: накануне праздника горожане направлялись из своего храма с крестным ходом в собор, брали Толгскую святыню, а на обратном пути присоединяли к торжественному шествию образ Спаса. Кроме того, икону Нерукотворного Спаса ставили в определенные дни и в торговых рядах, и в домах горожан.
Ежегодно в храмовый праздник, 24 мая, из Спасо-Пробоинской церкви совершался крестный ход с наиболее чтимыми чудотворными иконами города - Нерукотворного Спаса, Толгской и Смоленской Богоматери. Этот крестный ход был официально установлен по просьбе горожан в 1867 г., текст ходатайства приведен в книге священника Иоанна Соловьева: «24 мая 1612 года обретен был образ Нерукотворенного Спаса, и в то число совершен был крестный ход кругом Земляного города с чудотворными иконами Нерукотворенного Спаса и Богоматери Толгской. Граждане города Ярославля, в воспоминание этого дня, желали бы и ныне каждогодно совершать крестный ход из Спасо-Пробоинского храма, если не кругом всего Земляного города, то, по крайней мере, кругом того места, которое занимал Ярославль в 1612 году. А так как известно, что город Ярославль граничил тогда с восточной стороны р. Волгою, с южной - Которостию, с северной и западной - земляным валом, который проходил от нынешнего Семеновского съезда к Власьевской башне и от сей последней к Угличской до р. Которосли, - то ярославское градское общество, дабы сохранить навсегда в жителях Ярославля память бывшего в помянутый день чудодейственного хода и последующих затем чудесны знамений от образа Спасителева, и постановило: просить Епархиальное начальство, чтобы оно разрешило каждогодно 24 мая совершать крестный ход из Спасо-Пробоинской церкви вокруг того места, где был земляной вал, а именно: по набережной к Стрелецкому бульвару, оттуда по Стрелецкой улице к Спасскому монастырю, а от монастыря берегом р. Которости к Спасонагородской церкви, отсюда же по Пробойной линии на Ильинскую площадь и в местную церковь». Среди подписавшихся под «сим приговором» имелись имена потомственных почетных граждан Ярославля, купцов первой и второй гильдий, оставивших значительный след в истории города - Вахрамеевых, Оловянишниковых, Пастуховых, Соболевых, Дунаевых и др.
Среди достопримечательностей, которые хранились в Спасо-Пробоинской церкви, можно назвать антиминс, освященный митрополитом Димитрием Ростовским; икону XIX в. «Собор ярославских святых перед иконой Богоматери Толгской» с частицей мощей Василия и Константина; сказание о чудотворной иконе Спаса Нерукотворного.
Спасо-Пробоинская церковь была в Ярославле на особом положении: средства на содержание и храма, и причта поступали от города и благотворителей - в сохранившихся клировых ведомостях она именуется «Спасо-Пробоинской общественной ружной церковью». Не случайно церковный староста в этот храм избирался городской Думой из числа самых уважаемых ярославцев. Некоторое время эту должность исправлял Иван Александрович Вахромеев, а в 1905 г. старостой был единогласно избран его сын Александр Иванович. И.А. Вахромеев позаботился об обеспечении храма и пожертвовал ему более 30 000 рублей.
24 мая 1912 г. прошли торжества в честь 300-летия обретения чудотворной иконы Спаса Нерукотворного и пребывания в Ярославле ополчения Минина и Пожарского. Готовиться к празднику ярославцы начали ещё в 1911 г. Губернское Земское Собрание выделило для этого соответствующие средства. Городская общественность обратилась к Государю с просьбой сделать 24 мая 1912 г. праздничным. Просьба была удовлетворена. 23 мая 1912 г. в ярославской ежедневной газете «Голос» появилось сообщение: «Государь Император по всеподданнейшему докладу министра внутренних дел, 11 сего мая высочайше соизволил на объявление 24 мая сего года днем неприсутственным для Ярославля по случаю празднования 300-летнего юбилея чудесного обретения Нерукотворного Образа Всемилостивого Спаса и спасения им жителей города Ярославля и дружины князя Пожарского в 1612 году от моровой язвы».
