Церковь Николая Чудотворца на Пупышах. Пупышевский пер., 1. Ныне переулок уничтожен - не существует с конца 1950-х гг. Новый адрес: двор дома № 40-42 по бывшей Комиссариатской, ныне набережной Максима Горького
Известна с 1565 г. по пожару. В 1657 г. была деревянной. Каменная заложена в 1690 г. и строилась около десяти лет. Главный престол Смоленской Богоматери известен с 1722 г. В 1731-1735 гг. построена новая колокольня, сделаны оконные решетки и иконостасы. Прекрасное главное паникадило конца XVII в. С 1764 г. в теплой трапезной вместо прежнего Ильинского устроен придел в честь чтимого списка иконы Богоматери "Утоли моя печали" (подлинник, по свидетельству И. Ф. Токмакова, находился в г. Шилове, московский список XVIII в.).
В 1840-х гг. трапезная с приделами и колокольней перестроены архитектором П. Бурениным на средства купца Палшкова; освящение было 10 декабря 1850 г. Впоследствии были устроены два закрытых крыльца при главном храме, а в 1913 г. вызолочены главы. Ограда середины XIX в. В церкви были иконы конца XVII в. и 1730-х гг.
М. М. Сухман полагает, что упоминающийся в Никоновской летописи в 1565 г. храм Николы "на Москве-реке в лугу" есть не церковь Николы на Пупышах, но церковь Николы (Похвалы Богоматери) в Башмакове."Церковь перестроена в 1731-1735 гг. московским гостем П. В. Щеголевым. Обновлялась в 1878 г.
Название "в Пупышах" (на кочках) говорит о том, что здесь была болотистая почва. Для нас эта церковь интересна тем, что на ней с 1788 по 1908 г. включительно делались отметки высоты воды в большие половодья. Руины церкви еще (1958 г.) остались - при этом Сытин, как и в случае с предыдущим храмом, путает дату постройки каменной и деревянной церквей, считая, что в 1686-1690 гг. был поставлен деревянный храм и только в 1731 г. каменный.
При церкви была церковно-приходская школа в собственном доме, построенная и обеспеченная капиталом по завещанию московского купца Вас. Игн. Памикова и Баклановская богадельня, открытая на средства умершего московского купца Ив. Филип. Бакланова для 12 престарелых женщин.
Чудотворная икона Богоматери "Утоли моя печали" принесена в Москву казаками в 1640 г. Вероятно, из-за ветхости иконы с нее была сделана в XVIII в. копия, находившаяся в посвященном ей приделе церкви Николы в Пупышах, а после закрытия ее перенесенная в поныне действующий храм Николы в Кузнецах. В 1932 г. церковь приспособили под общежитие работников конного транспорта. В 1934 г. ее начали разбирать на стройматериалы для Метростроя.
Церковь начали разрушать около 1931 г., но окончательно снесли лишь после войны, при строительстве жилого комплекса в конце 1950-х гг. Тогда же ликвидировали и переулок, застроенный д. № 65 по ул. Полины Осипенко (Н. И. Якушева).
По рассказам старожилов, в 1950-х гг. приезжала целая комиссия на черных машинах осматривать развалины; она обнаружила остатки древней живописи в апсиде. Вскоре после этого церковь окончательно сломали. Ныне на ее месте помойка и пустырь во дворе д. 40-42 по набережной Максима Горького. Местные жители считают, что ступеньки из камня, ведущие на спортплощадку за помойкой посреди двора, остались от трапезной храма.
В Центральном Государственном архиве народного хозяйства сохранился протокол 1948 г. заседания Ученого совета Главного управления охраны памятников архитектуры "о восстановлении и использовании церкви Николы в Пупышах".
Паламарчук П. Г. Сорок сороков. Т. 2: Москва в границах Садового кольца. - М., 1994, с. 643-645