Первоначальный проект храма был составлен томским губернским и епархиальным архитектором Андреем Константиновичем Македонским. Затем проект был переделан помощником архитектора Альфредом Александровичем Ашемуром: заказчик захотел увидеть постройку более изящной и вместительной. На продольной оси (запад- восток) храма последовательно расположены колокольня, трапезная и основной объем с апсидой. Центральный двусветный объем был перекрыт шлемовидным куполом на круглом барабане, завершенным в свою очередь узкой длинной шеей с луковкой. Купол окружали четыре главки также в форме луковиц. Изящная восьмигранная колокольня завершалась шлемовидным куполом с высоким шпилем. Нарядность постройки подчеркивали полукруглое завершение оконных проемов храма, яруса звона колокольни и арочное же оформление портала (главного входа в храм).
Церковь построена в 1861–1865 годах на средства купца Якова Ивановича Петрова.Первоначально она задумывалась как приходская, но затем жертвователь передал храм возникшей женской общине, которая впоследствии была преобразована в монастырь. В храме имелись иконостас деревянный, крашеный под малахит с золоченой резьбой и резными царскими вратами, иконы, писанные масляными красками на досках (до 50 штук), в алтаре запрестольные икона Божией Матери и Крест под серебряной ризой и иконы масляные на досках (20 штук) и настенные росписи (масло), заклиросная икона в киоте святого Иоанна Златоуста и огромная икона «Нерукотворный образ». На колокольне Иннокентьевской церкви имелось восемь колоколов (из церковной описи 1925 г.).
У северных дверей церкви находилась с 1884 года каменная часовня Домны Томской, причисленной в 1984 г. к Собору сибирских святых и подвижников благочестия. Там же располагалась часовня-памятник во имя преп. Серафима Саровского, сооруженная по проекту архитектора В.Ф. Оржешко в 1912 году над могилой местночтимого старца - иерея Феодора Краснопевцева (+ 18 апреля 1896 г.)
К церкви примыкал монастырский некрополь. Колокола храма первыми встречали чудотворные образы «Спаса Нерукотворного» из села Спасского и «Введения во храм Пресвятой Богородицы» из села Ярского.
В 1920 году Иоанно-Предтеченский женский монастырь был закрыт. Часть насельниц образовала Сельскохозяйственную женскую артель, которая также подвергалась реквизициям со стороны большевиков. С 1923 года при Успенском соборе была создана религиозная община обновленческой ориентации, пользовавшаяся и Иннокентьевской церковью, которая в 1924 году стояла с разобранным иконостасом и бездействовала. На территории монастыря был помещен детский дом, воспитанники которого неоднократно совершали налеты на храмы. Детдомовцами были разбиты стекла и совершены кражи в Иннокентьевской церкви. Обновленческая община не смогла содержать Иннокентьевскую церковь, и постановлением Сибирского краевого административного отдела за от 4 июня 1929 года она была окончательно закрыта. Здание церкви разобрали на кирпичи в 1950-х годах, на месте женского монастыря и прилегавшего к нему кладбища был выстроен студенческий городок.
Справочная книга по Томской епархии. Томск, 1914. С. 57. Олег Безруких, протоиерей. Храмы города Томска. Опыт церковного историко-археологического исследования : дис. на соискание ученой степени кандидата богословия по кафедре церковной археологии Сергиев Посад, Троице-Сергиева Лавра. 2003.
http://старинныехрамы.рф/temples/innokentiya-episkopa-irkutskogo-g-tomsk-1865/
Александр Качалин.