24 мая во Всех церквях города были совершены праздничные богослужения, но главное торжество проходило в Спасо-Пробоинской церкви. Во избежание столпотворения на праздничную литургию допускали лишь по пригласительным билетам. Почти все учреждения города в этот день были закрыты, в учебных заведениях занятия не проводились. Не работали фабрики и заводы. Кроме трактиров и пивных, «торговли все были закрыты, некоторые торговцы стали торговать после четырех часов дня». Город с утра был украшен флагами. Улицы, по которым должен был следовать крестный ход, были тщательно подметены и политы. Со всех сторон к месту торжества стекался народ. Трамваи к центру города шли полные. Перед Спасо-Пробоинской церковью и далее к Успенскому кафедральному собору шпалерами были выстроены войска. Публику без пригласительных билетов на площадь не пускали. В крестном ходе участвовали до 50 хоругвеносцев, в том числе и приехавшие из Нижнего Новгорода. Икона Спасителя была украшена ландышами и розами. Крестный ход от плаца направился вокруг Земляного города. На торжественном молебне пел знаменитый «вахромеевский» хор Спасо-Пробоинской церкви. В шесть часов вечера на плацу на особо устроенном помосте перед принесенными из собора иконами прошла Всенощная. В восемь часов вечера в зале Губернского Правления хор Вахромеева исполнил торжественные песнопения и гимны. Здесь состоялось праздничное заседание ученой архивной комиссии, где присутствовали первые лица города и губернии: губернатор Д.Н. Татищев с супругой, прежний губернатор А.А. Римский-Корсаков, член III Государственной Думы, губернский предводитель дворянства князь И.А. Куракин, академик А.И. Соболевский и другие почётные гости. Юбилейный торжества в этот день прошли по всему городу: в учреждениях, учебных заведениях, на фабриках и заводах.
В воскресенье, 27 мая, в местных газетах была опубликована телеграмма Государя Императора Николая II, находившегося в это время в Ливадии (Крым): «Сердечно благодарю за молитвы и выраженные мне чувства всех собравшихся в славном городе Ярославле для чествования 300-летней годовщины великого подвига русского народа. Твердо верю, что святые заветы древней православной Руси всегда останутся в живых сердцах наших и что дух князя Пожарского, Кузьмы Минина и их славных сподвижников никогда не переведётся в нашей великой и родной России».
Старостой Спасо-Пробоинской церкви в 1910-е г.г. был Александр Иванович Вахромеев - сын бывшего городского головы И.А. Вахромеева (1843-1908). Заботами Александра Ивановича Спасо-Пробоинская церковь, храмы монастыря, колокольня и ограда к юбилейным торжествам были оштукатурены, отбелены и выкрашены. Его сын - Варфоломей Александрович Вахромеев - оставил воспоминания, в которых описал и Спасо-Пробоинский храм.
«Внутреннее убранство храма, порядок в нем и ведение службы отличались благолепием. Мой отец очень любил церковное пение и строго следил за соблюдением церковного устава. В храме был большой образцовый хор численностью до 40 человек. Управлял им священник Александр Великорецкий. Он был строгим и требовательным музыкальным регентом. Хор звучал у него стройно, собранно и слитно в отношении тембров в голосовых партиях. Многие горожане приходили в наш храм послушать пение. Отец Великорецкий имел свой приход за Которослью. В воскресные дни он служил у себя раннюю обедню, а в Спасов храм приезжал к поздней обедне, но иногда не к самому её началу. На этот случай он имел помощника, который его заменял. На пасхальных службах хор делился на два клироса. Когда же хор соединялся в середине храма для пения стихир «Да воскреснет Бог» - это было чудно! В хоре пел известный в то время в городе тенор Барщевский. Иногда он солировал. Но регент не злоупотреблял таким репертуаром и допускал его лишь в исключительных случаях. Например: «Разбойника благоразумнаго» в Великий четверг, в трио «Да исправится» и «Воскресни Боже», по большим праздникам - «Ныне отпущаеши» и другие более известные и хорошо зарекомендовавшие себя песнопения. На Рождество и на Пасху, по традиции, хор в полном составе приходил к нам и пел праздничные песнопения. После «Славы» отец Великорецкий всегда оставался у нас «на чашку чая».
