Изначально это была южная угловая башня монастыря, церковь здесь была устроена в 1763 г., при Астраханском епископе Мефодии (1758-1776 г.г.) и освящена в честь преподобного Илариона Великого. Работы по её устройству выполнялись на средства самого епископа в память о его дяде, епископе Иларионе (1731-1755 г.г.), бывшем перед ним Астраханским архиереем. Примерно в это же время, в 60-х г.г. 18 в., епископом Мефодием в северо-восточной башне был устроен другой храм – в честь Святителя Мефодия, патриарха Цареградского, небесного покровителя владыки (ныне в этом месте располагается Екатерининская церковь).

К середине 19 в. храм сильно обветшал, а у самого монастыря денег на его восстановление не было. Астраханский купец Иоаким Андреевич Репин выразил желание восстановить храм на свои средства при условии: чтобы церковь эта была переименована в честь святой великомученицы Варвары, в память его умершей супруги, а под храмом был устроен фамильный склеп для членов семейства Репиных. Астраханский архиепископ Афанасий (Дроздов) согласился на это предложение, разрешил переименование и устройство склепа. В том же 1867 г. храм был отремонтирован и заново освящён, став Варваринским. Для храма на средства купца И.А. Репина был устроен новый иконостас, а сам храм расписан священными изображениями.

В 1893 г. в южных келиях произошёл пожар, в результате чего пострадал и Варваринский храм (в особенности его иконостас). Отремонтирован он был на пожертвования того же самого купца Репина.

В советское время убранство храма было утрачено. К началу ХХ в. бывший храм использовался для нужд больницы, здесь, как и в южном корпусе братских келий, находились больничные палаты. На данное время положено начало восстановлению храма.

Небольшой теплый храм решен в стиле «нарышкинского» барокко, главное его украшение - алтарь, который перестроен из угловой башни увенчанной шатровой крышей. Трапезы церковь не имела и соединялась прямо с южным корпусом братских келий. Под храмом размещался склеп для членов семьи Репиных.

http://www.love-astrakhan.ru/sgt.php?action=view&id=100000235