История закладки и строительства Никольского храма непосредственно связана с серией сильнейших пожаров, которые прокатились по Оренбургу в 1879 году. Современники писали, что "Пожарное бедствие для Оренбурга продолжалось целых три недели - началось оно 16 апреля в 10 часов утра, когда возник первый большой пожар в Новой слободе, 30 апреля выгорела большая половина Форштадта, 1 мая горела Старая слободка и, наконец, 5 мая - второй пожар в Новой слободке. Итого пять пожаров, из которых первый был грандиозен, а последующие очень значительны по своим размерам".
По мнению и современников, и историков, последствия пожара оказались колоссальны. Укрощением огненной стихии, а затем восстановлением сожжёного города руководил генерал-губернатор Николай Андреевич Крыжановский. Во время восстановительных работ поселяне Форштадта задумали поставить у себя новый храм. Целый участок слободы решили не застраивать жилыми домами, оставив его под возведение каменной церкви. Место выбрали подходящее - возвышенное, открытое. В части современной литературы указываются имена ходатаев постройки храма - казаков Евфимия Кольцова и его друга Феодора. Однако это утверждение вступает в противоречие уже с самой первой историей Никольской церкви, написанной по случаю завершения строительства её первым настоятелем, священником Капитоном Белявским, и опубликованной в одном из номеров "Оренбургских епархиальных ведомостей" за 1886 год. Отец Капитон свидетельствует, что "первое место" среди хлопотавших о возведении храма принадлежит Е. Г. Колокольцеву, "который своей настойчивостью побеждал все препятствия, а к неприятностям, встречающимся при строении, он привык и на них не обращал никакого внимания". Далее автор заметки называет попечителей Никиту Егоровича Григорьева, Ф. И. Полозова, А. Тимонова и сборщика средств Смородинова. Евфимий Кольцов в этом тексте не упомянут вовсе. Видимо, современные авторы исказили фамилию действительного апологета строительства - Колокольцева, представив её в "урезанном" виде - Кольцов. Кто такой друг Феодор, сказать вообще затруднительно. Можно предположить, что имеется в виду Ф. И. Полозов.
Местная традиция сложилась таким образом, что каждое сословие или социальная группа, представленные в Оренбурге, стремились иметь собственную церковь. Развитие церковного строительства Оренбурга шло при активном участии купечества и простых прихожан. В ХIХ веке храмы, возводившиеся на деньги богатого купечества, проектировали в соответствии с планировочным типом храма "корабля". Первоначально церкви, как правило, строились однопридельными. Впоследствии многие из них достраивались и приобретали вид трёхнефных и трёхпридельных зальных храмов. Это касается и Никольской церкви. Возведённая однопрестольной, впоследствии она расширилась за счёт двух приделов и трапезной. Итак, казаки начали собирать средства. Известно, что по большей части эти средства состояли из пожертвований разного рода строительными материалами. Представители станичного правления, кроме того, откладывали часть полученной правлением прибыли (например, от продажи или сдачи в аренду участков степи, принадлежавших станичникам, от податей неказаков, временно селившихся в Форштадте и т.д.), предполагая в будущем употребить эти деньги на постройку церкви. Особенным рвением в этом отличался Е. Г. Колокольцев. Через некоторое время был разработан проект каменной церкви.
Согласно первоначальному плану и предварительной смете, стоимость работ определялась в 25 тысяч рублей. У казаков же на тот момент имелось только около трёх тысяч. Тем не менее, строительство решили не откладывать в долгий ящик. Весной 1883 года состоялась торжественная закладка храма. Священник Капитон Белявский писал: "Преосвященнейшим Вениамином, епископом Оренбургским и Уральским, в присутствии градоначальника, военного начальства, почётных граждан и при скоплении многочисленной публики было положено основание церкви. После чего, по русскому обычаю, казаками была предложена хлеб-соль публике в обширной, нарочито для того раскинутой, "палатке". Однако не успела работа начаться, как тут же замерла - между заказчиками и подрядчиками (попечителями и инженерами) выявились разногласия. За давностью лет не известно, что послужило причиной размолвки. Известно, что руководитель подряда сменился, им стал В. П. Сахаров, "который безвозмедно вел и исполнил свое дело самым добросовестным и усерднейшим образом". Стоит сказать, что впоследствии под его началом в Оренбурге будет построен ещё один храм - во имя великомученика Димитрия Солунского.
Уже в ходе строительных работ храм получал различные вклады. Наиболее заметным из них был дар почётного казачьего атамана, будущего императора Николая II. Он прислал в храм, основанный в честь его небесного покровителя, ценное - "изящной работы" - напрестольное Евангелие. На позолоченной серебряной пластине Евангелия имелась выгравированная надпись: "В церкви св. и чудотворца Николая Оренбургской казачьей станицы от атамана казачьих войск наследника цесаревича Николая Александровича 6 декабря 1883 года". Большую сумму, около 1000 рублей, выделил видный оренбургский общественный деятель, историк и меценат генерал-майор Иван Васильевич Чернов. Всего он пожертвовал Никольской церкви 3000 рублей. Форштадтские казаки заказали иконостас для храма московскому мастеру Соколову. Соколов обязался выполнить все полагающиеся работы к 1 октября 1885 года. За создание иконостаса ему обещали выплатить 2750 рублей. Однако менее чем за месяц до окончания работ в мастерской Соколова произошёл пожар. Живопись многих икон была повреждена и нуждалась в исправлении. Только к середине Великого поста 1886 года готовый иконостас доставили в Оренбург. Утешая казаков, раздосадованных задержкой, московский мастер писал, что сделает такой иконостас, "какого в Оренбурге нет". В это же время купец второй гильдии Фёдор Петрович Дегтярёв строил церковь Оренбургскому духовному училищу. Он заказал колокол, который не смог поместиться на маленький ярус звона училищной колокольни. Воспользовавшись этим, казаки попросили передать его для Никольской церкви. Дегтярёв не стал упрямиться и отдал колокол казакам за 800 рублей, да ещё и с расрочкой платежа. 4 мая 1886 года храм во имя святителя Николая, Мирликийского чудотворца был освящён. Несмотря на "полупасмурную" погоду, отмеченную священником Капитоном Белявским, торжество собрало многочисленных участников, в том числе оренбургских губернаторов, почётных горожан, местное духовенство. Совершил освящение епископ Вениамин II (Смирнов).