В 1912 г. праздновалось 300-летие Спасо-Пробоинского храма и вышеупомянутого события, в честь которого он был воздвигнут. К этой дате была произведена тщательная реставрация храма и его частичная перестройка. Подробно об этом писал в своей брошюре настоятель отец Константин Соловьёв. Все работы начались в 1903 г. и закончились к 1912 г. С южной стороны была осуществлена пристройка двух приделов, которые следовали один за другим: первый - во имя Павла Фивейского и Иоанна Кущника; второй - во имя Серафима Саровского и Александра Ошевенского. В алтаре находился придел во имя апостола Андрея Первозванного. Была восстановлена старая роспись в бывшем холодном храме, а в новых пристройках роспись была выполнена в стиле обнаруженной росписи в передней части храма. В памятный день указанного события - 24 мая 1912 г. состоялось торжественное богослужение, а после него крестный ход вокруг города в пределах тогдашних его границ. В нем участвовало большое число приглашённых священнослужителей. Все они были облачены в одинаковые новые ризы, специально заказанные отцом к этому дню. Я помню, как сейчас, это торжественное шествие: мы, младшие, наблюдали его из окон нашей классной комнаты. Окна выходили в переулок, а крестный ход, обогнув сквер, проследовал нашим переулком к набережной и далее вдоль бульваров, по границам старого земляного города, как триста лет тому назад».
В 1913 г. вся Россия праздновала 300-летие Дома Романовых. В связи с этой датой августейшее семейство совершило несколько поездок в разные города России. 21 мая Николай II с семьею прибыл в Ярославль на пароходе «Межень». На пристани царственных особ встречало высшее губернское и городское руководство и представители всех слоёв населения губернии, а также почётные гости. Многие в своих приветствиях вспоминали о той роли, которую сыграл Ярославль в венчании на царство династии Романовых, говорили о сохранении исторической памяти потомками. Царская семья с пристани по Семёновскому спуску и Пробоинской улице направилась в Успенский кафедральный собор. А на обратном пути государь остановился возле Афанасиевского монастыря и посетил Спасо-Пробоинскую церковь.
Ещё раз обратимся к воспоминаниям Варфоломея Александровича Вахромеева: «Весной 1913 г. Ярославль готовился встретить царскую семью, которая совершала путешествие по Волге в связи с празднованием 300-летия Дома Романовых. Поскольку мой отец состоял гласным городской Думы, то ему пришлось принимать участие в организационных мероприятиях по подготовке встречи высочайших гостей. Город украсился государственными флагами и иллюминацией. У нас на балконе также был помещён иллюминированный вензель. Упомянутое путешествие совершалось по строго установленной программе. Посещение Ярославля приходилось на 21-23 мая 1913 года. Утром 21 мая в Ярославль с низовья Волги прибыла целая флотилия пароходов. Первоначально, после встречи на берегу Волги в специально выстроенном павильоне, они должны были проследовать в Успенский собор. Маршрут шёл по Семёновскому спуску, Пробойной улице, через Ильинскую площадь мимо реального училища и далее вдоль плаца (Соборной площади). Отец как староста прихода должен был присутствовать в Спасо-Пробоинском храме, так как предполагалось, что Николай II пожелает посетить храм, где хранится чудотворный образ Нерукотворного Спаса, которым, по преданию, был обнесён город, когда в нём стояло войско Минина и Пожарского, собравшееся в 1612 г. в Ярославле для похода на Москву, занятую поляками. Так и произошло. При возвращении из собора Николай II с дочерьми посетил Спасо-Пробоинский храм. Отец и настоятель, о. Константин Соловьёв, встречали Высочайших гостей. При встрече хор исполнил тропарь «Пречистому Твоему Образу». Настоятель дал пояснения о храме и вручил гостям его краткое описание. Отец преподнёс всем княжнам образки храмовой иконы Спасителя (копии подлинника). Выходя из храма, Николай II заметил, что храм производит прекрасное впечатление. Прощаясь, он поздравил отца с присвоением ему звания потомственного дворянина. Причт Государь «удостоил поклоном». В память о посещении Государем Спасо-Пробоинской церкви на её стене установлена мраморная табличка с таким текстом: «21 мая 1913 г. Спасо-Пробоинский Всеградский Обыденный храм посетил св. страстотерпец Император Николай II в сопровождении свт. Тихона, архиепископа Ярославского и Ростовского, впоследствии Патриарха Московского и всея Руси».
