Построена в 1595 г. купцом С.Е. Вагиным «по челобитью боярина Дмитрия Годунова». Сооружена на подклете более раннего храма, впервые упомянутого в летописи под 1534 г. Первая же деревянная церковь на этом месте — высоком холме в устье р. Яузы — впервые упомянута в 1476 г. В настоящее время примыкающие к церкви разновременные пристройки (2 придела, притвор и колокольня) образуют несимметричную живописную группу, некогда эффектно воспринимавшуюся с берегов рек Москвы и Яузы.
Древний подклет храма, одностолпная сводчатая палата с большой скруглённой апсидой, служит основанием бесстолпного одноглавого кубического четверика, перекрытого крещатым сводом и первоначально окружённого открытой галереей. На фасадах, расчленённых пилястрами и завершённых полукружиями, сохранились арочные перспективные порталы — южный, относящийся к первому строительному периоду, и северный, выполненный в XVII в. Южный Благовещенский придел и колокольня у северо-западного угла сооружены в 1684-85 гг., западный притвор храма появился в середине XVIII в., а северный придел кн. Ольги — в 1878-80 гг. (строился на средства купцов Кудряшёвых по проекту архитектора А.П. Попова).
Благовещенский придел представляет собой небольшой, завершённый двумя рядами кокошников одноглавый четверик с трёхчастной апсидой и трапезной. Декор придела — килевидные наличники на полуколонках, развитый карниз трапезной и перспективный портал на её западном фасаде типичны для второй половины XVII в. Столь же традиционна для этого времени и колокольня, высокий четверик нижнего яруса которой несёт восьмерик звона, увенчанный стройным шатром с окнами-слухами. Двухэтажный притвор храма, вынесенный на одну линию с западным фасадом трапезной придела, повторяет в оформлении колончатые обрамления окон и арочный перспективный портал, тяготеющие к стилистике XVII в. Открытая галерея-паперть с лестницами на два всхода, расположенная перед западным фасадом притвора, восстановлена во время реставрационных работ в 1958-60 гг. В 1950-х гг. вид на церковь со стороны реки закрыло высотное здание на Котельнической набережной, хорошо видна она лишь с северо-восточной стороны, от подножия Швивой горки, как бы замыкающей перспективу Гончарной улицы.
Закрыта в 1936 г. Использовалась как склад. Ворота и ограда разрушены. В 1958-60 гг. и 1970 гг. отреставрирована в стиле барокко XVIII в. В 1991 г. возвращена РПЦ.
http://hramy-msk.livejournal.com/6241.html