В 1156 году в Пскове в период княжения Святополка Мстиславича, брата благоверного князя Всеволода Гавриила на левом берегу реки Великой при устье речки Мирожи, по инициативе епископа Новгородского и Псковского Нифонта, был основан Спасо-Мирожский монастырь. По заказу Нифонта новгородской строительной артелью была построена главная монастырская церковь во имя Преображения Господня. Сразу после окончания строительства храм был расписан фресками. Нифонт обеспечил обитель большими земельными наделами. Есть основание думать, что обитель существовала еще раньше, потому что в это же время в Мирожской обители становится известным преподобный Авраамий, уже игумен монастыря, скончавшийся и погребенный в Мирожской обители 7 октября 1158 года, два года спустя после строительства первого ее храма.
Мирожский монастырь находился на подступах к городу, на открытом месте, на дороге из Литвы и Ливонии. Не имея крепостных стен, монастырь часто становился легкой добычей врагов, шедших на Псков. При каждом вражеском набеге он становился первой жертвой, ибо неприятель, прежде всего, бросался на беззащитные посады и окраины. В 1299 году немцы, подойдя к Пскову, разорили посады и убили игумена Мирожского монастыря Василия и пресвитера Иосифа. С именем Иосифа Л.А. Творогов связывал "Послание Есифа к детям" и считал его заказчиком псковского списка "Слова о полку Игореве". В 1323 году монастырь вновь был захвачен немецкими рыцарями. В период Ливонской войны ожидая прихода Стефана Батория летом 1581 года, псковские воеводы распорядились выжечь все посады, в том числе на Завеличье, из расположенных в них церквей вывести в город все имущество. Заняв Завеличье, Стефан Баторий поставил у Мирожского монастыря сильную батарею, а на монастырскую колокольню приказал поставить пушки, из которых вели обстрел Покровской башни каменными раскаленными ядрами. Ответным огнем псковских орудий были разрушены постройки монастыря. Кроме того, Мирожская обитель не раз служила временной квартирой московской рати, приходившей на помощь Пскову в 1463 и 1471, а также новгородской в 1474 году.
Ранняя история монастыря была слабо освещена в летописях. Сведения о судьбе монастыря, быте монашествующей братии, участии обители в общественной жизни города в 14-15 веках в письменных источниках почти полностью отсутствуют. Не сохранилось ни одного графического или изобразительного материала, представлявшего территорию монастыря ранее 16 века.
Первоначальный облик монастыря неизвестен. Скорее всего, с начала ХV века определилась граница, отделившая территорию монастыря от мысовой части междуречья Великой и Мирожи. В 1404 году игуменом Мирожского монастыря Карпом на высоком скалистом берегу реки Великой была построена церковь во имя святого Архидиакона Стефана. Изображение Спасо-Преображенского собора и храма святого Стефана можно видеть на знаменитых псковских иконах, написанных в память о спасении Пскова во время Ливонской войны 16 века. На иконе 16 века Сретения Печерского монастыря был изображен Спасо-Мирожского монастырь. На рисунке в центре монастыря возле Спасо-Преображенского собора была изображена довольно высокая колокольня башенной формы. В ходе военных действий 1581 года колокольня была разрушена. В монастыре была возведена новая колокольня, которую пристроили к западной стене Спасо-Преображенского храма, фасадом была обращена на северную сторону. О времени ее строительства ничего неизвестно. Она состоит из стены в два яруса, в нижнем ярусе размещались три пролета для колоколов, на верхнем ярусе - два пролета. На этой колокольне были укреплены 8 колоколов, один из которых имел надпись о том, что данный колокол был отлит в городе Пскове при дьяке Мисюре Мунехине 8 января 1520 года для Мирожского монастыря повелением игумена монастыря Григория. Надпись на другом колоколе сообщала о том, что колокол был отлит 14 сентября 1521 года в славном городе Пскове в Спасо-Мирожской обители при дьяке великого князя Мисюре Мунехине повелением игумена Григория, а делали колокол мастера Андреевы - Михаил и Ануфрий.
