Соборный храм во имя Святого и Праведного Прокопия, Устюжского чудотворца. Вторым после Успенского собора по значению зданием соборного комплекса стала церковь во имя Святого и Праведного Прокопия Устюжского чудотворца (соборным храмом стала с 1683 года), который был похоронен на берегу реки в непосредственной близости к Успенскому собору. Блаженный Прокопий Устюжский чудотворец канонизирован на Соборе 26 февраля 1547 года, умер в 1303 году, день памяти 8 (21) июля. В 1458 году над гробом Прокопия была построена скромная деревянная часовня. В 1471 году часовня была заменена первой деревянной церковью, в честь успешного похода устюжан под Нижний Новгород против казанских татар и освящена в честь покровителей русского воинства Бориса и Глеба, так как сам Прокопий в то время еще не был причислен к лику святых.
Одновременно с функциями культового здания церковь выполняла роль исторического монумента. Это дополнительное мемориальное назначение обусловило и композицию храма, уже в первой своей редакции, очевидно, получившего величественную пятишатровую форму. В 1495 году, после пожара, церковь была отстроена заново и освящена уже на имя Прокопия. Борису и Глебу, а затем и Георгию здесь были выделены специальные приделы. Прокопьевский храм неоднократно страдал от пожаров и разрушений, но каждое новое выстроенное на этом месте здание неизменно сохраняло свою первоначальную композицию "о пяти верхах", которая дошла вплоть до XVII в. и была описана авторами сотной книги 1630 года. В 1649 году после очередного пожара оба придела Прокопьевской церкви (Борисоглебский и Георгиевский) были вынесены на Нижний посад, где при старой Архангелогородской дороге были основаны две отдельно стоящие церкви Борисоглебская и Георгиевская. 23 апреля 1668 года по грамоте Ростовского митрополита Ионы иждивением Афанасия Гусельникова начато строительство каменной Прокопьевской церкви. Строил устюжский мастер Петр Дмитриевич Котельников.
Храм пятиглавый с колокольней на юго-западном углу. На колокольне 10 колоколов, самый большой весом 120 пудов. В 1695 году по приказу устюжского епископа Александра колокольня была разобрана, а стройматериал использован для строительства архиерейского двора. В 1720 - 1724 году были подняты своды Прокопьевского собора, убраны несущие столбы. В 1902 году пристроен придел во имя Тихона Задонского, ризница и трапезная. В храме до сих пор находится гробница с мощами святого Прокопия устроенная в 1833 году. Единственная сохранившаяся после 1917 года гробница устюжского святого. В основании храма заложен черный камень. По преданию, один из камней, выпавших из каменной тучи. Говорят, что на этом камне любил посидеть и поразмышлять Прокопий. Камень, по завещанию Прокопия, венчает его могилу.
Из достопримечательностей Прокопьевского собора следует отметить пятиярусный иконостас с иконами XVII – XVIII века, возведенный, вероятно, после перестройки 1720-1724 годов. В местном ряду иконостаса сохранилось несколько икон XVI – XVII веков, наиболее древней является «Прокопий Праведный в житие». Большой интерес представляет каменный крест с изображением распятия и бога Саваофа вставленный в икону XVII века. 21 марта 1940 года собор закрыт, в 1946 году вновь передан верующим. В 1964 году собор опять закрыт и передан в ведение краеведческого музея, в Прокопьевском соборе разместился филиал музея и планетарий. Рака с мощами святого Прокопия была перенесена в Стефана Пермского кладбищенскую церковь. Через 30 лет в 1994 году прихожанам передан Тихоновский придел Прокопьевского собора. 31 октября 1995 года прихожанам передан весь Прокопьевский собор. Рака с мощами Прокопия Праведного вернулась на свое первоначальное место.
Святой Прокопий Устюжский в житии. 1602 год. Происходит из местного ряда иконостаса Прокопьевского собора. Реставраторы М. В. Романова, Ю. В. Чернова 1987-1990 годы. Великоустюгский краеведческий музей. На тыльной стороне иконы имеется надпись в две строки: «...та 7 110 Июн в 13 д поставил сий образ на Устюге Великом на посаде у целбоноснаго гроба у святаго праведнаг Прок... устюжскаго чюдотворца Никита Григорьев сын Строганов». Порядок клейм: 1. Пришествие св. Прокопия в Устюг; 2. Моление св. Прокопия пред иконой Одигитрии; 3. Св. Прокопий призывает устюжан к покаянию; 4. Устюжане не внемлют словам св. Прокопия; 5. Появление огненной тучи над Устюгом; 6. Моление устюжан в Успенском соборе; 7. От иконы Благовещение исходит миро; 8. Выпадение каменного дождя за городом; 9. Миро от иконы Благовещение подает исцеление; 10. Молитва св. Прокопия у стены Михайло-Архангельского монастыря перед кончиной; 11. Преставление св. Прокопия; 12. Отпевание св. Прокопия; 13. Ратные люди возводят малую церковь над гробом св. Прокопия; 14. Исцеление расслабленного у гроба св. Прокопия; 15. Исцеление бесноватого; 16. Погребение нечестивого слуги наместника; 17. Возведение гробницы на могиле слуги нечестивого; 18. Разрушение гробницы слуги нечестивого; 19. Удаление гроба слуги нечестивого от гроба св. Прокопия; 20. Моление наместника у гроба св. Прокопия; 21. Исцеление расслабленного отрока Пантелеймона; 22. Исцеление от глазной болезни отрока Феодора; 23. Соломония у гроба св. Прокопия; 24. Чудо о расслабленном иерее Доментияне (Рыбаков А.А. Вологодская икона. Центры художественной культуры земли Вологодской XIII - XVIII веков. - М.: «Галарт». 1995.). Каменный крест с изображением распятия и бога Саваофа, вставленный в икону XVII века.
Шильниковская В.П. Великий Устюг. Развитие архитектуры города до середины XIX века. – М.: Стройиздат. 1987. Стр. 246