Деревянная церковь в честь Знамения Пресвятой Богородицы над могилой преподобного Галактиона Вологодского была построена при епископе Варлааме II. Затем её заменили каменной постройкой, которая была разобрана по причине ветхости и пожара в 1854 году. На её месте в 1861-1867 годах возвели новую тёплую двухэтажную пятиглавую четырехпрестольную церковь прежнего посвящения.
vologda-eparhia.cerkov.ru
На странице, посвященной монастырскому собору Сошествия Св. Духа середины XVII в. (который был холодным и однопрестольным), помещена информация, относящаяся к двухэтажной Знаменской церкви того же монастыря, построенной в конце 1860-х гг.: "В верхнем этаже церкви располагался один престол - во имя Знамения Божьей Матери, храмовый праздник в честь иконы Знамения отмечался ежегодно 27 ноября. В нижнем этаже было три престола: на северной стороне - престол во имя ростовских чудотворцев, святителей Димитрия и Иакова; на южной стороне - престол во имя Святого Благоверного Князя Иоасафа Каменского; средний - престол во имя преподобного Галактиона, Вологодского чудотворца. В храме Знамения Пресвятой Богородицы, на левой стороне, под аркой, покоились мощи преподобного Галактиона, основателя монастыря, на правой стороне - мощи Святого Благоверного князя Иоасафа Каменского".
Мощи св. князя Иоасафа Каменского в настоящее время хранятся (в малом ковчежце) в верхнем храме Богородского кафедрального собора Вологды.