Иоанно-Предтеченский собор был построен по заказу князей Пскова, основавших здесь монастырь. В древности храм служил местом погребения княгинь, а иногда и других членов семейств псковских князей или наместников. Дата его возведения неизвестна. В исторических источниках он впервые упоминается только под 1243 годом. По мнению псковского реставратора И. И. Лагунина, заказчиком Иоанновского собора выступил один из видных политических деятелей Руси второй четверти - середины ХII века Святополк Мстиславич, внук Владимира Мономаха. Святополк, в крещении - Иоанн, был тесно связан с Псковом, после смерти своего брата Всеволода в течение нескольких лет он занимал псковский престол, затем княжил в Новгороде. И. И. Лагунин склонен связывать с именем Святополка не только постройку Иоанновского собора в Завеличье, напротив кремля, но также и возведение (или завершение строительства) главного Троицкого собора Пскова: "Такая самостоятельность князя и резкий рост авторитета Пскова в Новгородской федерации, - пишет он, - возможно, и послужили причиной конфликта князя с новгородцами, в результате которого он был изгнан и намеренно забыт".
Иоанно-Предтеченский собор, замечательный памятник домонгольской архитектуры, неоднократно привлекал к себе внимание виднейших учёных. Изучением и реставрацией храма занимались такие знаменитые археологи, исследователи архитектуры и реставраторы, как И. Э. Грабарь, В. Д. Белецкий, Г. М. Штендер, Л. И. Комеч, Ю. П. Спегальский. Общепринятая дата основания собора - начало 1140-х годов. Однако существует мнение, несколько удревняющее историю храма в честь Рождества Иоанна Предтечи. Так, архитектор-реставратор С. П. Михайлов датировал постройку 1124-1127 годами. Если данное предположение верно, то Иоанновский собор следует признать древнейшим сохранившимся зданием Пскова. В домонгольский период русской истории на строительство крупного каменного храма обычно уходило от четырёх до шести лет, что установлено подсчётами исследователя средневековой архитектуры П. А. Раппопорта. В первой половине ХII века строители работали в Новгороде и Пскове с такой же скоростью, как и в других городах. Однако во второй половине ХII века дело пошло быстрее: небольшие размеры храмов и их упрощённые формы позволили возводить церкви за два сезона или даже за один.
При возведении Иоанновского собора были применены некоторые приёмы, не характерные для предшествующего времени, но вполне вписывающиеся в строительные принципы ХII века. Так, если в первое столетие существования на Руси каменного зодчества лестницы для подъёма на хоры располагались в башнях, примыкающих к основному объёму здания, то в ХII столетии их начинают размещать в толще стен церкви. Наиболее ранний пример такой лестницы известен в соборе Елецкого монастыря в Чернигове, возведённом в самом начале ХII века. В нём лестница была устроена в западном членении северной стены. Так же устроены лестницы киевской Кирилловской церкви, Успенского собора Старой Рязани. Ещё чаще лестницу делали в северном членении западной стены храма. Примерами могут служить соборы Бориса и Глеба в Чернигове, Петра и Павла в Смоленске, Благовещения в Витебске, Спасская в полоцком Евфросиньевом монастыре. В этот список входит и псковский Иоанновский собор, но следует заметить, что среди памятников новгородского зодчества больше ничего подобного мы не найдём. Позднее, примерно с 60-х годов ХII века, здесь установилась традиция размещать лестницу не в северном, а в южном членении западной стены. Замена широкой и пологой лестницы в лестничной башне, ведущей на хоры, узкой и крутой лестницей в толще стен, вероятно, объясняется желанием удешевить стоимость постройки.
