В 1801 году в селе Малышево была возведена каменная церковь в честь Рождества Христова с приделами в трапезной во имя св. Димитрия Ростовского и иконы Божией Матери «Всех скорбящих радости». Село Малышево находится на левой, луговой стороне реки Дон. В XIX веке жители села, имевшие обширные огороды, славились как искусные огородники, в изобилии поставлявшие в Воронеж огурцы, капусту, картофель.
Расширение храма было выполнено в 1873 году. В 1899 году при церкви была открыта церковноприходская школа.
В начале 1930-х годов церковь Рождества Христова в селе Малышеве была закрыта, но здание осталось неразрушенным.
В 1991 году церковь возвратили верующим. Началось постепенное возвращение храма к жизни. С 1995 года в летнее время в храме начались службы. Церковь находится на высоком пригорке, она видна со всех концов села. Верхние ярусы храмовой части и колокольни полностью восстановлены и оштукатурены. Ведется внутренняя отделка здания.