Церковь Новомучеников и Исповедников Российских в Суздале имеет православное исповедание и принадлежит РПАЦ (Российская православная автономная церковь). В ознаменование 2000-летия Пришествия Христова и в память Святых Новомучеников и Исповедников Российских, Архиерейский Синод РПАЦ, во главе с архиепископом Валентином (Русанцовым), принял решение о строительстве храма в новом микрорайоне г. Суздаля. Храм был построен в сжатые сроки, примерно за один год, строительство завершено в конце 1999 г. – нач. 2000 г. Строительство храма производилось в основном на пожертвования русских эмигрантов Татьяны Георгиевна Бельчевой и протоиерея Владимира Шишкова, неоднократно жертвовавших большие суммы на возрождение Православия на Родине.
Татьяна Георгиевна Бельчева – дочь выдающейся деятельницы русской эмиграции Екатерины Сергеевны Фишер (13.02.1900, Москва – 01.09.1991, Ницца). Екатерина Сергеевны Фишер, подвижница святости и благочестия, известна своей многогранной благотворительной деятельностью. Она создала более 10 благотворительных организаций, которые за границей помогали эмигрантам. В 1933 году в Цюрихе Екатерина Фишер совместно с другими подвижниками построила храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Она создала «Музей Белого воина», собрав многочисленные реликвии, связанные с русской эмиграцией. Согласно ее завещанию – вернуть Музей Белых воинов в Россию после падения большевистского режима, музей был привезен в Россию Татьяной Бельчевой в 1993 г, в Суздаль. Первоначально экспонаты были переданы архиепископу Валентину (Русанцову). Затем музей передали в дар Суздальскому музею-заповеднику.
Другим устроителем храма является протоиерей РПАЦ Владимир Александрович Шишков (04.03.1927–02.09.2009), который В 2001 году подал прошение о присоединении к РПАЦ. Отец Владимир удостоился высоких наград священника – права ношения митры, второго креста и сана протопресвитера. Он также содействовал передаче в город Суздаль эмигрантского музея Белого Воина.
Основные заботы по строительству храма взял на себя о. Валентин (03.03.1939–16.01.2012), в миру Анатолий Петрович Русанцов, первоиерарх и митрополит РПАЦ. Отношение к личности и деятельности о. Валентина неоднозначно. Одна из сторон считает его раскольником (тема часто обозначается как «Суздальский раскол»). В отношении о. Валентина были заведены несколько уголовных дел (впоследствии обвинения сняты), поставлен вопрос о лишении сана, а также прошли судебные процессы, связанные с изъятием имущества РПАЦ. Противоположная точка зрения заключается том, что РПАЦ рассматривается в качестве законного наследника исторической Православной Российской Церкви, а в лице о. Валентина видится основатель церкви, свободной от государственно-политического давления. Гонения же и преследования являются следствиями крайне негативного отношения РПЦ к РПАЦ.
По завершению основного строительства, 26 мая 2000 г, совершен чин освящения крестов, которые были торжественно подняты и укреплены над главой храма. Освящение Храма состоялось в дни VIII Епархиального съезда Суздальской Епархии. В нем было совершено вечернее богослужение 24 ноября 2000 г, а чин Великого Освящения храма и первую Божественную литургию в нем совершил 25 ноября 2000г. Архиепископ Валентин в сослужении Епископов Феодора, Серафима, Виктора, Антония и Тимофея.
Летом и осенью 2000 г. над интерьером храма работали художники Алексей Китякин с женой, неоднократно расписывавшие храмы Суздаля. На стенах храма появились образы святых новомучеников Российских – митрополитов Петра, Иосифа, Кирилла, святого Патриарха Тихона, Святых Царственных Мучеников.