Новая смута в Российском государстве началась в 1917 г. Сначала думскими заговорщиками и изменившими присяге генералами был фактически низложен император Николай II, а власть перешла к созданному Думой Временному правительству. Затем в ходе октябрьского переворота большевики арестовали Временное правительство и захватили власть, а через два месяца разогнали Учредительное собрание. Творившиеся беззакония не могли не вызвать сопротивления. В июле 1918 г. в Ярославле началось антибольшевистское вооружённое выступление (в литературе его называют как восстанием, так и мятежом). Восставшие в первый же день захватили центр города, но помощи, на которую они рассчитывали, не получили. Красные войска окружили город и начали безжалостно и методично уничтожать его артиллерийским огнём. При артобстреле пострадали многие храмы и монастыри. Прямым попаданием снаряда был повреждён верхний ярус колокольни Спасо-Пробоинской церкви, а на самом храме был разрушен один из барабанов. Два снаряда попали в монастырский Афанасиевский храм и колокольню. По выводам реставрационной комиссии, «верхний ярус колокольни разрушен настолько, что при сильном ветре может упасть». Спасо-Пробоинскую церковь закрыли в 1929 г. Тогда же были закрыты находившиеся рядом Афанасиевский монастырь и Воскресенская церковь. Поскольку храмам Афанасиевского монастыря и Спасо-Пробоинской церкви советская власть быстро нашла применение, их сносить не стали. На щебень пустили только обе колокольни. Сломали и примыкавшую к Спасо-Пробоинской Воскресенскую церковь, стоявшую на этом месте с XIII в.
Икона Нерукотворного Спаса в начале 1930-х г.г. исчезла без следа.
В 1930-е г.г. храмы и постройки были переданы Обществу слепых, а в 1946 г. сданы в аренду протезному заводу. В монастырском храме святителей Кирилла и Афанасия находились склад, бензохранилище, магазин и даже хлев. С 1953 г. на территории монастыря размещались учебно-производственные мастерские, а с 1970-х годов располагалось деревообрабатывающее предприятие, которое выпускало мебель - учреждение культуры «Комплекс-2».
В начале 2000-х г.г. архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл поставил вопрос о возвращении храмов Кирилло-Афанасиевского монастыря и Спасо-Пробоинской церкви Ярославской епархии. Вопрос решался несколько лет. Только 31 января 2008 г. состоялось первое богослужение в храме Кирилла и Афанасия. В 2009 г. решением Святейшего Синода образован Кирилло-Афанасиевский мужской монастырь. В его состав включена и Спасо-Пробоинская церковь.
29 января 2011 г. в Кирилло-Афанасьевском монастыре состоялась торжественная встреча иконы Нерукотворного Спаса - списка с древнего чудотворного образа, переданной монастырю из Троицкого храма посёлка Смоленское. Этот список XVIII в. некая раба Божия Александра принесла в Троицкий храм ещё в 1960-е г.г. Всё это время образ находился там. Настоятель и прихожане этого храма передали икону Спасителя с надеждой на духовное возрождение обители. Для встречи иконы в Святых вратах обители собралось большое количество ярославцев во главе с епископом Рыбинским Вениамином. После встречи владыка совершил в монастыре Всенощное бдение. А Божественную литургию на следующий день совершил архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл. 6 июня 2012 г., в день памяти обретения чудотворного образа Нерукотворного Спаса в Спасо-Пробоинском храме обители впервые после долгого перерыва была отслужена Божественная литургия, которую совершил митрополит Ярославский и Ростовский Пантелеимон в сослужении епископа Вениамина, настоятеля монастыря игумена Феодора (Казанова) и священнослужителей епархии. Затем в обители был заложен фруктовый сад. Первые фруктовые деревья посадили митрополит Ярославский и Ростовский Пантелеимон и епископ Рыбинский и Угличский Вениамин.
