Храм Покрова Пресвятой Богородицы на Лыщиковой горе упоминается уже в 1625 году. Новая каменная обитель с приделом прп. Иоанна Дамаскина была построена в 1696 г. и освящена год спустя. В 1773 г. на средства секунд-майора Ильи Алексеевича Лихарева устроен придел Казанской иконы Божией Матери. В 1803-1805 гг. возведена ныне существующая колокольня, а трапезная продлена к западу. Во время нашествия Наполеона и московского пожара 1812 года Покровская церковь серьезно пострадала и была временно приписана к храму Святого Николая, что в Ямах. Через два года вновь был освящен главный Покровский престол, а в 1815 г. и в 1818 г. — придельные. В 1830 г. древняя выступающая в переулок часть храма с четвериком и алтарной апсидой окружена пристройками и приобрела полукруглую форму. В 1880-х гг. появилась нынешняя главка, составленная из теремков и кокошников.
В советское время храм не закрывался. В 1996 г. храм отметил свое 300-летие. К юбилею обители были проведены ремонтные и реставрационные работы, сохранено старинное внутреннее убранство и подбор старинных колоколов.
Храм Покрова Пресвятой Богородицы на Лыщиковой горе представляет собой небольшой четверик с восьмериком на плоских парусах и невысоким сомкнутым сводом. На восьмерике сохранились угловые лопатки. Апсиды вынесены далеко вперед. Двухступенчатые подоконные ниши южного фасада - прием раннего классицизма. Колокольня поставлена точно посередине тогдашнего западного фасада трапезной. Верхние части колокольни переделаны в классических формах. Главка типична для середины XVIII века. Охватывает древнее здание пристройка необычной формы 1838 года. Будучи одной ширины с трапезной, пристройка позволила создать единые боковые фасады здания, получившие общую обработку с плоскими арочными нишами вокруг окон. Выступающий в переулок объем оформлен крупным рустом. Пилястровые портики помещены по сторонам четверика, и в них устроены входы в храм. Восьмерик украшен лепными деталями. Нынешняя главка составлена из теремков и кокошников.
Приход храма имеет два приписных лавра: во имя прп. Андрея Рублева в Раменках и лавр св. Николая (1754 г.) в селе Федоровское Ступинского района Московской области. При храме Покрова Пресвятой Богородицы на Лыщиковой горе действует воскресная школа для детей.