Об истории монастыря известно немного. Впервые он упоминается летописью под 1162 годом, при подходе войск Дмитрия Донского в 1386 году его сожгли, как и многие другие монастыри. В конце XVI века среди монастырских построек значились три каменные церкви: Святого Духа, Троицы и Николая. К концу XVIII века мужской монастырь упразднили, монахов перевели на Валаам, а Свято-Духов монастырь вскоре возобновили как женский. В наше время их всех построек сохранились только каменная церковь Сошествия Святого Духа и трапезная церкви Троицы. От других новгородских церквей они резко отличаются обилием украшений и нарядными маленькими деревянными куполами на высоких узких барабанах. Оба строения не оштукатурены, а оставлены в своем первозданном виде, что позволяет рассмотреть особенности кирпичной кладки.
В начале 20-х годов Духов монастырь был закрыт, а собор Св. Духа в феврале 1926 года передан Губархивбюро для оборудования в нем основного хранилища. В годы ВОВ немецкая комендатура в соборе устроила склад. После войны памятник был отремонтирован и вновь занят архивом. Значительных разрушений памятник не имел. В интерьерах частично утрачена живопись. В 1984-1985 годах в соборе были проведены ремонтно-реставрационные работы (замена покрытия центральной главы, укрепление каркаса главы, изготовление и установка креста, ремонт декоративных главок четверика, кокошников и северного крыльца, ремонт .... и штукатурки на фасадах, побелка фасадов).
В 1984 году архитектором Н. Н. Кузьминой было проведено предварительное обследование памятника и выполнен проект ремонтно-реставрационных работ. Памятник представляет собой образец четырехстолпного однокупольного трехчастного двухэтажного храма конца XIX века с фасадами решенными в "псевдорусском" стиле, мало встречающегося в Новгородской области. Церковь Троицы представляет собой небольшой бесстолпный храм на подклети, к которому с западной стороны примыкает трапезная палата. Плоские и мелко профилированные лопатки, на которые опираются килевидные арки, поясок из пятиугольных нишек, тянущийся по верхней части апсид и продолжающийся на северном и южном фасадах, сближают храм с другими новгородскими постройками середины 16-го века. В трапезной заключён целый комплекс хозяйственно-бытовых и культовых помещений. Архитектура сочетает традиции местной и московской архитектуры. Повреждена во время ВОВ. Реставрирована в 1963 году по проекту архитектора Гладенко Т.В.