В августе 2015 г. состоялись торжества, посвящённые 400-летию обители. Сначала в Спасо-Преображенском соборе был отслужен водосвятный молебен святителям Афанасию и Кириллу, архиепископам Александрийским. Затем состоялся крестный ход с иконой Нерукотворного Спаса и святителй Афанасия и Кирилла, архиепископов Александрийских, до Спасо-Пробоинского храма. Крестный ход возглавил епископ Рыбинский и Угличский Вениамин. После крестного хода в Спасо-Пробоинском храме была отслужена Божественная литургия, которую возглавил митрополит Ярославский и Ростовский Пантелеимон. Затем был освящён юбилейный колокол, подаренный таможенной службой.
В Спасо-Пробоинском храме открылся музей. В мае 2017 г. в монастыре начались большие реставрационные работы. Средства на них выделило Правительство города Москвы. 8 сентября состоялось торжественное освящение крестов и главок Спасо-Пробоинского храма. Освящение совершил глава Ярославской митрополии митрополит Ярославский и Ростовский Пантелеимон. В течение нескольких дней они были установлены на барабаны храма. А 7 марта 2018 г. была обретена величайшая святыня - икона Нерукотворенного Спаса, явленная во дни стояния в Ярославле ополчения Минина и Пожарского и спасшая горожан и ополченцев от смертоносного «морового поветрия». Произошло это следующим образом.
В архивах реставрационных мастерских были найдены подлинные протоколы реставратора Н.И. Брягина 30-х г.г. прошлого века с точным описанием чудотворной иконы из Спасо-Пробоинского храма г. Ярославля. Независимо от этого специалистами московской фирмы «Авангардстрой», занимавшимися проектом воссоздания иконостаса, было установлено, что икона никогда не экспонировалась ни на одной выставке, не была представлена в экспозициях и официально никакому музею не передавалась. Было также найдено описание похожей иконы в раритетном каталоге уже не существующего «государственного ярославо-ростовского музея-заповедника» за 1964 г, под инв.№ И-812 (впоследствии выяснилось, что номер ошибочен). Поиски привели в Ярославский художественный музей. Заведующая отделом древнерусского искусства В.В. Горшкова и хранители фондов музея нашли в запасниках заклеенную профилактическими заклейками икону, упоминавшуюся в каталоге. При ее раскрытии было выявлено полное сходство с описанием из реставрационного протокола Н.И. Брягина 1930 г. и единственной имевшейся фотографией чудотворной иконы из книги 1912 г. Впоследствии икона была передана в РосНИИ Реставрации для всестороннего обследования.
В течение осени и зимы 2018 г. была воссоздана колокольня Спасо-Пробоинского храма, разобранная в 1930-е г.г.
Крылов А.П. Церковно-археологическое описание губернского города Ярославля. – Ярославль, 1860.; Преображенский Г. Монастыри и храмы г. Ярославля, их святыни и древности. – Ярославль, 1901.; Соловьёв К. Ярославский Спасопробоинский обыденный храм. - Ярославль, 1912.; Сильвестр, епископ Рыбинский. Ярославский Афанасиевский третьеклассный монастырь: к 300-летнему его юбилею. – Ярославль, 1915.; Маров В.Ф. Ярославль: архитектура и градостроительство. – Ярославль: Верхняя Волга, 2000.; Драч Л. Монастырские страсти / Северный край, 2004, 9 июля; Вахромеев В.А. Семейная хроника Вахромеевых / публ. Т.В. Егоровой / Северный край, 2006: 5 декабря (часть 1), 6 декабря (часть 2), 13 декабря (часть 3), 14 декабря (часть 4), 15 декабря (часть 5).; Хрупалова И. Кирилло-Афанасьевский возрождается / Северный край, 2008, 31 января; Васильева И. Возвращение Спаса / Северный край, 2011, 28 января; 400-летие Кирилло-Афанасьевского монастыря / Сайт Sevkray.ru, 2015, 29 августа
Александр Богданов.