Наряду с духовной миссией, Мирожский монастырь выполнял вполне светскую просветительную роль. Монастырь в раннюю пору своего существования был сосредоточием псковской культуры. В стенах монастыря велось летописание, переписывались церковные книги, делались списки "Слова о полку Игореве" и "Задонщины". В монастыре была своя иконописная школа. Известно, что особо почитаемый псковичами святой преподобномученик Корнилий Псково-Печерский именно в Мирожском монастыре в начале 16 века делал свои первые шаги в иконописи. Главной святыней монастыря являлась чудотворная икона Божьей Матери "Знамение", что хранилась в монастыре с 1198 года. Она была прославлена в 1567 году в царствование Ивана Грозного, как икона исцеляющая. Икона была вывезена Иваном IУ в Москву, а в монастыре остался список с этой иконы, так называемая "Великая Панагия".
Со времени учреждения монастыря и до учреждения в России патриаршества настоятелями в Мирожском монастыре были игумены, которых выбирали сами монахи, а утверждал владыка. В монастыре каждый брат жил в отдельной келье и исполнял особенное, возлагаемое на него послушание. В 1528 году новгородский архиепископ Макарий в обязательном порядке ввел в монастырях новгородской епархии общежительный устав. Эта монастырская реформа коснулась псковской земли и привела к изменению внутреннего облика многих монашеских обителей. Что касалось числа братии, то можно было предположить, что до 16 века в Мирожском монастыре было многолюдно, потому, что он считался вторым из числа 4-х больших Псковских монастырей (первым был Снетогорский, третьим был Елиазаровский и четвертым Великопустынский). С конца 16 века, со времени учреждения Псковской епархии, Мирожским монастырем управляли архимандриты.
В 17 веке монастырь был владельцем крупных земельных вотчин, рыбных ловель, получал доходы с торговых рядов и водяных мельниц. Экономический расцвет отразился на строительной деятельности, результатами которой стало возникновение комплекса каменных построек вдоль берега реки Великой, южнее Спасо-Преображенского собора. Археологами были открыты руины большой каменной палаты и основание столпообразной постройки, возможно шатровой колокольни, запечатленные на псковской иконе из часовни Владычного Креста. Этим же периодом датировалось строительство каменных подклетов, расположенных напротив собора. К 1713 году была освящена построенная заново каменная Стефановская церковь с парадными воротами, выходящими к берегу Великой, а к середине 18 века, судя по описи 1766 кода, вся внутренняя территория была плотно застроена деревянными службами.
Согласно манифесту Екатерины II от 26 февраля 1764 года, монастырь был отписан к третьему классу. В Свято-Мирожском монастыре полагалось быть игумену, четырем иеромонахам, двум иеродьяконам, четырем послушникам, одному подьячему, восьми служителям. С изданием штатов послушание каждого было определено особенною должностью: казначея, ключника, чашника, просфорника и другие. В 1798 году в Мирожском монастыре проживали: игумен, три иеромонаха, вдовый священник, два иеродьякона, пономарь-ключник, чашник и просфорня. Число братии редко доходило до положенного штатами; кроме того, вместо монашествующих были в монастыре вдовые священники или другие церковнослужители, присланные в монастырь за какие-нибудь проступки. В конце 18 века было вменено в обязанность всей братией иметь общую трапезу, а по кельям рассылать пищу только больным. По изданию штатов каждый брат располагал своими средствами на жизнь.
Согласно манифесту от 26 февраля 1764 года, на содержание монастыря 3-го класса полагались выплаты: игумену -150 рублей, казначею - 22 рубля, иеромонахам - по 13 рублей, иеродьяконам - по 13 рублей, пономарю -10 рублей, просвирнику - 8 рублей, ключнику - 8 рублей, чашнику - 8 рублей, подьячему - 19 рублей; служителям для настоятеля и для потребных служб по 8 рублей; на церковные потребы и на просфоры 40 рублей; на починку церквей монастыря; на содержание ризницы - 200 рублей; на конюшенные припасы, железо и уголь - 40 рублей; на дрова - 44 рубля; на праздники и рыбу - 50; на вино - 50 рублей; на пиво 15 рублей.
