Каменный Казанский храм появился в томской Богородице-Алексиевской обители на излёте второго века её существования. Строили его долго - средств катастрофически не хватало, собирали их всем миром. Томский Богородице-Алексиевский монастырь - одна из старейших русских обителей за Уралом. Считается, что его основали в 1605 году, спустя год после устройства Томского острога. Основали не на нынешнем месте, а в нескольких верстах ниже по течению Томи, у впадения в неё речки Большой Киргизки, отчего и называлась первоначально обитель Усть-Киргизской. Почему монахи поселились вдалеке от военного укрепления - не вполне понятно; вскоре непродуманность этого решения стала очевидна - синодики того времени сохранили сведения о постоянных разорениях монастыря немирным местным населением, сопровождавшихся жестокими убийствами иноков: первый такой набег датируется уже 1614 годом. Да и само место оказалось неудачным - во время первого же весеннего ледохода берег обвалился, погубив только что возведённую деревянную церковь (изначально трёхпрестольную) и прочие постройки. Пострадавший монастырь после этого перенесли повыше, однако обиды от аборигенов и здесь сделали жизнь монахов невыносимой, и, когда в 1656 году очередной деревянный Казанский храм сгорел, было принято решение обосноваться поблизости от острога, на Юрточной горе, что и сделали к 1662 году. Три престола новой деревянной церкви получили прежние посвящения: главный - в честь Казанской иконы Божией Матери, придельные - во имя Алексия, человека Божия, и святых мучеников Флора и Лавра.
К началу ХVIII века церковь совершенно обветшала, и в 1711 году настоятель обители архимандрит Василид освятил новый Казанский храм, опять же деревянный. Жизни этому храму было отпущено чуть больше сорока лет - в 1754 году он сгорел от удара молнии, после чего митрополит Сибирский и Тобольский Сильвестр (Гловацкий) повелел построить новый деревянный храм "на временную нужду", озаботившись меж тем подготовкой к устройству каменной церкви. Последнее оказалось делом нелёгким и небыстрым. Лишь в 1776 году игумен Филофей отрапортовал, что на строительство приобретено сборами 1500 рублей, да кроме того, впредь вызвался помогать деньгами тобольский купец Степан Шевырин. В основу нового храма лёг проект освящённой двумя годами раньше барнаульской Петропавловской церкви, подготовленный московским архитектором Д. П. Макуловым. Проект, правда, значительно переработали - общим остался только план. За работы принялись скоро, и в 1779 году по благословенной грамоте епископа Тобольского и Сибирского Варлаама (Петрова) уже освятили оба придела. Торопились ещё и потому, что в январе 1779 года "от худой печки" сгорела выстроенная "на временную нужду" деревянная церковь и монахи остались вовсе без храма: братии пришлось ходить на богослужения в соседнюю Христорождественскую церковь, что, разумеется, было не очень удобно. Увы, по освящении приделов дело практически встало: средства истощились, а прижимистый Шевырин от обещаний своих отказался... Понадобилось десять лет для завершения строительных и отделочных работ в главном храме: он был освящён игуменом Палладием (Фроловским) лишь в ноябре 1789 года. Освящён с временным иконостасом - капитальный иконостас сооружали ещё долго: тобольские мастера были заняты, томские запрашивали слишком дорого, в конце концов нашли исполнителей в далёком Красноярске. Но трудности на этом не кончились, ведь ещё предстояло возвести колокольню.
