В 1847 году жители села Карантинного и соседней Николаевки изъявили желание построить молитвенный дом или церковь в с. Карантинном. В дальнейшем жители Николаевки отказались от какого-либо участия в строительстве. Жители Карантинного приобрели старую деревянную церковь в с. Замьяны, но она оказалось не очень прочной. Тогда 3-й гильдии купец Андрей Ефимович Попов изъявил желание построить новую церковь полностью за свой счет, а приобретенную в с. Замьяны передать под училище в селение Новопавловское.
В апреле 1852 году храм был построен, а также устроен иконостас и приобретена вся необходимая утварь. В этом же году храм был освящен. Храм был деревянный, на каменном фундаменте, холодный, с деревянной колокольней и каменной с деревянным частоколом оградой. Первоначально был однопрестольный. В 1862 году на средства того же купца А.Е. Попова в храме был устроен правый придел, освящённый во имя Апостола Андрея Первозванного, небесного покровителя А.Е. Попова. Придел был теплый, в зимнее время отделялся от главного храма глухой стеклянной дверью. Через некоторое время весь храм был сделан теплым: были поставлены печи, а стены проконопачены.
С января 1895 года начался сбор средств на расширение храма вторым приделом. Помимо церковных сумм и пожертвований сельчан значительная сумма была пожертвована местным крестьянином Гавриилом Ивановичем Алексеевым, который также заказал иконостас для левого придела по образцу правого. В ноябре 1895 года вновь был освящен обновленный правый придел. В марте 1896 года был построен левый придел и освящен в честь Архангела Гавриила, небесного покровителя главного жертвователя Г.И. Алексеева.
В 1907 году храм сгорел, и сельчане приняли решение построить новый каменный храм. В 1907-1908 гг. был подготовлен проект и начато строительство. Как писали современники, храм строился по плану церкви Казанской иконы Божией Матери. Средств не хватало, постройка затягивалась, оставляя большое село без храма. Временно, до постройки нового здания, под храм было обращено здание чайной, принадлежащее обществу крестьян с. Карантинное и Обществу Попечительства народной трезвости. На этом одноэтажном доме был установлен крест, и внутри был устроен иконостас. Спасённый во время пожара престол с антиминсом также был установлен в переделанной под алтарь комнате. Новоустроенный храм был маловместительным.
В 1914 году, благодаря инициативе местного церковного старосты С.С. Рябова, был пристроен к храму деревянный притвор, что значительно увеличило его вместимость. В 1913–1915 гг. был позолочен иконостас, устроены новые большие вызолоченные киоты для икон, а также к потолку храма было прибито написанное на холсте иконописное изображение Господа Вседержителя. После освящения построенного каменного храма здание временной церкви снова было передано сельской управе. В советское время здесь был устроен клуб, а позже, из-за разрушения берега, здание ушло под воду.
Строительство же нового храма было закончено только в 1915 году, а в 1916 году прошло освящение главного престола в честь Архангела Михаила. Боковые приделы – в честь Архангела Гавриила и Апостола Андрея Первозванного – освящены были в 1917 и 1918 гг. Храм был пятиглавый, выстроенный в форме креста, с богато декорированным фасадом. Рядом с храмом располагалась колокольня, колокола на которую были подняты уже в начале 1920-х годов.
В 1934 году храм был закрыт и разобран, а кирпич пошёл на строительство многих учреждений. На месте храма был воздвигнут дом-интернат для умственно отсталых детей.
По материалам книги: Астрахань. Храмы и монастыри / Авт.-сост. Иосиф (Марьян). – Астрахань, 2002. – С. 269-271.