Высочайшим именным указом 1797 года было приказано архиерейским домам и монастырям приписать угодья. Мирожский монастырь имел выгонные земли, данные от коллегии экономии в 1781 году (пашни, сенокосы и прочие угодья) в районе реки Мирожки в Пскове, в Псковском уезде Лабутинской волости пустошь Гайкова, Гайдук, в Завелицкой волости Псковского уезда, пахотные земли - всего во всех пустошах 93 десятины 1437 сажен. Монастырь имел рыбные ловли на реке Великой и на Мироже, на озерах Березовом и Клины, на реках Пимже и Будовижской. Ловли эти по именному Высочайшему указу от 18 декабря 1797 года были отданы во владения Мирожского монастыря. Доход монастыря от рыболовства был незначителен. Согласно этому указу, по распоряжению Псковской казенной палаты в 1803 году назначена была Мирожскому монастырю каменная водяная мукомольная мельница, которая находилась в Кирилловой мызе Островского уезда, которую монастырь сдавал в аренду. Казна монастыря пополнялась добровольными пожертвований, продажей свечей.
В 1789 году игумен Мирожского монастыря Венедикт сообщил преосвященному Иннокентию, что деревянные настоятельские покои в ветхом состоянии, он просил разрешение построить на их месте каменную колокольню и церковь во имя Святителя Николая, а между церковью и колокольней построить у Стефановской церкви особые покои, в которых могла быть устроена трапеза для братии. На эту просьбу последовало архипастырское благословение. Указ духовной консистории, разрешавший это строительство, был подписан 3 декабря 1789 года. Согласно указу был возведен двухэтажный корпус, в нижнем этаже были кельи настоятеля. В 1800 году во время разлива рек на нижнем этаже этого здания вода доходила до потолка, поэтому настоятельские кельи оказались совсем непригодными для жилья. Вскоре нижний этаж был переоборудован в кухню и трапезную. Братские кельи размещались в верхнем этаже.
В монастыре существовала ризница, которая была устроена на хорах в юго-западном углу храма Преображения и состояла из небольшой палатки с двумя маленькими окнами. Ризница монастыря была не богата утварью, главной ее реликвией считалась чаша Нифонта вырезанная из корня дерева, на дне чаши серебряная бляха с изображением распятия и надписью: "в лето 6664 (1156) апреля 8 дня в пречестную обитель Спаса Мирожского монастыря". Края чаши были украшены тонкой серебряною полосой, выполненной в 1707 году с надписью: "Святой епископ Нифонт рождение имея града Киева от благочестивых родителей принял монашество в Киевопечерской обители и на престоле епископском в великом Новгороде был 25 лет и будучи на престоле многие святые обители и церкви устроил, с благоверным князем Всеволодом Псковским и по преставлении князя Всеволода придя Святой Нифонт во Псков создал между рек Великою и Мирожею церковь Преображения Господня и обитель преславную украсил, и братию собрал, и игумена поставил, и дал села многие на устройство церкви и обители". Предание говорит, что Нифонт с этой самой чашей и посохом в руках ходил по Пскову и собирал пожертвования на монастырь. До 1805 года в ризнице хранился посох преподобного Нифонта. Он был деревянным, украшен серебряными пластинами с надписью "лета 6664 сей посох Святителя Нифонта епископа Новгородского чудотворца, создателя Мирожского монастыря обложен серебром Михаилом Сарпуковым".
При монастыре существовала библиотека, которая размещалась в ризнице. Библиотека была небольшой и состояла из богослужебных книг и рукописных богословских и философских трудов, некоторые были на латинском языке. Так, в середине 18 века за сохранностью библиотеки следил сам настоятель этой обители - архимандрит Иоасаф. Известно, что он собственноручно надписывал библиотечные книги. Так, 2 апреля 1753 года, просматривая монастырское книжное собрание, сделал надписи в книгах: "Сия книга боголепного Господня Преображения Мирожского монастыря. Подписал той же обители архимандрит Иоасоф 1753 года апреля 2 дня". На следующий день Иоасаф снова побывал в монастырской библиотеке и надписал Минею: "Сия Минея Псковского Мирожского, подарок господина подполковника Петра Михайловича Самородского. Подписал той обители архимандрит Иоасаф 1753 года апреля 3 дня".
