На месте нынешней церкви Ильи Пророка в XVI–XVII веках был мужской Ильинский монастырь. Год его основания не известен. Известна версия, что монастырь возвели на языческом капище Перуна.
Церковь пророка Ильи располагается на небольшой возвышенности. Название «в Каменьи» появилось при следующих обстоятельствах. На месте церкви при Иване Грозном складировался известковый камень, из которого царь строил каменную стену Вологодского кремля. Как писал историк И.К. Степановский, каменный запас «в большом количестве покрывал пространство от реки до самой Владимирской церкви, по направлению предположенной постройки, в разных местах. Царские строительные запасы складировались в этом районе города до конца XVIII – начала XIX веков. Оставленный без употребления в дело камень мало-помалу от собственной тяжести уходил в землю и только по местам виднеется из нее».
Небольшой Ильинский монастырь находился в самом бедственном положении до 1610 года, когда торговец Кондратий Акишев принялся за устроение обители. В сентябре 1612 года Вологда подверглась польско-литовскому нашествию. Старая теплая монастырская церковь Варлаама Хутынского была сожжена, но обновленная Акишевым холодная Ильинская церковь уцелела. Храмы лишились утвари, имущество монастыря было разграблено, кельи сожжены. После смуты Кондратий Акишев вновь отстроил монастырь: возвел новую Варлаамовскую церковь, келии, обнес монастырь деревянной оградой. Благотворитель прикупил для обители земли, подарил монастырю лавки и амбары. Деревянная Ильинская церковь в 1698 году (простояла около 90 лет!) была заменена каменной одноэтажной однопрестольной (престол во имя Святого Пророка Илии). Монастырь просуществовал до 1738 года (тогда в нем остался один игумен без братии) и был упразднён. После упразднения Ильинская церковь была обращена в приходскую.
Церковь Пророка Ильи – небольшой белый храм кубической формы, покрытый простой крышей, на которой всего одна глава. Здание церкви с низкими пристройками – пятигранным алтарем (перестроен в 1904 г.) и короткой трапезной – оформлено довольно скупо, однако определенная цельность убранства церкви является ее украшением. Облик храма достаточно типичен для конца XVII века: его характеризует пропорциональность и скромность орнамента. В иконостасе храма располагались древние иконы: Преполовения, храмовая пророка Ильи и многосложная «Сошествие в ад», написанная в 1568 году Дионисием Гринковым.
Холодный Ильинский храм вместе с теплым храмом Варлаама Хутынского составлял один Ильинский приход. В конце XIX – начале ХХ вв. Ильинский приход был небольшой – не более ста человек. В начале 1920-х годов храм перешел к обновленцам. В 1924 году община Ильинской церкви отстранила обновленческого священника о. Александра Сахарова и единогласно выбрала своим настоятелем протоиерея о. Алексея Углицкого, служившего до этого в Успенском женском монастыре и поддерживающего Патриарха. 24 февраля 1930 года городские власти Вологды приняли решение закрыть для богослужения Ильинскую церковь. Древние иконы храма были переданы в фонды музея. В 1930-е годы в Ильинском храме располагался архив, в 1950–70-е годы – книжный склад.
Постановлением Совета Министров РСФСР от 30.08.1960 № 1327 ансамбль церквей бывшего Ильинского монастыря: «Церковь Варлаама Хутынского, 1780 г., каменная, ул. Засодимского, 14. (ныне ул. Засодимского, 14 а) и «Церковь Ильи Пророка на Каменьи, 1698 г., каменная, ул. Засодимского, 14 а (ныне ул. Засодимского, 14 б)» поставлен на государственную охрану в качестве объекта культурного наследия федерального значения. В настоящее время в нем располагается федеральное государственное учреждение культуры «Всероссийский художественный научно-реставрационный центр им. акад. И.Э. Грабаря».
Дополнительная информация: Церковь сохранена. Объект культурного наследия федерального значения.
Информационно-аналитический центр культуры - http://cultinfo.ru/infoproject/temples/index.php?id=35
Храм в процессе передачи в пользование Церкви. http://ilia-vol.cerkov.ru/