Типично новгородский приём был использован неизвестными авторами Иоанновского собора при создании самих хор. Речь идёт о системе балок, которые традиционно применялись для устройства хор в новгородском зодчестве. Впрочем, обычно на них опиралось среднее членение хор (Староладожские Георгиевская и Успенская церкви) - в соборе же Рождества Иоанна Предтечи, как и в церкви Спаса на Нередице, балки поддерживают все хоры. Ещё одним архитектурным новшеством, введённым строителями Иоанновского собора, явилось изменение принципов создания полов. В это время вышли из употребления мозаичные и шиферные полы и получили широкое распространение полы из керамических плиток. Кроме того, стали применяться известковые полы из кирпича и из каменных плит. Известковые полы представляют собой хорошо затёртый слой раствора (большей частью это специальный, очень прочный мелкозернистый раствор, состоящий из извести и мелкотолчёного кирпича или известняка) небольшой толщины - около одного- двух сантиметров; под ним, как правило, лежит более грубый слой раствора. Коренастый, прочно вросший за девять веков своей истории в землю, лишённый богатых украшений Иоанно-Предтеченский собор, возможно, не так радует глаз, как другие знаменитые памятники русского культового зодчества. Однако строгий минимализм этой церкви, стоящей на берегу реки Великой, свидетельствует об ином великолепии - доступной и понятной "проповеди в камне", составляющей задачу любого христианского храма.
Первые столетия истории храма "съедены" безжалостным течением времени. С середины ХIII века уже имеются письменные источники, говорящие о том, что Иоанновский храм являлся собором одноимённого монастыря. По преданию, монастырь вокруг храма основан около 1240 года святой благоверной княгиней Евфросиньей, в иночестве Евпраксией. В 1243 году, после мученической смерти в городке Оденпе (Одемпе), на землях современной Эстонии, она была погребена в соборном храме созданного ею монастыря - у северной стены, рядом с амвоном. С тех пор Иоанновский храм стал усыпальницей псковских княгинь. В последней четверти ХIII века он находился под покровительством прославленного князя Довмонта. Здесь обрели своё последнее пристанище княгиня Мария, внучка Александра Невского и жена Довмонта, княгиня Наталия - невестка Довмонта, супруга его сына Давида. В 1487 году "князь Ерослав преставися во Пскове, и положиша его у святыа Троици, также и княгиня его и сын его преставися и положении у святаго Иоана на Завеличьи". Речь идёт о представителях знаменитого рода Оболенских, уже с конца ХIV века находившихся на службе великих князей Московских. Ярослав Стрига-Оболенский являлся псковским наместником, направленным сюда Иваном III. Считается, что наместник и его семья погибли в 1487 году от морового поветрия, чёрной тенью тогда накрывшего Псков. Ярослав упокоился в псковском кафедральном соборе во имя Троицы Живоначальной, а жена и сын - в храме Рождества Иоанна Предтечи.
После присоединения Пскова к Москве в 1510 году великий князь Василий III жалованной грамотой освободил крестьян Иоанновской обители от местного суда. Впоследствии эту грамоту подтверждали другие русские государи. Монастырь получил право обращаться непосредственно к ним по судебным делам. В 1581 году, во время осады Пскова войсками Стефана Батория, Иоанновский монастырь был разграблен поляками. В 1615 году город штурмовали уже шведы, предводительствуемые королём Густавом II Адольфом. Тогда незванные гости устроили в обители "шведский магазин", то есть склад. В правление Михаила Фёдоровича Романова Иоанно-Предтеченский монастырь, пришедший в упадок после событий конца ХVI - начала ХVII веков, был возобновлён. 28 марта 1623 года царь Михаил от своего имени и от имени Патриарха Филарета дал обители льготную грамоту. Подтверждение всех своих прав на владения монастырь получал от царей Алексея Михайловича и Петра Алексеевича.
После секуляризационной реформы 1764 года материальное положение Иоанно-Предтеченской обители стало тяжёлым, несмотря на то, что в соответствии с монастырскими штатами её отнесли ко второму классу. Монастырь считался "знатнейшим из числа женских монастырей Псковской епархии", в него переводили монахинь из упразднённых обителей, к нему приписали церкви, бывшие до 1764 года монастырскими: Ильинскую (Ильи Сухого) на Завеличье и Стефановскую (бывшего мужского монастыря с. Луга). В 1811 году в приделе Иоанновского собора, снесённом в ходе реставрации после Великой Отечественной войны, был погребён псковский вице-губернатор Самуил Самуилович Фигнер, отец героя Отечественной войны 1812 года Александра Фигнера.
