В житие преподобного Галактиона, вологодского чудотворца, основателя Свято-Духова монастыря, говорится о том, что им было предсказано нападение на Вологду польско-литовских войск в сентябре 1612 года. Незадолго до "вологодского разорения" он убеждал вологжан покаяться и по примеру предков, как в дни моровых поветрий, пожаров и других общественных бедствий, на месте своей кельи единодневно выстроить храм во имя Знамения Пресвятой Богородицы, которая избавит город от нашествия и защитит его жителей. Однако тогда его призыв не был услышан. Уже после "вологодского разорения" и смерти Галактиона, преосвященный Варлаам II, архиепископ вологодский и великопермский (управлявший с 1627 по 1645 гг.) повелел написать житие преподобного Галактиона и построить на месте его кельи деревянную церковь Знамения Пресвятой Богородицы. Так возник Свято-Духов мужской монастырь (до 1654 года-Галактионова пустынь). Точный год построения первоначальной деревянной Знаменской церкви, равно как и каменной, воздвигнутой позже на ее месте, точно неизвестен.
Каменная (теплая) церковь Знамения, заменившая древнюю деревянную, обгорела в ночь с 13 на 14 марта 1854 года, и остатки ее были разобраны в 1860-м. На том же месте в 1860 году, при архимандрите Дионисии, была заложена, и в 1867 году освящена новая каменная церковь Знамения Пресвятой Богородицы: двухэтажная, пятиглавая, четырехпрестольная. Полностью строительство церкви закончено в 1873 году.
Архитектурный облик церкви представлял собой смешение стилей: русского (кокошники) с ренессансом (форма куполов - в типе флорентийского). Из описания церкви (1901 год): "На продолговато-четвероугольном корпусе храма возвышается в средине круглый с восемью большими окнами трибун, накрытый массивным куполом, поверх которого на круглой шее утверждается грушевидной формы глава, увенчанная железным прорезным четвероконечным золоченым крестом. На четырех углах корпуса расположены 4 осьмигранных меньших трибуна с четырьмя в каждом окнами и с такими же, как и на большом трибуне, куполами, шейками и крестами; верхние части всех пяти трибунов оканчиваются мавританскими наличниками. Алтарь выдается полукружием. Окна в верхнем этаже церкви и в трибунах с дугообразными, в нижнем – с прямыми перемычками. К западной стене корпуса церкви примыкает красивой архитектуры крыльцо с широкой внутри его из путиловской плиты лестницею, ведущею в верхний этаж. Над крыльцом, как и над алтарем церкви, устроены на круглых шейках обитые белым железом небольшие главы с железными золочеными прорезными крестами. Внутри церкви своды поддерживаются четырьмя массивными пятисторонними столбами. Стены как вверху, так и внизу малярной работы, в роскрыш и под мрамор".
В верхнем этаже церкви располагался один престол - во имя Знамения Божьей Матери, храмовый праздник в честь иконы Знамения отмечался ежегодно 27 ноября. В нижнем этаже было три престола: на северной стороне - престол во имя ростовских чудотворцев, святителей Димитрия и Иакова; на южной стороне - престол во имя Святого Благоверного Князя Иоасафа Каменского; средний - престол во имя преподобного Галактиона, Вологодского чудотворца.
В храме Знамения Пресвятой Богородицы, на левой стороне, под аркой, покоились мощи преподобного Галактиона, основателя монастыря, на правой стороне-мощи Святого Благоверного князя Иоасафа Каменского. Освящение придельных храмов во имя преподобного Галактиона и князя Иоасафа Каменского, а также перенесение мощей последнего из соборного храма Сошествия Святого Духа в церковь Знамения Пресвятой Богородицы состоялось 27 ноября 1867 года и было совершено Архипастырем Вологодским в соучастии избранного духовенства города, в присутствии начальника губернии.
Живопись в церкви относилась к 1890-м гг., мраморный иконостас-к 1870 году. В церкви хранилась "Боголюбская" икона Божьей Матери (начало XVII века). На гробнице Галактиона был деревянный крест 1646 года с надписями. В ризнице хранилось несколько предметов старинной утвари, в т.ч. старинное собрание резных образов, складней и крестиков. В 1924 году Свято-Духов монастырь был закрыт. Большая часть его зданий была разрушена. До наших дней дошла только сильно перестроенная и утратившая свои пять глав церковь Знамения Пресвятой Богородицы.
Источники: Сайт "Старая Вологда", Сайт "Город Насон"