Деревянная одноглавая церковь простой архитектуры. Первоначально — кладбищенская часовня в слободе Николаевке (по некоторым источникам, поставлена на Николаевском кладбище в 1909 г.).
16 ноября 1908 г. на собрании жителей Николаевской слободы был рассмотрен вопрос о постройке в слободе храма. Председателем церковно-строительного комитета Енисейской духовной консисторией был назначен священник Григорий Дьяконов, а членами комитета назначили, согласно указу от 24 сентября за № 6740, жителей Николаевской слободы: Игнатия Прохорова, Сергея Залесского, Порфирия Арискина и Михаила Сухомлинова. 5 декабря 1908 г. председатель и член церковно-строительного комитета по постройке храма в Николаевской слободе города Красноярска обратился в Думу с этой просьбой, которая была рассмотрена только на заседании 14-19 января 1909 г.
Каменный храм заложен 30 июля 1911 г., но за неимением средств строительство сильно затягивалось. Во дворе строившегося храма николаевцы посещали временное помещение, в котором была школа. В 1913 г. был открыт Николаевский приход, который выделился из прихода железнодорожной Спасской церкви при станции Красноярск. Освящение каменной церкви состоялось 21 декабря 1914 г. Она была создана на основе образцового проекта и «привязана» к месту архитектором С. Г. Дриженко. Каменная церковь не сохранилась, к концу 1940-х гг. она была окончательно разрушена.
Николаевская церковь закрыта в 1930-х гг., в ней был размещен физкультурный техникум.
Вновь открыта в 1943 г., первой в городе. Это событие ознаменовало коренной перелом в деле возрождения церковной жизни в крае. 27 февраля 1943 г. в Родительскую (мясопустную) субботу состоялась первая литургия, служил которую протоиерей Алексий Захаров (по другим свидетельствам — архиепископ Лука, известный хирург Валентин Феликсович Войно-Ясенецкий). Теперь уже известно, что после открытия часовни в Николаевке Владыка не служил, а поначалу только молился за богослужениями из-за отсутствия возможности должного ему иерейского сослужения и соответствующего облачения (алтаря не было, и служба совершалась на антиминсе). Дневники потомственного священника Н. А. Климовского позволяют сделать вывод, что уже на Пасху в 1943 г., к радости прихожан, архиепископ Лука возглавил праздничное богослужение. В Николаевской церкви он молился о больных и раненых, готовился духовно к операциям вплоть до января 1943 г. — до своего отъезда из Красноярска в связи с передислокацией эвакогоспиталей и назначением на Тамбовскую кафедру.
В годы Великой Отечественной войны настоятелем Николаевской церкви был Николай Васильевич Попов (после принятия пострига — игумен Иннокентий). В 1943 г. он организовал сбор денег на строительство танковой колонны имени Дмитрия Донского. В 1945 г. Н. В. Попов добился разрешения уполномоченного совета по делам Русской православной церкви приобрести для Покровской и Николаевской церквей «колокола и наружный колокольный звон». В 1948-1949 гг. в Николаевской церкви построены алтарь и притвор. Более она не закрывалась.
https://kerpc.ru/hram/31671
В период с 2014 по 2015 год церковь перестроили, где устроили второй, деревянный придел во имя святителя Луки (Войно-Ясенецкого).
