Одну из лучших домовых церквей имела у себя духовная семинария (Большая Дворянская, 29). Храм в семинарии начал действовать в 1822 году с момента окончания строительства здания на Большой Дворянской, он был освящен епископом Епифанием (Канивецким). Храм находился «в лучшей части дома», в центре второго и третьего этажей, и посвящался святому евангелисту Иоанну Богослову. Семинарская церковь перестраивалась и расширялась в 1847,1896 и 1903 годах. После этого она имела размеры 38 на 8 метров при высоте 8 метров (без алтаря). В начале XX века церковь уже освещалась электричеством. В 1896 году работы проводились на средства старосты купца Матвея Ульяновича Сычева. Стены были отделаны искусственным мрамором, обновлены алтарь и живопись. 7 сентября 1896 года церковь освятил ректор семинарии протоиерей Алексий Спасский.
Иоанно-Богословскую церковь в определенной степени можно считать продолжением учебных классов: здесь семинаристы должны были продемонстрировать на практике то, что они постигали в теории. Поэтому безошибочно можно утверждать, что в ней немало времени провел каждый студент. В стенах церкви бывали бурсаки святитель Петр (Полянский), новомученик Димитрий (Краснопольский), будущий митрополит Леонтий (Лебединский), Андрей Серебрянский, Иван Никитин, Алексей Путинцев, педагоги Николай Чехов, Григорий Недетовский (писатель О. Забытый), врач Константин Федяевский, ректор семинарии 1880-х годов известный историк и краевед архимандрит Димитрий, (Самбикин).
Иван Саввич Никитин, который находился в семинарии четыре года (1839-1843), свои впечатления отразил в «Дневнике семинариста» (1860). Вот строки, посвященные храму Иоанна Богослова: «Сегодня поутру в нашей семинарской церкви был торжественный молебен, на котором присутствовали профессора и почти все ученики. После того, как диакон провозгласил многолетие всем учащим и учащимся, хор певчих привел в восторг большую часть слушателей своим чуть ли не сверхъестественным криком; в особенности отличались басы. Из церкви ученики разошлись по классам».
В церкви было несколько десятков икон - многочисленные дары архиереев, бывших выпускников, юбилейные пожертвования. Иконы создавались в разное время - были «древнего письма», имелась копия с работы живописца Владимира Боровиковского, были лики, подписанные авторами, художниками Михаилом Чернышевым и Львом Соловьевым; последний, кстати, преподавал здесь же, в иконописном классе. Одна из икон отошла к семинарии от А.В. Андроновой, сестры Алексея Кольцова. На праздновании полуторавекового юбилея семинарии в сентябре 1899 года была выставлена «световая икона» (очевидно, на стекле) Иоанна Богослова работы Л.Г. Соловьева. Из четырех Евангелий в семинарском храме два были весьма старыми, отпечатанными в 1701 и 1751 годах.
В 1884 году духовники семинарии стали штатными священниками - сначала Димитрий Таиров, а с 1895 и до 1918 года - Феодор Склобовский. До этого поочередно служили педагоги, имевшие духовный сан, или приходские священники.
Здание семинарии уже в марте 1918 года было занято красноармейскими частями, за исключением ректорской и инспекторской квартир и части классов второго этажа. Ректор семинарии архимандрит Серафим (Соболев) уехал в это время в отпуск в Задонский монастырь на четыре месяца. 14 апреля 1918 года произошло столкновение отряда Красной Армии с анархистами, засевшими в семинарии. Из Тулиновского переулка по семинарии стреляла легкая пушка, снаряды попали в здание. Был поврежден фронтон, сбита люстра в церковном зале, разрушены окна внутренней церковной стены, разбиты окна в алтаре и в библиотеке. Семинарию от анархистов очистили.
Уже в июле 1918 года последнему ректору семинарии Тихону Олейникову стало известно, что здание семинарии реквизируется и вскоре будет занято «некоторыми правительственными организациями (округ путей сообщения, отдел труда)». Церковь Иоанна Богослова была закрыта вместе с учебным заведением в августе 1918 года. Возвратившийся в Воронеж архимандрит Серафим и часть постоянных богомольцев в жалобе облисполкому протестовали против выселения, так как в семинарии «имеется ценная библиотека с редкими книгами общего и религиозного содержания, за сохранность которых поручиться нельзя... а требование об очищении храма, в котором постоянно совершается богослужение, противоречит декрету Народных комиссаров о свободе совести и недопустимо с точки зрения церковного законодательства». Естественно, что письмо не возымело действия, семинария и церковь в ней были закрыты, библиотеку передали отделу народного образования, храмовую утварь и остальное движимое имущество реквизировали.