Известно, что деревянный Никольский храм существовал в Оренбурге ещё в ХVIII веке. "... Она была каменно-деревянная, ветхая, построена 1745 г. сентября 27 дня по указу преосвященного Луки, епископа Казанского и Свияжского, из казенной суммы тщанием Неплюева". Оказывается, первая Никольская церковь являлась современницей Оренбурга, заложенного двумя годами ранее! Она возводилась тогда, когда "под стук топора и под гром пушек" на берегу Урала, в башкирских степях, возводился форпост России "для отворения пути" в Индию. Основатель крепости и губернатор края И. И. Неплюев был глубоко и искренне верующим человеком. При нём военная крепость быстро превращалась в город. Помимо Никольского храма, по его инициативе были возведены три каменные церкви: Преображенская, Введенская и Георгиевская. Во время страшного пожара в Оренбурге, происшедшего в 1786 году, сильно пострадали многие церкви города, в том числе и Свято-Николаевская церковь, построенная Неплюевым для городовых казаков в 1745 году на казённые деньги. Церковные принадлежности и ризница были переданы после этого пожара в Георгиевскую церковь. Приход и причт Николаевской церкви официально существовал ещё в 1793 году, после чего были окончательно упразнены, а все казаки, проживающие в самом городе, так и в Форштадте, были приписаны к приходу Георгиевской церкви. Сам Георгиевский приход был самым значительным в Оренбурге и насчитывал в 1798 году 437 дворов или 1748 душ мужского пола. Большим событием для совсем новой Никольской церкви стало её посещение в конце июля 1891 года наследником престола великим князем Николаем Александровичем, будущим последним российским царём. Храм любовно украсили к торжеству, а рядом с ним возвели часовню, для которой казаки на свои средства приобрели икону "в память чудесного избавления от угрожавшей его высочеству опасности в Японии 29 апреля 1891 года". В начале ХХ века при Никольской церкви существовало несколько школ: женская церковно-приходская и две непосредственно казачьих - мужская и женская. Приход храма увеличивался, сам храм нуждался в расширении.
К 1910 году к церкви пристроили два боковых придела: в честь Успения Божией Матери и во имя святого великомученика и целителя Пантелеймона. Кроме того, появилась обширная трапезная. После прихода к власти большевиков для Никольского прихода наступили непростые времена, однако храм сумел продержаться в своём изначальном качестве до середины 1930-х годов. Богоборцы предпринимали попытки закрыть церковь - удалось им это сделать лишь в 1935 году. Все святыни и утварь из неё вывезли. Сначала в здании разместили общежитие, а в годы Великой Отечественной войны - эвакуированные из Москвы и Ленинграда архивы НКВД. После смягчения антирелигиозного террора в СССР Никольский храм возродился. По одним данным, это произошло в апреле 1944 года, по другим - в мае 1944 года. Согласно отчёту уполномоченного Совета по делам Русской Православной Церкви по Оренбургу, церковь начала действовать с 1 июня 1944 года. В течение нескольких месяцев здание всё ещё было занято архивными фондами, богослужения совершались во временной постройке - сарае, в кратчайшие сроки выстроенном рядом. Именно в Никольскую церковь была перенесена кафедра оренбургских архиреев, пустующая с 1937 года после ареста епископа Варлаама II (Козули), - с назначением в Оренбург (тогда - Чкалов) иного архирея, видного церковного историка епископа Мануила (Лемешевского). Призошло это в 1945 году.
Новый этап истории Никольского собора, единственного не разрушенного в годы советской власти храма Оренбурга, начался с его возобновления как действующей церкви в конце Великой Отечественной войны. Первые шаги по возрождению храма были сделаны в годы, когда Оренбургскую кафедру занимал владыка Мануил. После ареста архиепископа Мануила руководить Чкаловской кафедрой определили епископу Борису (Вику); настоятелем собора тогда же назначили протоиерея Константина Плясунова. Современникам он запомнился замечательными проповедями и мудрыми наставлениями. В годы его настоятельства храм был расписан, во всех трёх приделах появились новые иконостасы, удалось позолотить кресты и главки на куполе и колокольне, а также устроить крестильню. С декабря 1966 года настоятелем собора являлся протоиерей Борис Сандар. При нём в 1968 году к храму пристроили придел Всех Святых, а в алтаре установили новые металлические вызолоченные престолы.
С конца 1980-х годов наступило благоприятное время для Церкви. В Никольском кафедральном соборе развернулось большое строительство. При протоирее Василии Лищенюке на церковной территории появились новые хозяйственные помещения: мастерские, склад, гараж. В 1995 году к востоку от церкви возвели водосвятную часовню. Тогда же расписали новый купол, позолотили все три иконостаса, приобрели новые паникадила. В 1997-1999 годах шло строительство настоятельского корпуса. В настоящее время на территории собора находятся: храм-крестильня в честь Богоявления, водосвятная часовня, просфорня, административный корпус с библиотекой. В 1999 году при кафедральном соборе открыли воскресную школу.
Из журнала "Православные Храмы. Путешествие по святым местам". Выпуск №144, 2015 г.