Первый деревянный храм прп. Сергия был построен в Рогожской Ямской слободе (или в Гонной) в начале XVII в. Об этом свидетельствует писцовая книга 1628 г., сообщающая, что в 1627 г. церковь была обложена (т. е. уже существовавшая до этого) данью «деревянного церковного строения ямских охотников» с главным престолом Живоначальной Троицы и приделом прп. Сергия. В XVII в. район Рогожской слободы активно застраивается, также здесь резко возрастает и плотность населения. Кроме Ямской слободы, здесь очень компактно были расположены различные ремесленные слободы, у многих из них имелся свой храм. Именно по этой причине буквально напротив храма стоит храм Святителя Алексия, основанный в начале XVII в. В 1720-е гг. деревянную Сергиевскую церковь сменяет каменный храм, о чем свидетельствует первое упоминание о каменном храме, относящееся к 1722 г., и последующее, к 1727 г. Главный престол храма был освящен в честь Святой Троицы. Вероятно, по причине наличия в Москве большого числа храмов — называвшихся Троицкими, этот храм был назван в честь преподобного Сергия Радонежского, престол во имя которого был освящен в приделе. На выбор названия, несомненно, оказал влияние расположенный рядом Спасо-Андроников монастырь, первым игуменом которого, был ученик преподобного.
Во время наполеоновского нашествия 3—4 сентября 1812 г. захватчики разграбили храм, а 5 сентября он уже был объят пожаром и сгорел. Часть утвари удалось зарыть в землю и спасти.
Свой окончательный вид основной объем храма получил после реконструкции 1834—38 гг., проведенной архитектором Ф.М. Шестаковым, по проекту которого, в частности, возведено существующее поныне торжественное пятиглавие, появившееся на здании после пожара, случившегося в 1835 г. Также пожар имел место и в 1837 г. Факт этой реконструкции подтверждается, в частности, красной кирпичной кладкой в подвале летнего (главного) храма с клеймами известного в начале XIX в. производителя Балашева (небезынтересно отметить, что там встречаются и кирпичи, произведенные в Швеции). Современная трехъярусная колокольня была построена в 1864 г. взамен прежней шатровой.
В 1876 г. была выполнена роспись стен московским изографом А.С. Рогожкиным, а самые поздние росписи относятся к началу XX в. В 1900 г. интерьеры храма были отделаны архитектором И.Т. Барютиным. По богатству внутреннего убранства и по подбору древних икон, в основном первой половины XVII в., храм прп. Сергия мог соперничать с соборами Московского Кремля. Этому интересному факту есть два объяснения. Во-первых, в приходе храма было много купцов, совершавших богатые пожертвования на его содержание. Храму оказывали поддержку московские власти. Они были заинтересованы в приближении старообрядцев к Православной Церкви и поэтому следили за тем, чтобы храмы, расположенные рядом с большими старообрядческими общинами, были богато украшены.
После закрытия в 1938 г. храм стоял, постепенно ветшая. По некоторым сведениям, в центральной части храма был даже устроен душ. На куполах и крышах храма росли маленькие деревца, а все здание было в глубоких трещинах. Вскоре купола храма были ободраны, кресты сбиты. В храме некоторое время размещался охраняемый секретный архив, в доме причта разместили коммуналки.
История местности, окружающей храм, неразрывно связана с находящимся поблизости Спасо-Андрониковым монастырем и именами прп. Сергия Радонежского и прп. Андроника Московского. Обитель во имя Всемилостивого Спаса основана по обету возвращавшегося в 1365 г. из Константинополя митр. Алексия, везшего с собой Нерукотворный Образ Спаса, которым Вселенский Патриарх благословил его на Русскую митрополию. Разыгравшийся по пути сильнейший шторм в Черном море, грозивший гибелью пассажирам, утих 16 августа, в праздник Образа Спаса Нерукотворного.
http://sergeyrad.ru