Архив монастыря, который также размещался в ризнице, состоял из указов Псковской духовной консистории, приходно-расходных и метрических книг. Указы начали собирать только после настоятельного требования епархиального начальства в 1820 году, а до того времени о сбережении получаемых бумаг весьма мало заботились. Даже в то время, когда было предписано полученные указы и другие документы переплести в книги, то обложки на них делали из указов 18 века, чему обязаны сохранением некоторых сведений о настоятелях 18 столетия. Документы 19 века были подобраны по годам и хранились в ризнице под присмотром казначея.
До 19 века монастырская ограда была деревянной, при архимандрите Иакове вокруг монастыря была возведена каменная ограда.
До 1824 года остаток денег от некомплекта служащих сдавался обратно в казначейство, но по докладу Святейшего Синода Высочайше утвержденному 6 августа 1824 года, остаток от штатной суммы оставался в пользу монастыря; о чем последовал указ от 25 августа 1824 года на имя Евгения архиепископа Псковского, Лифляндского и Курляндского.
В 1826 году в Мирожском монастыре проживали: настоятель - архимандрит Афанасий; казначей - иеромонах Виталий, иеромонах Павел, диакон Григорий Васильев, послушники: Иван Григорьев, Михаил Петров, Иван Дементьев, Дмитрий Градов, Александр Бубнов. В 1841 году в Мирожском монастыре проживали: настоятель - архимандрит Митрофан, иеромонах Виталий; иеродьякон Никон, казначей-монах Варсонарий; послушники: Леонтий Бульновский, Александр Флоринский, Яков Куховский, Алексей Верхоустенский, Иван Куховский, Александр Смирнов, Михаил Вревский, Федор Светлов. В монастыре проживало 9 служителей монастыря с 8 сыновьями.
С 1842 года по переложению на серебро Мирожский монастырь получал штатного содержания 412 рублей 38 копеек. Со времени освобождения крестьян из крепостной зависимости монастырским служителям были предоставлены права дворовых людей, вышедших из крепостной зависимости помещика и вместо них Мирожскому монастырю назначено было содержание в 400 рублей из общественного сбора государственных крестьян. По распоряжению Псковской палаты уголовного суда, уездных земских судов, распоряжением епархиального начальства в Мирожском монастыре содержали мужчин нарушивших морально-этические законы. Так, в 1848 году на шесть месяцев под присмотр архимандрита Нифонта были присланы в монастырь: Николай Никифоров - дворовый человек помещицы Мягковой; Андрей Богданов - дворовый человек порховского помещика Ноинского.
В 1850 году монастырь был приписан к архиерейскому дому, архимандрит Нафанаил управлял монастырем в качестве архиерейского наместника, (в качестве настоятеля Нафанаил находился в монастыре с 1845 года). С 1864 года Мирожским монастырем вновь стали управлять архимандриты. 11 января Святейшим Синодом был определен на службу настоятелем Спасо-Мирожского монастыря архимандрит Николай (Трусковский). Одновременно он был назначен ректором Псковской духовной семинарии и членом Псковской духовной консистории. Архимандрит Николай окончил курс Литовской семинарии в 1841 году, окончил курс Киевской духовной академии. Обучался наукам богословским и философским, историческим и физико-математическим; языкам: греческому, латинскому, еврейскому и немецкому, был профессором богословия. С 1849 год являлся ректором Минской духовной семинарии, занимался составлением историко-статистического описания Минской епархии, которое было представлено в Святейший Синод, за что получил орден Св.Владимира 3-й степени и личную благодарность императора. Одновременно с архимандритом Николаем в Спасо-Мирожском монастыре находились: казначей - иеромонах Амвросий, священник Иоанн Бородинский, иеродиакон Гедеон, послушник Никандр Ульянов.
