История создания женских епархиальных училищ в России началась в 1843 г., а первое епархиальное училище в Сибири открылось в Иркутске в 1853 г. Это были средние учебно-воспитательные учреждения, предназначенные для «образования дочерей православного духовенства». Официальный статус женские духовные школы приобрели в 1868 г., когда был принят «Устав епархиальных училищ», для обучения стали приниматься представительницы и других сословий, но за оплату.
Епархиальные училища готовили учительниц начальных и церковно-приходских школ и «будущих жен священнослужителей» («матушек»). В этих полузакрытых заведениях воспитанницы получали общеобразовательную и общепедагогическую подготовку, вероучительные, медицинские, сельскохозяйственные, швейные и кулинарные знания. Обучение длилось 6 лет, а с 1900 г. были открыты специальные седьмые педагогические классы.
Томское епархиальное женское училище было открыто 14 октября 1884 г. Оно разместилось в двухэтажном с подвалом и мезонином доме, купленном за 25 тыс. руб. у купца Плотникова и соседнем каменном доме, приобретенном за 15 тыс. руб. у госпожи Шумиловой. Первый набор составил всего 60 учениц. С годами потребность в женском духовном образовании увеличивалась, и к началу XX века стал вопрос о строительстве нового здания.
В 1901 г. Совет училищ добился льготной покупки земли под строительство училища – целого городского квартала площадью 3, 9 га в новом районе города – Верхней Елани. Проект разработал архитектор К.К. Лыгин, а расчеты для домовой церкви училища и руководство устройством ее фундамента осуществил А.Д. Крячков.
Строительство здания началось в 1903 г., а через 4 года женское епархиальное училище переехало в новое здание. К этому времени одна часть здания уже была сдана в эксплуатацию, а другая – домовая церковь во имя Покрова Святой Богородицы, как наиболее сложная в конструктивном отношении – достраивалась позже.
Архитектурный комплекс нового епархиального училища включал главное здание с примыкающим дополнительным корпусом. В них размещались собственно училище и канцелярия, просторные рукодельные классы, «пансион» (интернат для воспитанниц), квартиры для «классных дам» и «воспитательниц», физический кабинет «со 118 приборами», рекреационный зал, предназначенный для спортивных занятий, кухня со столовой, баня и машинное отделение, лазарет, начальная церковно-приходская школа.