Первый храм на этом месте был устроен при Астраханском епископе Мефодии в 1763 году как северо-восточная башня. Церковь была освящена в честь святителя Мефодия, патриарха Цареградского. Со времени возведения храм подвергся нескольким перестройкам, изменившим его облик, а к середине 19 века он настолько обветшал, что совершение богослужения в нём было сопряжено с опасностью для жизни людей. Поэтому он был закрыт и встал вопрос о его разборке.
В 1876 году скончалась почётная астраханская гражданка Екатерина Фёдоровна Башкина. В своём духовном завещании она пожелала выстроить в Покрово-Болдинском монастыре особый храм в честь её небесной покровительницы – великомученицы Екатерины, куда должны были перенести и её прах. Для сооружения храма и для обеспечения его будущего благосостояния был оставлен значительный капитал. Выстроить новый храм было решено на месте старой Мефодиевской церкви.
Душеприказчик Е. Ф. Башкиной коллежский секретарь Иван Григорьевич Чудновский взялся за постройку храма, которая была завершена к 1894 году. Но в построенном Чудновским храме было обнаружено множество изъянов, поэтому он был полностью разобран. Новое строительство было начато благодаря инициативе архимандрита монастыря Митрофана (Землянского).
Храм был закончен только в 1908 году и освящён 8 июня, в день празднования 200-летней годовщины со дня основания Покровской обители. Это событие отразилось на наименовании нового храма. Храм был освящён Астраханским епископом Георгием (Орловым) в честь Святителя Мефодия, патриарха Цареградского, небесного покровителя астраханского епископа Мефодия, построившего первый храм на этом месте; в честь преподобного Сампсона Странноприимца, небесного покровителя астраханского митрополита Сампсона, основавшего эту святую обитель, и в честь великомученицы Екатерины, небесной покровительницы купчихи Е. Ф. Башкиной, на средства которой был выстроен новый храм. В советское время внешний вид храма был искажен, а его внутреннее убранство утрачено.
В 1970-х годах на территории бывшего монастыря расположилась 1-я городская туберкулёзная больница, ныне это противотуберкулезный диспансер. В помещении церкви располагалась больничная лаборатория и больничный архив. В настоящее время на храме восстановлена луковичка с крестом. 6 июля 2012 года, в день памяти священномученика Митрофана (Краснопольского), в Екатерининской церкви был отслужен молебен, а 11 мая 2013 года здесь состоялась первая после закрытия монастыря Божественная литургия. Положено начало восстановлению церкви...
Храм выстроен в псевдорусском стиле, без трапезы, имеет небольшие размеры, поэтому напоминает часовню. Изначально он имел следующий облик: церковь завершал железный шатровый верх с блестящим, вызолоченным через огонь восьмиконечным крестом и таким же «яблоком». Такие же кресты и «яблоки» меньшего размера находились на устроенных соответственно частям света четырёх боковых фронтонах. В юго-восточной части алтаря имелись широкие двери, ведущие вниз, в склеп, где покоилась храмоздательница Е. Ф. Башкина. В склепе была поставлена икона великомученицы Екатерины, перед которой постоянно горела неугасимая лампада.
http://www.love-astrakhan.ru/sgt.php?action=view&id=100000234
