Церковь Покрова Божией Матери на Красной горе получила свое начало вскоре после открытия Великоустюжской епархии в 1687 году. Крестьяне проживавшие близь города бывшие прихожанами Иоанно-Предтеченского женского монастыря пожелали иметь свою отдельную приходскую церковь. В 1687 году они попросили деревянный, приходивший в ветхость, и подлежащий сносу теплый храм Иоанновского собора. По благословению архиепископа Устюжского и Тотемского Александра построили из него на Красной горе храм во имя Покрова Божией Матери. 26 апреля 1687 года церковь была поставлена. Освящена 27 июня того же года.
В 1702 году по благословению архиепископа Великоустюжского и Тотемского Иосифа при Покровской Красногорской церкви построена деревянная холодная церковь во имя Всех Святых. В 1715 году вместо теплой деревянной Покровской церкви построена каменная по благословению архиепископа Великоустюжского и Тотемского Иосифа. Освящена 11 сентября того же года. В 1768 году вместо обветшалой деревянной холодной церкви во имя Все Святых по благословению епископа Великоустюжского и Тотемского Иоанна начато строительство каменного храма. Строительство длилось двенадцать лет на средства прихожан и купца Григория Захарова. Освящена каменная церковь 10 июня 1780 года епископом Великоустюжским и Тотемским Иоанном. В 1778 году с северной стороны теплой Покровской церкви пристроен придел во имя Святых мучеников Флора и Лавра, освящен 26 ноября 1779 года протоиереем Успенского собора Афанасием Васильевым. Колокольня при церкви построена в 1779 году. Теплый храм во имя Покрова Пречистой Богородицы имел два купола, один большой на главном храме и один маленький над приделом Флора и Лавра.
Дунаев Б. И. Северно-русское гражданское и церковное зодчество. Город Великий Устюг. – Москва. 1915
Иконостас Покровской церкви столярный крашеный с четырьмя колонами выкрашенными под мрамор. Царские врата столярные с золоченой резьбой, с изображением Благовещения Пресвятой Богородицы и четырех Евангелистов. Местные образа: справа – Богоявление Господне, Покров Пресвятой Богородицы, Иоанн Предтеча. Слева – Умиление Пресвятой Богородицы, Рождество Божией Матери, Все Святые. Над царскими вратами образ Вседержателя, над ним Тайная вечерня, а по сторонам четыре места куда поочередно ставились образа с двунадесятыми праздниками. В этом иконостасе заслуживали внимания образа: Покрова Пресвятой Богородицы – он поступил в Покровскую церковь от создателя еще деревянного храма Ивана Афанасьевича Заболотского и имел надпись: «Лета 7195 (1687) года писана сия святая икона на Устюге великомъ, а совершися того же года июня во 2 лень в церковь Покрову Пресвятыя Богородицы на новое место на Красную гору. А деньги за сию икону поатилъ мастеру владыченъ христианинъ Иванъ Афанасьевъ отъ своихъ пожитковъ»; Всех Святых написанный в 1701 году еще в деревянную Всесвятскую церковь по обещанию Устюжского посадского человека Ильи Плотниковка и имел надпись: «Лета 7209 году, а отъ Рождества Христова 1701, месяца июня въ 1 день, по благословению преосвященного архиепископа Иосифа великоустюжскаго и тотемскаго, написана сия святая икона въ новую начальную церковь на Красную гору; да съ сей же иконою написано семъ икон: Воскресение Христа Бога нашего, Соборъ архангела Михаила, Благовещения Богородицы, Умовение ногъ святыхъ апостолъ, Распятие Господа нашего Иисуса Христа, Илии Пророка и мученика Еоргия, а по обещанию и радению приложилъ те образы устюжанинъ посадской торговый человекъ Илья Борисовъ сынъ Плотниковъ, онъ же и Сусоровъ, а попъ Петръ Ивановъ былъ и повостъ сталъ строиться въ лето 7195 года марта 25 дня, при архиепископе Александре». Трапезный иконостас столярный крашеный с полуколоннами в нем образа: Вседержателя с предстоящими, Спас Нерукотворенный, Божией Матери Всех Скорбящих, Благовещение Богородицы. Над этими образами по центру Распятие Господне, по сторонам на 6 деках Страсти Христовы. Придел во имя Святых мучеников Флора и Лавра. Вход в придел через трапезную Покровской церкви. Предалтарный иконостас столярный. Царские врата резные золоченые. Местные образа: справа - Вседержатель, мученики Флор и Лавр, Божия Матерь Владимирская; слева – Божией Матери Нечаянная Радость, архидьякона Стефана. Над местными образами по центру Вседержатель с предстоящими, по сторонам Апостолы Павел с Андреем, Апостол Петр с Иоанном Богословом, и в двух треугольниках Зосим и Савватий Соловецкие.
Холодный храм во имя Всех Святых. Своды алтаря и церкви расписаны. Предалтарный иконостас столярный с накладной резьбой, весь золоченый, в четыре яруса. Царские врата резные золоченые, изображение Благовещения Богородицы в клейме, а четыре Евангелиста резные. Местные образа: справа – Вседержатель, Архидьякон Стефан, Коронование Божией Матери; слева – Божией Матери Одигитрии, мучеников Флора и Лавра, Архидьякона Прохора. Второй ярус: по центру – Воскресение Христово, по сторонам шесть двунадесятых праздников. Третий ярус: по центру – Вседержатель с предстоящими, по сторонам – на шести деках 12 Апостолов. Четвертый ярус: по центру – Коронование Божией Матери, по сторонам – Пророки. Над четвертым ярусом резное Распятие Господне, по сторонам в шести золоченых клеймах предстоящие Божия Матерь с Иоанном Богословом и страсти Христовы. Все иконы написаны в 1780 году устюжским иконописцем Козмой Волковым.
В настоящее время оба храма не сохранились.
Попов А. Покровская Красногорская церковь в г. Устюг. - Прибавление к Вологодским епархиальным ведомостям. Октября 15. № 20. 1893.