История Ярославского Казанского женского монастыря связана с обретением Ярославской-Казанской иконы Пресвятой Богородицы. Эта святыня была одним из первых списков с Казанской иконы, обретенной в 1579 г. в Казани. Согласно «Сказанию о явлении Казанской иконы Богородицы в Тетюшах и о построении Казанского девичьего монастыря в Ярославле», в 1588 г. житель г. Романова (ныне левобережный Тутаев) Герасим находился по торговым делам в селе Тетюши близ Казани, где попал под влияние местных жителей, ведших беспутную жизнь. Однажды на волжском берегу Герасим был повержен молнией из неожиданно появившихся туч. В результате у него отнялась правая рука. Тут же Герасим услышал голос, повелевший ему идти в Казань и рассказать там живущим, что если они не прекратят бесчинства, то в наказание им будет послан великий голод. Опомнившись от страха, Герасим увидел в той стороне, откуда исходил голос, в необыкновенном свете Пресвятую Деву Богородицу. Однако Герасим не решился сразу выполнить Её волю. В следующую ночь Богородица вновь явилась Герасиму, и на утро он отправился к епископу Казани и передал ему пророчество. В третью ночь Герасим получил в видении от Богородицы повеление приобрести в определенной лавке в Казани Ея икону, принести икону в Романов и построить в честь неё храм. Купив икону в указанном месте (это был список с Казанской иконы, явленной в 1579 г.), Герасим сразу исцелился. Вскоре он принёс икону в Романов, где её поместили в Никольский храм. От новообретенной святыни происходили многие чудеса и исцеления. Но романовцы не выполнили завет Богородицы и храм в честь иконы не построили.
20 лет спустя, в марте 1609 г. Романов был разорен польско-литовскими интервентами. Среди них был один литвин православного исповедания Яков Любской. Он взял икону Божией Матери и позже привез ее в Ярославль. Город сильно пострадал от захватчиков, действовавших от имени Лжедимитрия, многие жители погибли, потеряли родных и имущество. Узнав о нахождении в Ярославле Казанской иконы, ярославцы стали просить Любского продать святыню. Он сначала отказывался, но затем отдал икону бесплатно. Ярославцы поместили образ в храме Похвалы Богородицы Димитриевского прихода. Враги оставили город в мае 1609 г. Тогда же диакону Крестовоздвиженской церкви Елеазару было откровение от Божией Матери, повелевшей, чтобы посадские и служилые люди воздвигли храм в честь чудотворного образа. Иждивением жителей в благодарность об избавлении от захватчиков в 1610 г. вблизи городского Земляного вала «в меньшем остроге» первая деревянная Казанская церковь была построена. Перед освящением храма торжественно была принесена в его стены Ярославская-Казанская икона Богородицы. Вскоре при храме поселились 72 монахини разрушенного польскими интервентами в 1609 году женского монастыря Рождества Богородицы, находившегося в Ярославле у стен Спасо-Преображенского монастыря. Так было положено основание Казанского женского монастыря и почитания чудотворной иконы.
Второе, каменное здание Казанской церкви было построено на месте разобранной деревянной в 1649 г. В 1672 г. был освещен придел святой Параскевы Сербской в алтаре, а в 1673 г. был освещена сама церковь. В 1680 г. интерьер храма был украшен стенной росписью. В 1684 г. храм получил каменную трапезную с шатровой колокольней над входом. В трапезной был устроен теплый придел святых Климента Папы Римского и Петра Александрийского.
Будучи в основном деревянным, монастырь сильно пострадал во время большого городского пожара 11 июня 1658 г. В 1766 г. монастырь был обнесен каменной стеной с надвратной церковью Иоанна Предтечи. В 1797 г. при соборе была освящена теплая церковь во имя Нерукотворного образа Спаса.
К началу XIX в. постройки монастыря постепенно приходили в ветхость. В 1808-1817 г.г. были выстроены несколько каменных келейных корпусов вместо деревянных, и настоятельские покои. В 1818 г. сооружена новая монастырская стена с 4 башнями по углам и тремя воротами. В 1820-1828 г.г. был построен теплый одноглавый храм Покрова Богородицы с приделами Иоанна Предтечи и Николая Чудотворца и четырехъярусной колокольней над восточными воротами. В третьем ярусе колокольни было размещено 10 колоколов. Стенная живопись в Покровском храме была выполнена художником Т. Медведевым.
В начале 1830-х г.г встал вопрос о разборке пришедшей в ветхость каменной Казанской церкви и строительстве на её месте нового собора. В 1835-1838 г.г. по проекту архитектора А.И. Мельникова был построен, а в 1845 г. освящен третий соборный храм во имя иконы Казанской Божией Матери. За ходом работ было поручено наблюдать губернскому архитектору П.Я. Панькову. При постройке нового здания собора был использован кирпич от разборки теплой церкви упраздненного в 1828 г. Борисоглебского прихода. Массивное здание собора решено в позднеклассических формах. Колонны и полуколонны украшают не только входы в храм и простенки между окнами, но и главы, имеющие форму восьмиугольных башен. Собор был расписан в 1840 г. артелью Т. Медведева и имел трехъярусный резной иконостас с колоннами.
В 1878-1881 г.г. при покоях игуменьи была сооружена одноглавая домовая церковь во имя Сретения Господня. Казанскому монастырю принадлежала часовня на бывшей Семеновской (ныне Красная) площади в Ярославле. Другая часовня была устроена в северо-восточной башне монастырской стены. Еще одна часовня находилась с 1869 г. в Рыбинске на принадлежащей монастырю земле.
