В системе храмов Новоспасского монастыря церковь преподобного Сергия Радонежского является храмом второго или даже третьего плана, но это не умаляет ее достоинств, тем более что у нее не совсем обычное место расположения и совсем не простая история. До сих пор нет полной определенности относительно того, когда именно в монастыре появился церковный престол в честь преподобного Сергия. Источники подтверждают, что в середине XVIII века он уже существовал; известно, что в марте 1747 года в монастыре случился пожар, от которого пострадали настоятельские кельи и сгорела крыша Сергиевского храма. Новый отсчет в истории этой церкви начинается в настоятельство архимандрита Мисаила (Чирского) (с 1749 по 1764 год). По его инициативе в монастыре началось возведение большой колокольни, закладка которой состоялась в июне 1759 года. Уже тогда было решено, что храм преподобного Сергия разместится в здании колокольни, во втором ярусе, над Святыми вратами. По заверению настоятеля: «по приличеству и по пространству места, для украшения обители, на оном нижнем апартаменте [этаже] имеет быть церковь во имя преп. Серия Радонежскаго Чудотворца» 19 января 1760 года архимандрит Мисаил обратился в Московскую Синодальную контору с прошением разрешить разборку старой Сергиевской церкви и использование ее кирпича на сооружение колокольни. Однако в те годы удалось возвести только два яруса: нижний арочный проезд – Святые врата, и второй этаж, тот самый, где должна была разместиться церковь; после чего строительство на долгие годы было заморожено. Оно возобновилось в 1782 году, когда по настоятельному ходатайству архимандрита Иоасафа (Маслова) (настоятеля в 1779–1785 годах) из государственной казны на завершение колокольни монастырю было выделено 20 000 руб.
Устройство Сергиевской церкви производилось на частные пожертвования, необходимые средства выделила состоятельная московская купчиха Наталья Бабкина. В 1787 году, 27 сентября, архимандрит Павел (Пономарев) (годы настоятельства 1786–1794) подал в Московскую контору Синода донесение о том, что храм готов к освящению: «А ныне и церковь под оною колокольнею во имя преподобнаго Сергия Чудотворца… усердным подаянием христолюбивых вкладчиков иконостасом и иконами, как по преданиям нашей святой апостольской церкви надлежит, сооружена, также и церковною утварью и прочими потребностями к освящению совсем изготовлена. Того ради… прошу оную сооруженную церковь во имя преподобнаго Сергия благословить освятить». Разрешение освятить храм было дано 17 ноября 1787 года. Освящение состоялось 14 декабря 1787 года; оно стало для монастыря настоящим праздником, на который собралось множество людей, были приглашены почетные гости. По признанию очевидца этого события, монаха Моисея, «церковь Сергия Чудотворца освящена того ж декабря 14 дня, во вторник, отцом архимандритом Павлом с братиею. На освящении были славные благородные особы, как то генерал [ан]шеф князь Александр Михайлович Голицын и прочих чиновных гостей премножество». Храм преподобного Сергия Радонежского освятил новоспасский архимандрит Павел (Пономарев), который впоследствии, на рубеже XVIII–XIX веков (1799–1806), в сане архиепископа возглавлял Ярославскую епархию. Новая колокольня Новоспасского монастыря, существующая в едином комплексе с храмом преподобного Сергия Радонежского, стала одной из самых высоких и массивных в Москве – «огромнейшая, красивейшая и самая прочная», как говорили о ней в XIX веке. Действительно, ее отличают и значительная высота – около 80 метров, и необычайная монументальность.
Сергиевская церковь в своем изначальном виде просуществовала недолго, всего 15 лет. Новый этап ее истории открывается в сентябре 1812 года, при весьма драматичных обстоятельствах. Москва занята французскими войсками и охвачена пожаром. Горел и Новоспасский монастырь. Особенно большой урон был нанесен колокольне и находящейся в ней церкви. Сгорели колокольные балки, и два самых тяжелых колокола – большой и полиелейный, обрушившись, разбили церковный свод, а остальное довершил пожар. Сохранилось уникальное свидетельство очевидца этих разрушений. Новоспасский ризничий иеромонах Адриан, отправленный с обозом монастырских ценностей в Вологду, в своих записках описал встречу в пути, в Ярославле, с престарелым послушником Московского Покровского монастыря. Тот покидал Москву во время пожара и собственными глазами видел горящий город. Старик-послушник: «на вопрос о нашем монастыре, ответил, и ваш Новоспасской монастырь горит же; из колокольни-то, родные, полымье во все окны так и лижет, страх и глядеть-то; где ни шел, везде горит. …После ево пришедшие другие уверяли нас, что монастырь наш выгорел, и колокольня стоит внутренностию пуста, а упавшие колокола разбились, что же от пожара целого осталось, обстоятельно пересказать никто не мог» Убытки подсчитали потом. В числе сгоревших, точнее – выгоревших числилась и Сергиевская церковь. Для ее восстановления потребовалось несколько
