Предтеченская церковь в описи Суздаля 1617 г. записана так: «за городомъ въ остроге у торгу на площади… церковь всемилостиваго Спаса нерукотвореннаго образа древяна вверхъ, церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи клецкой, а въ церквахъ образы и свечи и книги и всякое строение приходныхъ людей, а у церкви служитъ попъ Яковъ Якимовъ». Обе деревянные церкви существовали до конца XVII в. и в конце этого столетия, попечением Митрополита Суздальского Иллариона, построена была каменная Предтеченская церковь. но эта церковь стояла недолго: в 1719 г., во время бывшего в Суздале пожара, она сгорела и разрушилась; целой и невредимой осталась одна южная стена. В 1720 г. Предтеченская церковь вновь построена каменной. В ней один престол.
Построена почти одновременно с Никольской церковью в Кремле но, несмотря на одинаковую трёхчастно-осевую композицию, заметно отличается от своей ровесницы лаконичностью декора. Лопатки на углах основного объёма-четверика имитируют обшитые тёсом концы брёвен сруба, напоминая о рубленых храмах XVII в. Лишённые карнизов фасады украшены лишь оконными наличниками и небольшим порталом. Четырёхскатная крыша церкви увенчана небольшой луковичной главкой на тонком барабане, а над порталом возведена невысокая шатровая колокольня с оконцами-слухами. Четверик колокольни поставлен вровень с мощным четвериком основного объёма, форма которого скрадывает массивность колокольни.
В Предтеченской церкви под южной стеной погребен Трофим юродивый, местно чтимый, Суздальский уроженец, живший в царствование Иоанна Грозного. О нём Анания Федоров передает следующее: «Приходская церковь святаго Иоанна Предтечи каменная, которая по бывшемъ пожаре 1719 года повредилась, и въ 1720 году три стены церковныхъ: восточная, западная и полунощная падеся, а полуденная во удивление цела осталась, понеже подъ той полуденной стеною имеется гробъ подъ спудомъ блаженнаго Трофима Христа ради юродиваго, который бысть въ царство благочестивейшаго Великаго Государя и Великаго Князя Иоанна Васильевича, Самодержца Всероссийскаго, проходя во граде Суждале юродственное житие, и въ оной Предтеченской церкви и образъ его въ печуре имелся написанный на дске, и не токмо въ той церкви, но и въ церкви Воскресения Христова что за рядами, на образе Пресвятыя Богородицы честнаго Ея явления Казанския, во святомъ алтаре за жертвенникомъ, на другой стороне того образа, и предъ левымъ крылосомъ въ иконостасе на местномъ между Суздальскими святыми и оный блаженный Трофимъ написалъ; а когда и отъ кого той блаженный Трофимъ на святыхъ иконахъ писати начася, неизвестно; и въ помянутой церкви у гроба того блаженнаго Трофима ни панихидъ, ни молебновъ не отправляются, и въ церковныхъ молитвахъ не воспоминаютъ; а прежде сего воспоминали».
9 декабря 1884 г. город Суздаль отмечал пятидесятилетие священства Леонида Афанасиевича Федоровского, священника Предтеченской церкви.
В конце XIX века церковь имела землю в количестве 425 кв. сажень. Причт при церкви: священник и псаломщик. Годовой доход причта 325 руб. Приход 23 двора, душ мужского пола 60, а женского пола 62 души.
В Суздале в мае 2016 г. приступили к реставрации надглавного креста с церкви Иоанна Предтечи. Восстановительные работы стали возможны благодаря совместному проекту депутата Госдумы Григория Аникеева и Суздальского филиала Санкт-Петербургского государственного института культуры, ранее известного как реставрационное училище. Эта объединенная деятельность продолжает и развивает проект депутата «Туристическая инициатива». В реставрационное училище поступил редкий памятник - надглавный крест с Суздальской церкви Усекновения главы Иоанна Предтечи. Специалисты оценили состояние архитектурной ценности начала XVIII века как неудовлетворительное: крест был сильно загрязнен, покрыт коррозией, подвергся деформации и утратил часть своих декоративных элементов. Над реставрацией и реконструкцией трудились студенты четвертого (выпускного) и второго курсов. После чего крест вновь занял своё место на куполе церкви.
Храмы и монастыри города Суздаля