Игумен Даниил (Черкасов), управлявший Богородице-Алексиевским монастырём с 1798 года, предпринимал невероятные усилия дабы построить колокольню при храме, однако задача не была решена. Испробовав все средства, настоятель в 1802 году обратился в консисторию с просьбой дозволить ему напрямую просить необходимые три тысячи рублей у императора Александра I, на что последовал решительный отказ - дескать утруждать царя столь мелкими просьбами неудобно, да и Синод запрещает. Вместо этого определили в обитель сборную книгу на три года, отправив сборщиков по Томскому и Енисейскому краям; кроме того, в 1805 году "пустили" в Томске два подписных листа, но сборы шли чрезвычайно туго, а начатая колокольня так и оставалась недостроенной, и монастырю, увы, приходилось стоять без звона ещё долгое время. Дело осложнялось тем, что игумен Даниил задумал устроить в колокольне храм во имя праведного Лазаря, - на это тут же последовал окрик тобольского архипастыря: "Церкви без всякой нужды по прихотям одним дозволить не можно, помещение лучше употребить под кладовую и ризницу", - что, к слову, позже и исполнили. Достраивали колокольню уже при отце Иоанникии (Агишеве), занимавшем место настоятеля обители в первой половине 1830-х годов, однако в большинстве современных источников приводится гораздо более поздняя дата - 1860 год. Возможно, имели место быть ещё какие-то достройки и перестройки. Любопытно, что изготовление в 1863 году колокола весом в 303 пуда для звонницы не обошлось без помощи святого праведного Феодора Томского, чьи мощи ныне почивают в Казанском храме. Последние годы своей жизни Фёдор Кузьмич провёл в Томске, обосновавшись в усадьбе купца С. Хромова, неподалёку от Богородице-Алексиевской обители, и часто посещая Казанский храм. Тогдашний настоятель монастыря архимандрит Виктор (Лебедев) весьма уважал святого старца и не стеснялся обращаться к нему за советом и благословением. Обитель изредка навещали весьма высокие гости - например, в 1891 году здесь побывал наследник престола великий князь Николай Александрович (в недалёком будущем император Николай II), поклонившийся могиле старца Фёдора Кузьмича. В 1904 году над могилой похороненного в монастырской ограде святого праведного Фёдора Кузьмича Томского соорудили каменную часовню (разрушена в советские годы, восстановлена в 1997 году).
Богородице-Алексиевский монастырь томские власти упразднили в 1923 году, однако Казанский храм продолжал действовать в качестве приходской церкви до 1929 года. Насельников обители с её территории изгнали - те переселились в загородный дом архимандритов, стоявший у места впадения в Томь Большой Киргизки, то есть как раз на том месте, где когда-то был основан Богородицкий монастырь. Здесь иноки жили, по сути, под арестом - в 1926 году почти всех их расстреляли на горе Каштак. Казанский храм, лишённый надлежащего ухода, быстро ветшал: по стенам поползли трещины, к 1929 году одна из стен алтарной части рухнула. Совершать богослужения в нём теперь было невозможно. Впрочем, и власти больше не желали видеть действующую церковь в самом центре города - в конце 1929 года Казанский храм был закрыт. Бывшую обитель передали педагогическому училищу и принялись изгонять из неё память о прошлом. Казанская церковь планомерно уничтожалась - на стройматериалы разобрали колокольню, позже последовали новые утраты: к 1980-м годам храм представлял собой, по словам одного из местных журналистов, "обрубок старинного здания с остатками купола". В 1980-х годах обсуждалась идея устроить на территории бывшего монастыря музей. Реализовать её не удалось, однако Казанскую церковь отреставрировали. Частично. Но близились иные времена. Коммунизм пал, отношение к религии изменилось.
В 1992 году храм и часть монастырских построек вернули епархии. В истории древнейшей сибирской обители открылась новая страница. В 1992 году епископ Новосибирский и Бердский Тихон (Емельянов) совершил открытие древнего монастыря - началось его возрождение. Шло оно очень трудно. Не было постоянного наместника, некому было совершать богослужения - за неимением братии, ибо инокам просто негде было жить: келейный корпус вернули обители, лишённой даже разрушенной в советскую эпоху ограды, лишь в 1996 году. По-настоящему о восстановлении Казанского храма и активном благоустройстве монастыря можно говорить лишь с 1999 года, когда обитель возглавил игумен Силуан (Вьюров). Тогда, помимо всего прочего, начались работы и по обустройству приделов Казанской церкви. "Зазвучала" восстановленная храмовая колокольня. 5 июля 1995 года были обретены мощи святого старца Фёдора Томского. Братия сразу же почувствовала помощь святого. И вскоре над монастырём поплыл колокольный звон. Проведены реставрационно-восстановительные работы, постепенно выросла монастырская ограда, заработала монастырская библиотека (её фонд исчисляется десятками тысяч томов), освятили Трёхсвятительский храм, в Казанской церкви появились свои святыни... В сентябре 2013 года полностью благоустренную обитель посетил Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.
Из журнала "Православные Храмы. Путешествие по святым местам". Выпуск №142, 2015 г.