2 сентября 1990 г. в Знаменском храме, тогда еще кафедральном соборе Иркутской епархии, была установлена рака с мощами 1-го Иркутского епископа, святителя Иннокентия (Кульчицкого + 1731). Мощи доставили из Ярославля, куда их тайно вывезли большевики в далеком 1920 г. Хотя в 1994 г., при возобновлении в Иркутске женского монастыря, Знаменский храм вновь стал монастырским, мощи остаются в нем.
14 октября 2001 г. у алтаря Казанского придела Знаменского храма были перезахоронены останки епископа Иркутского Иннокентия II (Неруновича; + 1747). Знаменский монастырь стал уже третьим местом его упокоения. Епископ, вызванный в 1746 г. в С.-Петербург, по пути заболел. Он остановился в Спасской пустыни под Братском, где умер и был похоронен. Через 207 лет после его смерти на Ангаре началось строительство Братской ГЭС, и могила епископа оказалась бы в зоне затопления. В 1960 г., несмотря на весьма неблагоприятную политическую обстановку - шли "хрущевские гонения" на церковь - архиепископ Иркутский и Читинский Вениамин (Новицкий) сумел получить разрешение перенести останки епископа в Иркутск. Но 3 аршина земли для новой архиерейской могилы советская власть выделила "на общих основаниях", на пригородном Радищевском кладбище. И только через 41 год епископ Иннокентий II упокоился на подобающем ему месте, в монастырской ограде.