Училище для девиц духовного звания, переведенное в 1848 году из Костромской в Ярославскую губернию, долгое время не имело собственного здания. В 1858-1862 гг. велись строительные работы. В августе 1858 года место закладки нового здания посетил император Александр II с супругой.
Храм освятил архиепископ Ярославским и Ростовским Нил 22 июля 1862 года. Церковь каменная, однопрестольная, с небольшой колокольней в куполе училища. Иконостас проектировался академиком Ф .Солнцевым, иконы писал академик Васильев. Главным меценатом училища и церкви был купец Д.М. Плешанов, он, в частности, пожертвовал «серебряное позолоченное кадило, золотую парчу для облачений, плащаницу, шитую золотом по бархату арзамасской работы, Евангелие, напечатанное на пергамене, образ Ростовских чудотворцев». В 1877 году обер-прокурор Синода К.П. Победоносцев через хозяйственное управление прислал икону Божьей Матери, в 1892 г. великая княгиня Александра Иосифовна завещала храму икону Нерукотворного Спаса. Среди жертвователей церкви - почетный блюститель по хозяйственной части купец А.А. Топленинов, бывший учитель Ярославской гимназии П. Кардинский.
Причт по штату состоял из священника и псаломщика, для них имелись квартиры при училище в отдельном каменном доме. Ежегодное жалованье священнику от училища было определено в 400 руб., дьякону - в 200 руб. На содержание причта шли проценты с пожертвованного купцом Д.М. Плешановым капитала в 26200 руб., завещанного коллежским советником П. Кардинским капитала в 100 руб., завещанного бывшей начальницей училища Е.П. Шиповой капитала в 100 руб., пожертвованного А.А. Топлениновым капитала в 1000 руб. В 1915 г. с пожертвованных разными лицами капиталов получалось процентов в пользу причта 378 руб. 60 коп. Причт платил ежегодно на содержание духовно-учебных заведений.
Старосты при церкви не было, церковные суммы и имущество находились в ведении Правления училища.
Церковный капитал (в 1896 г. - 12450 руб. серебром) складывался из пожертвований, ежегодные дивиденды давали и 50 акций Московско - Ярославской железной дороги, пожертвованные Д.М. Плешановым.
В настоящее время в здании Ярославского женского училища духовного ведомства располагается Управление Северной железной дороги.
ГАЯО. Ф. 230. Оп.2. Д. 2219. Л.1-7, Ф. 1118. On. 1. Д. 4079, Д.4013, Д.4141 Л.1-9, Д.4279. Л. 13-20, Д.4426, Д.4615. Л.38-47, Д.4785. Л. 95-102, Д.5134. Л.89-96, Д.5232. Л.83-92, Д.5523. Л. 97-106.