Над собором, во втором этаже, сооружена семинарская церковь во имя ап. Иоанна Богослова. Возникновением своим она обязана преосв. Феофилакту, который имел архиерейское помещение при Семинарии. В Кафедральном соборе, ввиду его ветхости, с 1799 г. службы не производилось, и он даже вышел из городового плана. Поэтому еп. Феофилакт предложил его разобрать, а материалы, равно как иконостас и прочую, для нового собора ненужную, утварь обратить на устройство теплой церкви в семинарском каменном корпусе. В предложении об этом св. Синоду епископ утверждал, что “от сего для общества последует польза такова: когда теплая церковь при семинарии устроится, тогда в зимнее время кафедрального собора священноцерковнослужители могут в ней отправлять священнослужение, а начальствующие семинарии и учители обязаны будут изъяснять в воскресные дни для пользы учащихся в семинарии и посторонних лиц катихизис и св. писание, а студенты богословия говорить проповеди”. 27/29 января 1808 г. состоялось разрешение Синода на осуществление плана еп. Феофилакта, а в 1811 г. церковь была уже готова. До 1852 г. в ней зимою совершали богослужение архиереи, так как до этого года Кафедральный собор был холодным...
Источник: http://emsu.ru/um/excurs/kaluga/malinin2/2.htm#Присутственные места