Первоначальная деревянная Сергиевская церковь была заложена на Троицком мысу 6 июля 1678 года и освящена 23 сентября 1680 года.
Известно, что в середине 80-х годов XVII века в ней находились тела покойных Сибирских архиереев: Макария, Герасима, и Корнилия, которые оставались там до освящения Софийского собора в 1686 году. Каменные Святые ворота с Сергиевской церковью строились два года и были освящены в 1688 году. Деревянный храм был разобран.
"Летопись Сибирская" сообщает: "Филофей (Лещинский, еп. Сибирский) охотник до театральных представлений, славныя и богатыя комедии делал, и когда должно на комедию зрителям собиратца, тогда он, владыко, в соборные колокола на-собор благовест производил; а театры были между Соборною и Сергиевскою церквами к взвозу, куда народ сбирался".
8 мая 1705 года, во время одного из таких представлений, поднялась сильная буря и порывами ветра "сломила с Сергиевской церкви верх весь с маковицею и крестом", в то же время "сломило и над алтарем соборной церкви крест". Несмотря на то, что огонь нередко врывался в кремль внезапными ураганами и производил истребление соседних зданий, Святые ворота с Сергиевским храмом оставались целы. Лишь пожар 1733 года, начавшийся в архиерейском доме, нанес им незначительные повреждения.
К концу 1750-х годов Сергиевская церковь стала разрушаться "по той причине, что основана на вратех, в такой опасности состоит, что преклонна пасть, почему теми вратами и ходить крайне опасно, дабы кого, в случае во оные врата преходящих, падением повредить не могла".
7 февраля 1759 года Сибирский митрополит Павел (Конюскевич) приказал: "Для показанных и всем видимых опасностей, а ко укреплению нерозыскания отнюдь способностей, вышеозначенное строение до основания надлежит снесть , а для пребудущего строения новой чертеж и модель устроить, и материал потребный заготовлять, дабы все впредь в лутчее, безопасное и вместительное по порядку состояние было приведено".
В сентябре 1759 года был составлен Акт "по снесении вышеобъявленного ветхого строения". В этом документе фундамент Святых ворот описан так: "глубины два аршина шесть вершков, ширины три аршина, стена два аршина с половиной, а бут непрочной затем, что сыпан самой мелкой мусор и без заливки, а битые сваи под ним все согнили". Вопрос о приготовлениях к постройке нового здания ворот вскоре был забыт.
В процессе реставрации архиерейского архитектурного комплекса Тобольского кремля, начавшейся в 2007 году, надвратная церковь во имя прп. Сергия Радонежского была построена заново. 8 октября 2011 года в храме состоялась первая Божественная литургия.
20 апреля 2013 года архиепископом Тобольским Димитрием (Капалиным) было совершено Великое освящение восстановленного храма. Росписи в храме были выполнены преподавателями и учащимися Тобольской иконописной школы. Украшением храма является басменный иконостас в древнерусском стиле.
https://drevo-info.ru/articles/22081.html
