Церковь Иоанна Богослова в Ипатьевской слободе была заложена в 1681 г. на месте сгоревших в 1680 г. двух деревянных церквей (Иоанна Богослова и св. Николая) как «каменная, одноэтажная, с трапезой, с колокольней <…> и довершена в 1687 г». В 1706 г. к трапезной с южной стороны пристроен придел св. Николая. В 1735 г. стены основного четверика были расписаны фресками. В 1765-1766 г.г. перекрывается кровля церкви чёрным железом, а главы белым. Одновременно по трём сторонам церковного участка была установлена металлическая ограда с каменными столбами и цоколем. В 1780 г. к трапезной с северной стороны пристраивается придел в честь иконы Феодоровской Божией Матери. В 1811 г. возводится ограда по западной границе участка, но уже другого рисунка. Время сооружения южного крыльца у входа в четверик особо не указано.
В 1900-1901 г.г. первоначальный объём трапезной, соединявший четверик с колокольней, сносится и на его месте возводится существующая ныне зимняя церковь из красного кирпича на цементном растворе, с перекрытием из кирпичных сводиков по металлическим балкам и чугунным колоннам.
Для отопления зимней церкви сооружается подвал с калориферами. Одновременно перестраивается вход на колокольню, наличники оконных ниш на западной стене четверика разрушаются пробивкой дымоходов. Кроме того, расширяется проём из зимней церкви в четверик. Переделывается и южное крыльцо, западная стена которого заделывается новой пристройкой, в восточной стене закладываются проёмы, а завершающий крыльцо фронтон заменяется аттиком, карниз которого увязывается с карнизом пристройки.
Пристройка зимней церкви велась без ведома (Пояснительная записка к проекту реставрации церкви Иоанна Богослова в Ипатьевской (Трудовой) слободе Костромы. Текст датирован 1959 г. // Архив ОАО «Костромареставрация»).
Императорской археологической комиссии. Вот как красноречиво об этой пристройке писал архитектор Д. Милеев в своей докладной записке в Археологическую комиссию от 14 июля 1912 г.: «В недалёком прошлом церковь была обезображена возмутительной кирпичной пристройкой, для чего разрушена первоначальная трапезная и её главка». Действительно, указанная пристройка, хотя и очень добротная по выполнению, своими низкими архитектурно-художественными качествами совершенно изуродовала один из лучших памятников XVII в. в Костроме, каким являлась церковь Иоанна Богослова.
Немасштабное по деталям, громоздкое по размеру здание зимней церкви поглотило нижний ярус колокольни, западный фасад четверика, значительную часть северного и южного фасадов четверика, нарушив очень цельный, масштабный и лиричный облик памятника, с типичными для костромской архитектуры композиционными особенностями и деталями обрамления окон и порталов, карнизами и изразцовыми вставками. При составлении проекта реставрации не вызывала сомнений необходимость сноса «возмутительной кирпичной пристройки» и восстановления исчезнувшего объёма трапезной – по литературным ссылкам, найденным натурным следам и имеющимся аналогам среди памятников XVII в. в Костромской области.
В литературных источниках и, в частности, в пояснительной записке к проекту перестройки церкви в 1901 г., составленной гражданским инженером И. Брюхановым, хранящейся в областном архиве, значится, что разрушенная трапезная имела тяжёлые своды на каменных столбах «высотой около 4-х аршин». Это же подтверждают устные показания техника А.А. Чистухина, который работал прорабом при перестройке церкви. А.А. Чистухин свидетельствует также, что в восточной стене трапезной существовали две ниши. Эти данные подтверждаются произведённым натурным обследованием стен четверика и колокольни, где под штукатуркой найдены следы примыкания сводов трапезной и ниши, заложенные кирпичом на цементном и известковом растворе.
При разборке старой трапезной в 1901 г. была разобрана, очевидно, и основная часть фундаментов, поэтому шурфы, заложенные в 1954 г. по пред полагаемой оси стен, в соответствии со следами их примыкания к четверику, почти ничего не дали. Было найдено несколько крупных валунов без всяких следов раствора. Можно предположить, что это – остатки фундаментов, сложенных «насухо». Фундаменты под столбы также не были найдены.
Исходными данными для установления габаритов трапезной были, поэтому, следы сводов трапезной на стенах четверика и колокольни, след кровли на четверике, а также следы примыкания стен на четверике и колокольне. Эти следы сохранились чётко и позволяют безошибочно судить об основных размерах исчезнувшего объёма. Сечение столбов в трапезной установлено по ширине следов пят на восточной её стене (61–68 см). На западной стене ширину пят установить было невозможно из-за сплошной вырубки кладки на этом участке. Расстояние между пятами среднего свода на восточной стене трапезной составляет 437 см, и 402 см – на западной. Высота среднего свода, с отсчётом от современного пола, на западной стене составляет 355 см. На восточной стене этого размера установить нельзя, так как верх свода нарушен при расширении в 1901 г. проёма в четверике. Высота боковых сводов устанавливается также по их следам на западной стене и составляет 310 см. На восточной, противоположной стене следы уничтожены при продалбливании каналов и кладке дымоходов для калориферов. Эти дымоходы мешают установить по восточной стене и толщину стен трапезной.
О толщине стен первоначальной трапезной можно судить по следам на южной и северной сторонах колокольни. С южной стороны вырубка шириной 145 см поднимается до отметки +3,75. С северной стороны, с уступом в 7 см, она достигает отметки +7,10. Её ширина равна 235 см за счёт устроенной в толще стены лестницы на колокольню. С северной стороны колокольни, со стороны лестницы, сохранился венчающий карниз трапезной. След стены в этом месте заметен до отметки +7,57. Это объясняется устройством лестницы. (В первоначальном виде лестница сохранилась со 2-го яруса колокольни).
Исходя из данных исследований, сносится постройка 1902 г., и церковь Иоанна Богослова восстанавливается как четверик, соединённый с колокольней невысоким переходным объёмом под двускатной железной кровлей; при этом открываются западная сторона южного крыльца и окна на восточной стене основного объёма. Аттик крыльца заменяется треугольным фронтоном с прямоугольной нишей иконы. В трапезной восстанавливается система крестовых сводов, опёртых на стены и четыре столба. Соответственно, в стенах проектируются оконные проёмы – по три с обеих сторон, с обрамлением из полукруглых колонн, несущих фронтончики криволинейных очертаний. Карниз восстанавливается согласно следам на северной стороне колокольни, цоколь с поребриками и двумя валами аналогичен цоколю четверика колокольни. Современный проём из трапезной в основной объём заменяется меньшим, с перемычкой коробового очертания.
Современная кровля над основным объёмом устроена так, что декоративное оформление барабанов глав ею скрыто. При дополнительном обследовании и обмерах обнаружены гнёзда первоначальных стропил. В проекте дана кровля, устроенная по этим гнёздам с учётом освобождения декора барабанов. При производстве строительных работ данные исследования будут дополнительно проверяться и уточняться. В соответствии с имеющимся описанием будут восстанавливаться цепи под крестами, а кресты – золотиться. Внутри и снаружи трапезной делается смазка известково-песчаным раствором.
Л.С. Васильев "Об архитектурном наследии Костромского края"