Впервые Благовещенская церковь была построена в Ростове-на-Дону в 1909 году на пересечении Греческого переулка, ул. Мало-Садовой (ул. Суворова) и пер. Ткачевского (ныне пер. Университетский). Средства на её строительство собирали всем миром. Большую часть пожертвований внес известный в то время владелец табачной фабрики Ахиллес Асланиди. Располагаясь в историческом центре города, церковь долгое время была его неотъемлемым элементом и являла собой место постоянного общения православных. В 1930-е гг. церковь была закрыта. В период немецко-фашистской оккупации верующие вновь открыли храм. В советское время власти города заняли здание церкви и полностью его реконструировали.

Спустя почти 100 лет, 22 сентября 2007 года в Ростове-на-Дону в присутствии Архиепископа Ростовского и Новочеркасского Пантелеимона, представителей духовенства, Администрации Ростовской области, СМИ, греческой диаспоры состоялась торжественная церемония освящения места под строительство Греческой Православной церкви Благовещения Пресвятой Богородицы.

Сегодня в сквере по проспекту Кировскому, 57 идёт строительство храма по проекту ростовского архитектора Г.А. Шевченко. Согласно проекту здание церкви не повторяет свой первоначальный облик. Это будет совершенно новое сооружение в византийском стиле. В память об Алексии II депутат Государственной думы РФ Иван Саввиди выступил с инициативой о возведении памятника Патриарху на территории храма.

Возрождение церкви Благовещения Пресвятой Богородицы в Ростове-на-Дону – момент торжества исторической справедливости, долгожданное событие для всех верующих, которые вновь обретут обитель. Несомненно, здание церкви станет еще одним памятником архитектуры и достойным украшением Ростова-на-Дону.

1 марта 2012 года Указом Главы Донской митрополии Русской Православной Церкви митрополита Ростовского и Новочеркасского Меркурия иерей Александр Назаренко назначен на должность настоятеля православного Прихода Благовещенского греческого храма г. Ростова-на-Дону.

В день Благовещения Пресвятой Богородицы 7 апреля 2012 года в помещении малого храма строящейся Греческой Благовещенской церкви состоялся первый престольный праздник.