В середине 19 века монастырь переживал период хозяйственного упадка, резко сократилось число монашествующих. Монастырю угрожала судьба разорившихся обителей, если бы в 1858 году в соборном Спасо-Преображенском храме не были обнаружены под побелкой древние фрески. Интерес Императорского археологического общества и местных знатоков-краеведов к древнейшей псковской святыне и фресковой живописи, способствовал возрождению монастыря и возобновлению архитектурного ансамбля. В 1886 году по случаю наводнения были проведены значительные ремонтные работы. Храм был вновь освящен в августе 1886 года епископом Псковским и Порховским Гермогеном.
В 1884 году на собранные монастырем пожертвования были проведены ремонтные работы в храме во имя Св.Апостола Первомученника и Архидиакона Стефана. В 1884 году к нему была пристроена деревянная паперть со ступенями, ведущими в средний ярус, где находится собственно церковь, было устроено отдельное помещение для библиотеки. В храме потолок и полы переделали. Стены были оштукатурены, поставлены две новые кафельные печи и установлен новый иконостас. На ремонт было израсходовано 872 рубля.
21 октября 1884 года храм был освящен епископом Нафанаилом. Под храмом в нижнем ярусе размещалась кладовая, рядом с алтарем, в отдельной каменной палате размещалась ризница. Здесь находился широкий высокий проход в виде ворот, покрытый аркой, а рядом с ним такой же проход, но гораздо уже и ниже, в виде калитки для пешеходов. Это Святые ворота - парадный вход из города на центральный монастырский двор. Над воротами в 1884 году была построена колокольня из местной плиты и кирпича. На строительство колокольни было израсходовано 2214 рубля. Всего на ней висело 8 колоколов.
Здание Стефановской церкви, колокольни и братского корпуса образовали единый фасад, обращенный парадной частью к городу. 21 октября 1884 года Стефановский храм был освящен епископом Нафанаилом. В конце 19 века на старом каменном подклете 17 века, напротив Спасо-Преображенского храма был возведен деревянный дом настоятеля. В 1899 году ремонтные работы на территории монастыря были продолжены старанием и усердием самой братии во главе с настоятелем архимандритом - Николаем. Богослужение в храмах Спасо-Мирожского монастыря совершались в следующем порядке: в Преображенском храме, который не отапливался, службу вели от Пасхи до Воздвиженья, а в Стефановском теплом храме - от Воздвиженья до Пасхи.
Фрески храма Спасо-Преображения Мирожского монастыря до1890-х годов оставались под слоем штукатурки, когда штукатурка была отбита, драгоценные фрески стали доступны научному исследованию. Работами по исследованию фресок руководил академик В.В.Суслов. 6 августа 1897 году по Высочайшему соизволению Святейшим Синодом была учреждена особая строительная комиссия под председательством М.П.Боткина. Комиссия эта поручила работы по укреплению стен храма архитектору Ф.П. Нестурху, а реставрацию фресок суздальским живописцам под руководством Н.М. Сафронова. Профессор Н.В. Покровский в 1898 году писал: "Фрески Мирожского монастыря принадлежат к числу редких явлений в ряду памятников древнейшего искусства в России. Они замечательны как со стороны художественного стиля, так и со стороны иконографической, по разнообразию их внутреннего содержания. Фресками покрыты все внутренние поверхности Спасо-Мирожского собора. Церковных стенописей такой почтенной старины уцелело на православном востоке очень немного. По археологической важности и по художественному характеру фрески Мирожского монастыря стоят ближе к фрескам Спасо-Нередицким. Реставрационные работы в 1902 году были закончены, а 24 августа 1902 года преосвященный Сергий епископ Псковский и Порховский освятил храм Спасо-Преображения. Государем императором было пожаловано на окончание реставрационных работ 7000 рубля. На реставрационные работы были израсходованы 16890 рублей.
В 1902 году в храме Спасо-Преображения после проведения реставрационных работ и капитального ремонта на средства Святейшего Синода был поставлен мраморный иконостас итальянской работы.
В 1902 году в Мирожском монастыре находились: настоятель архимандрит Николай; казначей иеромонах Александр, иеромонахи: Иустин и Нафанаил, иеродиакон Власий и Серафим, монахи - Нифонт и Стефан, Алексий; послушники:Нил Лучинский, Павел Вавилов, Николай Павлов, Иван Соколов, Петр Суворов, Иван Коршунов, Владимир Васильев.
