Кирилло-Иоанно-Богословская церковь – одна из древнейших в Вологде. Точная дата возникновения храма в деревянном исполнении не известна. Первое официальное упоминание каменной Иоаннобогословской церкви встречается в документах середины XVII века, когда дворовое место на берегу реки Вологды, принадлежащее Д.С. Строганову, было отдано им под «храм Московских и Кирилла Белозерского чудотворцев». Сооружала его в 1650-1653 годах присланная из Соловецкого монастыря артель каменщиков во главе с Кириллом Серковым, одним из видных местных зодчих, много строивших в то время в самой обители. В 1653 году богослужение в каменной церкви стал осуществлять нанятый священник из белого духовенства города Вологды.
Церковь с небольшой шатровой колокольней принадлежала Кирилло-Белозерскому монастырю, подворья которого располагались на Кирилловской улице (современная улица Ленина). На Кирилловском подворье с давних времен продавалась монастырская соль, поэтому в окладных церковных книгах Кирилловская церковь писалась (для отличия от Кирилло-Рощенской) как «храм Кирилла Белозерского на Соляном дворе». В его подклетных помещениях хранились запасы соли. В церкви было два престола – Иоанна Богослова и Кирилла Белозерского (отсюда двойное название храма) и придел Святителей Московских.
По мере развития города церковь постепенно отдалялась от монастыря, превращаясь в приходскую. Так, в конце XVIII века к ней были приписаны 19 дворов, да и на месте монастырского подворья в 1780 году построены административные здания Присутственных мест и другие.
В 1788 году Святейший Синод издает указ о переводе Вологодской духовной семинарии из Архиерейского подворья в здание Присутственных мест, что на Верхнем посаде у реки Вологды. В 1813 году семинария окончательно располагается в этом здании. Кирилловская церковь, продолжая оставаться приходской, начинает служить нуждам духовной семинарии. В начале XIX века в классическом стиле возводится новая колокольня, украшенная 10-метровым шпилем. Внутри храма появляются стенные росписи прилуцкого художника Андрея Булина.
В 1873 году из-за скудности средств Кирилло-Иоанно-Богословская церковь и расположенная неподалеку церковь Зосимы и Савватия Соловецких были приписаны к церкви Рождества Богородицы на Нижнем долу. В 1874 году Святейший Синод удовлетворил давнюю просьбу духовной семинарии о передаче им Кирилловской церкви. Храм становится домовым и получает не только новый статус, но и новое название: «семинарский». Несмотря на изменение статуса, по воскресным и праздничным дням церковь была открыта для всех православных вологжан. В 1876 году в ней меняется иконостас.
В 1893 году из-за чрезвычайной ветхости храма богослужения в нем прекращаются. Семинаристы временно посещают церковь Александра Невского, располагавшуюся неподалеку от Вологодского кремля, и временную домовую церковь, устроенную в семинарском зале.
В 1895 году Святейший Синод дает разрешение на ремонт храма и выделяет семинарии на эти цели 35 тысяч рублей. В 1898 году начата разборка стен старого храма (за исключением колокольни). 9 июня 1898 года, в день памяти Кирилла Белозерского, состоялась торжественная закладка новых стен. Строительные работы завершились в октябре 1900 года. Крест на шпиле колокольни и кресты на главах покрыли позолотой. Вокруг церкви и семинарии были возведены каменная ограда с деревянными решетками и классической архитектуры Святые ворота. Стенная роспись обновленного храма была сделана местным мастером М.В. Алексеевым, автором поздней живописи во многих вологодских церквях, в том числе и в церкви Покрова на Козлене, сохранившейся до нашего времени.
В 1918 году новая власть издала распоряжение об упразднении в Вологде всех монастырей, закрытии духовных учебных заведений и домовых церквей. В декабре 1918 года Кирилло-Иоанно-Богословская церковь при Духовной семинарии была закрыта. Богослужебное имущество из закрытых домовых церквей, как правило, передавалось в дальнейшее пользование приходским храмам. Имущество семинарской церкви передали религиозной общине строящейся церкви в Боровицкой волости Вологодского уезда.
В бывшей Кирилло-Иоанно-Богословской церкви расположился государственный архив, после выезда которого в новое здание в 1963 году церковь разобрали. Причиной сноса послужило соседство бывшего храма со зданием вологодского облисполкома (ныне один из корпусов Технического университета). На месте храма в настоящее время устроен сквер.
http://cultinfo.ru/infoproject/temples/index.php?id=44
23 июля 2015