Загодя, в 1904 г., о. Иоанн получил разрешение быть похороненным в Иоанновской обители. По желанию о. Иоанна в крипте был устроен храм во имя пророка Илии и царицы Феодоры, небесных покровителей родителей Всероссийского пастыря. Он почил в Боге 20 декабря / 2 января 1908 г. и был через три дня погребен в крипте-усыпальнице. Отпевали о. Иоанна митрополит Антоний в сослужении трех епископов, 60 священников и 20 диаконов. Его похороны были самыми многочисленными в те годы.

Подземная церковь-усыпальница, освященная 21 декабря митрополитом Антонием, отличалась богатством отделки в русско-византийском стиле, средства на которую пожертвовала послушница Анна Яковлевна Лежоева, впоследствии казначея монахиня Иоанна (1869-1939). Иконостас, стены и пол были облицованы плитами белого мрамора. Мощи св. прав. Иоанна покоились клиросом под массивной мраморной плитой. На ней был изображен крест, лежало Святое Евангелие. У гробницы находился образ прп. Иоанна Рыльского (академик живописи Н.П. Шаховской, 1911 г., утрачен) с неугасимой лампадой в виде митры. Бывший мраморный одноярусный иконостас теперь восстановлен в дереве.

https://imonspb.ru/monastery/usyipalnitsa/