В XVII в. содержание монастыря осуществлялось за счет доходов от сбора таможенных пошлин в Ярославле (грамота царя Алексея Михайловича 1659 г., грамоты Иоанна и Петра Алексеевичей 1685 г. и 1687 г.). В 1764 г. монастырь был причислен к третьему штатному классу. На его содержание из казны выделялось 240 руб. 48 коп. в год.
Монастырь занимал квартал, образованный улицами Казанская (ныне Первомайская), Варваринская (ныне Трефолева) и Театральной площадью (ныне Волкова). В начале XX в. в 8 каменных и 1 деревянном корпусах проживало более 300 насельниц. Казенным содержанием были обеспечены 40 иноческих вакансий, а также игуменья и двое диаконов. На содержание монастыря и жалование настоятельнице с сестрами и священнослужителями ярославское казначейство выплачивало 337 руб. 42 коп. в год. В монастыре действовали иконописная, а также золотошвейная мастерская, работы которой были отмечены дипломом Высшей награды Министерства Финансов за участие в Парижской выставке 1900 г. При монастыре была организована церковно-приходская школа, где в 1910 г. обучались 63 ученицы.
Казанскому монастырю принадлежали приобретенные и пожертвованные земли и дома в Ярославле и Ярославском уезде, мукомольная мельница на реке Лахость, сдававшаяся в аренду, а также дом в Рыбинске. На монастырской земле за Волгой в 1891-1894 г.г. была выстроена церковь Тихвинской Богоматери, при которой находилось кладбище. При церкви была устроена богадельня.
С 1610 г. по 1918 г. управляли обителью, сменяя друг друга, 29 игумений. В монастыре в 1856 г. проживало 167 насельниц, в 1881 г. - 232, в 1909 г. - 381. С 1859 г. штат увеличен до 30 монашеских вакансий, с 1893 г. - до 40. С начала XIX в. монастырь славился школой иконописного и золотошвейного мастерства, имевшей дипломы высшей степени, церковным пением большого монашеского хора (до 200 чел.), а также выпечкой разнообразных просфор.
В мае 1837 г. посетил обитель цесаревич Александр Николаевич - будущий император Александр II. 8 июля 1892 г. в соборе Ярославского Казанского монастыря сослужил Митрополиту Ионафану, архиепископу Ярославскому и Ростовскому, святой праведный Иоанн Кронштадтский. 7-8 июля 1910 г., в дни празднования 300-летия Казанского монастыря, торжественное богослужение в Казанском соборе возглавлял, будучи архиепископом Ярославским и Ростовским, святитель Тихон (с 1917 по 1922 г.г. Патриарх всея Руси). В 1916 г. 21 и 22 октября в Казанском соборе служил святитель Агафангел, архиепископ Ярославский и Ростовский (с 1922 по 1926 г.г. - патриарший местоблюститель).
После событий белогвардейского мятежа 1918 г. монастырь был упразднен, все имущество изъято, монахини отправлены в Толгский монастырь, где пребывали до его закрытия. В 1919-1922 г.г. на территории обители был устроен концентрационный лагерь. В 1928 г. в Казанском соборе на высоте 9 м. сооружено железобетонное перекрытие для 2-го этажа и размещен Государственный архив Ярославской области. Покровский храм в 1930-е г.г. переоборудован под библиотеку, а в 1948 г. под планетарий.
В начале 1990-х г.г. еще невозвращенный Церкви Казанский собор постепенно, одной за другой, увенчался пятью золочеными главами. В 1997 г. возобновилась богослужебная жизнь обители. Как приходской храм был открыт собор. Богослужения совершались в подклете. В 1998 г. монастырь был вновь открыт, настоятельницей определена монахиня Толгского Свято-Введенского женского монастыря Михаила. В том же году была передана и начала восстанавливаться Сретенская домовая церковь. Сохранившиеся корпуса, заселенные жителями, передавались постепенно, в течении нескольких лет. В 1999 г. архивохранилище было переведено в Рыбинск, Казанский собор освободился. Началась его долгая и кропотливая реконструкция. Основные работы были проведены при поддержке ОАО «Ярославский технический углерод» и его генерального директора (впоследствии - председателя совета директоров) Вадима Юрьевича Орлова. Роспись алтаря Казанского собора выполнили ярославские художники Сериков Александр Николаевич, Кирильчев Михаил Анатольевич и Смирнов Алексей Васильевич эта их работа отмечена областной премией за достижения в области культуры им. Александра Опекушина.
К тысячелетию Ярославля был построен новый планетарий, Покровский храм возвращен обители. Работы по его восстановлению также проводились с помощью В.Ю. Орлова.
На территории обители находится Ярославская губернская гимназия имени свят. Игнатия Брянчанинова и Регентская школа при Ярославской духовной семинарии. 21 июля 2003 г. на территории Казанского монастыря, перед собором, был установлен деревянный памятный поклонный крест «Жертвам кровавых событий в лето 1918 от Рождества Христова». В 2008 г. деревянный крест был заменён гранитным.
Местночтимые святыни обители - чудотворный список с Ярославской Казанской иконы Божией Матери, выполненный сестрами обители в иконописной - золотошвейной мастерской монастыря до 1918 г., и мощи свт. Агафангела (27 сентября 1854 - 16 октября 1928), митрополита Ярославского и Ростовского, Патриаршего Местоблюстителя, священноисповедника Российского.
Сайт Ярославский край; сайт Ярославского Казанского женского монастыря, https://yarwiki.ru/article/132/monastyr-kazanskij-zhenskij-v-yaroslavle; http://yar-kazansky.cerkov.ru