В 1907 году возглавлял Мирожский монастырь настоятель - архимандрит Амвросий, который окончил курс Костромской духовной семинарии, и Московской духовной академии, имел ученую степень кандидата богословия, в 1904 году был назначен ректором Благовещенской духовной семинарии и возведен в сан архимандрита. Указом Святейшего Синода от 14 июля 1906 года Архимандрит Амвросий был перемещен на должность настоятеля Спасо-Мирожского монастыря, был назначен членом духовной консистории. Резолюцией архиепископа Псковского и Порховского Арсения 26 марта 1907 года был утвержден в должности члена епархиального училищного совета, с 1907 года преподавал Закон Божий в старших классах Сергиевского реального училища. Согласно послужному списку монашествующих Мирожского монастыря 1907 года числились: казначей монастыря - иеромонах Александр, иеромонах Нил, иеродьяконы: Сергий, Василий, Серафим.
В 1914 году настоятелем Спасо-Мирожского монастыря являлся игумен Досифей, казначеем монастыря - иеромонах Александр; благочинным обители - иеромонах Корнилий; экономом монастыря - иеромонах Серафим; в монастыре находились иеродиаконы: Платон, Митрофан, Василий; иеромонах - Нафанаил и монах Нифонт.
В 1914 году при монастыре числилось удобной и неудобной земли - 93 десятины 1437 кв. сажень, в том числе: пустошь Ново-Степаново в Псковском уезде в 30 верстах от монастыря, подаренная Яковом Ивановичем Ларионовым; пустошь Перино в Лагозовской волости Псковского уезда в 7 верстах от монастыря; пустошь Гайково в 4 верстах от монастыря на территории Псковского уезда; пахотные земли монастыря рядом с монастырем у реки Мирожи. Земли Ново-Степанова и Перино с разрешения епархиального начальства сдавались в аренду. Землю у монастыря обрабатывали сами. Садоводством, огородничеством и пчеловодством братия обители не занималась. На территории монастыря размещался скотный двор, по недостатку собственного корма и выгона обитель содержала скота самое малое количество для питания братии. При скотном дворе находился одноэтажный дом из плиты для прислуги. На хозяйственном дворе были построены: житница, ледник, каретный сарай. В юго-западном углу монастырского двора была построена из плитняка баня с деревянным предбанником. В южной части монастырского двора стояли два деревянные сарая, один для дров, другой - для сена. В монастыре не было иконописной мастерской.
В 1918 году помещения монастыря были переданы для проживания в нем погорельцев. 8 марта 1921 года коллегией подотдела искусств губернского отдела народного образования было принято решение об открытии в Пскове экскурсионной станции. С 15 июня 1921 года экскурсионная станция была открыта на территории Мирожского монастыря, заведующим станцией был назначен В.А. Федоров. Только в 1921 году экскурсионная станция приняла более 700 человек из Петрограда, из уездов Псковской губернии, из Москвы. Общежитие при станции было оборудовано для приема и размещения на территории Мирожского монастыря 30 человек. Экскурсионная станция успешно прижилась в стенах древнего монастыря. Но монастырь официально не был закрыт. Местный журналист, присутствовавший 25 июня 1922 года на лекции В.А. Федорова на территории Мирожского монастыря, писал: "Раздается обычный монастырский звон, но только три монаха, живущие в этом историческом монастыре, пошли в церковь". 6 августа 1922 года был составлен акт об изъятии в пользу голодающих Поволжья ценностей Мирожского монастыря - серебряных риз, лампад, ковшей, блюд, и др.
Согласно протоколу за №41 заседания президиума Псковского губернского исполнительного комитета от 28 мая 1924 года, на заседании было принято постановление о закрытии Мирожского монастыря и Стефановской церкви. "Ввиду фактической передачи Мирожского монастыря экскурсионной станции и закрепления его за Губоно (постановление от 6.02.1922.), считать таковой закрытым". "Стефановскую церковь как являющуюся частью закрытого Мирожского монастыря и как безприходную при отсутствии заявлений граждан о желании пользоваться - закрыть".
http://document.archive.pskov.ru/archiveid/69322726/stocks?lc=ru