С 1840 по 1842 год, согласно указу Псковской духовной консистории, причт монастыря состоял из двух священников, одного диакона и двух причетников. В 1842 году должность диакона "сократили". Определением Святейшего Синода от 21 декабря 1884 года разделение священников на настоятелей и помощников было упразднено. 9 июля 1878 года монастырь посетили великие князья Константин Константинович, Дмитрий Константинович, Сергей и Павел Александровичи. В 1910 году здесь останавливалась великая княгиня Елизавета Фёдоровна. До революции Иоанновский собор окружало небольшое кладбище, служившее для погребения монашествующих, а за особое пожертвование в пользу монастыря, хоронили и мирян.
В начале ХХ века обитель была благоустроена, храмы отремонтированы, появились новые жилые помещения и необходимые службы. В 1913-1914 годах в обители проживали 25 монахинь, 47 рясофорных послушниц и 32 послушницы-белицы. С установлением советской власти монастырь заняли красноармейцы. Сёстрам оставили только два маленьких дома, при этом было реквизировано всё монастырское имущество. Вопрос о ликвидации Иоанно-Предтеченской обители поднимался в феврале 1921 года - тогда предполагалось устроить здесь колонию для беспризорных детей. Этот план осуществлён не был. Летом 1923 года состоялась передача помещений обители в ведение предприятия "Пролетарий". Иоанновский собор предназначался под клуб, остальные помещения должны были стать общежитием, в кельях произвели соответствующий ремонт. Монастырское имущество, представлявшее художественную ценность, передавалось в музей, всё остальное - в распоряжение местных органов власти. В марте 1924 года с собора сняли и отправили на переплавку колокола, а 28 мая газета "Псковский набат" сообщила, что "снят последний крест Ивановского монастыря, превращённого в клуб и общежитие завода". Одновременно, 16 мая 1924 года, постановлением губисполкома было закрыто для захоронений кладбище при обители, которое через тринадцать месяцев было срыто с лица земли. В 1930-е годы Иоанновский собор использовался, по некоторым данным, как гараж, затем его последовательно приспосабливали под склад типографии, хранилище торфа и музей. В годы Великой Отечественной войны храм сильно пострадал, почти все пристройки были разрушены.
С конца 1940-х годов началась реставрация церкви - в соответствии с проектом архитектора П. М. Максимова. Тогда приняли решение восстановить покрытие глав собора и основного объёма храма в формах, близких к первоначальным; приделы во имя апостола Андрея Первозванного и преподобного Серафима Саровского при этом не воссоздавались. Постановлением Совета Министров РСФСР от 30 августа 1960 года собор был взят под охрану государства как памятник республиканского значения. В 1978 году, во время очередных реставрационных работ, в одной из ниш западной стены храма, расположенных на уровне хоров и, возможно, служивших для уединённой молитвы, обнаружили тайник, включавший около 70 предметов, в том числе небольшие келейные иконы. Среди них особую ценность имела икона византийского письма ХIV века и ряд икон псковской школы иконописи ХV столетия.
В 1991 году Иоанновский собор вернули Русской Православной Церкви, и 7 июля здесь прошло первое богослужение. С 2007 года Иоанновский собор стал подворьем Иоанно-Богословского Савво-Крыпецкого монастыря. В апреле 2009 года на звонницу храма подняли шесть новых колоколов общим весом около 500 килограммов. 20 августа 2012 года Министерство Культуры России издало приказ "Об утверждении предмета охраны объекта культурного наследия федерального значения "Собор Иоанна Предтечи Ивановского монастыря, 1240 г." и его регистрации в Едином государственном реестре объектов культурного наследия (памятников истории и культуры) народов Российской Федерации". Следует обратить внимание, что документ предлагает 1240 год в качестве официальной даты основания храма.
Из журнала "Православные Храмы. Путешествие по святым местам". Выпуск №19, 2013 г.