Свято-Троицкая часовня возведена на площади, где, по распоряжению Императора Петра I, был построен первый в Санкт-Петербурге православный храм - во имя Святой Живоначальной Троицы. Он был заложен через четыре с половиной месяца после основания города - 1 октября 1703 года, в день Покрова Пресвятой Богородицы и дал название первой площади нового города. Впоследствии храм несколько раз горел, но каждый раз восстанавливался, и был одним из символов города. По своему рангу собор считался вторым в Петербурге после Исаакиевского. К нему была приписана часовня в Домике Петра I, где находился чтимый образ Христа Спасителя. Храм был уничтожен советской властью 15 августа 1933 года. На месте разобранного собора в 1956 году построено новое здание (дом 3-5 по Троицкой площади) и разбит газон.
К юбилею города Балтийская строительная компания первоначально планировала построить на Троицкой площади большой храм (высотой 70 м), но реализовать проект не разрешил Научный совет по охране культурного наследия при губернаторе Санкт-Петербурга. Современную часовню решено было строить не на историческом месте храма, а в юго-западном углу сквера на Троицкой площади на пересечении с Петроградской набережной.
8 мая 2002 года на Троицкой площади Митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир в сослужении с духовенством епархии совершил освящение закладки Свято-Троицкой часовни-памятника. Проект храма-памятника был разработан авторским коллективом архитектурного бюро "ЯК", в которое входят Александр Кицула, Алексей Михалычев и Глеб Рыбаков. Этот проект стал победителем конкурса "Мемориальный комплекс - храм-часовня, посвященный первому православному храму Санкт-Петербурга". Храм построен как подарок "Балтийской строительной компании". Надпись славянской вязью по окружности часовни гласит: «Сей храм сооружен в дар к 300-летию Санкт-Петербурга трудами Балтийской строительной компании».
23 мая 2003 года, в дни празднования 300-летия Санкт-Петербурга, состоялась церемония торжественного освящения часовни митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским Владимиром в сослужении с духовенством епархии.
Из интервью с Игорем Найвальтом: "Сначала мы хотели прямо на Троицкой площади, внутри сквера, построить 70-метровый собор с голубыми куполами, но губернатор не разрешил, просто ни в какую. В 2004-м году, в феврале, мы отмечали 10-летие Компании, а в мае того же года освящали храм на Борисовских прудах. Владимир Анатольевич сидит у нас в гостях, видит на экране храм и спрашивает: "А где этот собор?" Я отвечаю: "В Москве". Он пожалел об отказе, разрешил возвести там храм-часовню. В результате здание получилось небольшое, но все равно очень хорошо вписалось в город. Красивая вышла часовня! Вначале проводился конкурс, на который было представлено штук 20 проектов. Выбрали этот, потому что Санкт-Петербург - город морской славы, и в данном проекте это особенно удачно отражено. Мы строили храм с любовью, и хорошо получилось..."
Российская православная газета "Вечный зов", http://www.vzov.ru/2009/10/04.html
