Храм во имя Преподобного Нестора Летописца был устроен на третьем этаже духовного учебного заведения. Первая Божественная литургия совершена в день памяти Преподобного Нестора Летописца 9 ноября 2014 года, и Богослужения начали совершаться регулярно.
30 октября 2016 года, в Неделю 19-ю по Пятидесятнице, Митрополит Брянский и Севский Александр совершил Чин великого освящения домового храма во имя Преподобного Нестора Летописца Брянского Духовного Училища. Затем Его Высокопреосвященство возглавил Божественную литургию в новоосвященном храме.