Храм в честь Воздвижения Честнаго и Животворящего Креста Господня первый встречает всех прибывающих с юга по реке в город. Он стоит на возвышенном островке среди низкой, болотистой местности, недалеко от берега Иртыша. Искусственный холм, на котором должна была разместиться усадьба купцов Медведевых, была пожертвована владельцем храму.
В 1753 году, через 100 лет после строительства в этом месте первого деревянного Крестовоздвиженского храма, по прошению прихожан, был заложен каменный храм в два этажа. Строительство храма шло небыстро: так как церковь строилась на средства прихожан, денег не хватало. Поэтому строительство проходило в несколько этапов. В 1761 году, по просьбе священника о. Иоанна (Бурцова) и старосты Дягилева, Митрополит Тобольский и Сибирский Павел (Конюскевич) разрешил освятить нижний храм, постройка которого была завершена. Через 10 лет был освящен в честь Покрова Пресвятой Богородицы и украшен пятиярусным резным золоченым иконостасом храм второго этажа. В 1784 году было завершено строительство каменной колокольни, вместо старой, деревянной. В 1789 году верхний храм был украшен лепниной, а в 1790 году построили двухэтажный притвор с широкой, нарядной лестницей.
Всего в храме было три престола: в честь Воздвижения Честнаго и Животворящего Креста Господня, в честь Покрова Божией Матери и во имя праведного Симеона Столпника. К приходу церкви относились четыре деревни на левобережье и часовня святого Александра Невского.
Уже издали, при подходе к церкви, ощущается торжественный и в то же время изысканно-легкий образ. Благодаря высокому шпилю колокольни и эффектному фигурному завершению верха церковь обладает особенно выразительным силуэтом.
К концу 1930 года в городе Тобольске в силу вступило распоряжение советских властей о закрытии многих храмов города. Репрессии не обошли стороной и Крестовоздвиженскую церковь. Как и все церкви Тобольска, она была закрыта, имущество и ценности были конфискованы. Примечательно, что в 50-х годах XX века храм пытались лишить крестов. Но даже трактор не смог сорвать тросом крест со шпиля колокольни храма. Трос не выдержал перенапряжения и мороза, лопнул и, отлетев, смертельно ранил крепившего его на кресте рабочего. Пострадавший скончался в больнице, а крест так и остался на своем месте, хотя и погнутый. Сам храм до 1961 года периодически использовался для хозяйственных нужд.
А в 1961 году Крестовоздвиженская церковь вошла в состав Тобольского историко-архитектурного музея-заповедника. Но уже в 1965 году она была передана музеем в аренду ОРСу-2 Главтюменьнефтегазстроя, и в течение 19 лет, т. е. до 1984 года, в здании церкви хранились овощи. Приведя храм в аварийное состояние, ОРС-2 оставил здание в покое.
С 1990-х гг. разрушающаяся Крестовоздвиженская церковь находится в безхозном состоянии. В настоящее время епархия начала реставрационные работы.
Тобольско-Тюменская епархия http://www.tobolsk-eparhia.ru/p/blag/php/place.php?id=tob&id1=3&id2=3