Церковь С.-Петербургского университета помещается в середине здания 12 коллегий, в котором Петр I предполагал сосредоточить все высшие правительственные места государства российского, находящегося на восточной оконечности Васильевского острова, между Биржей, Академией наук и Павловским военным училищем. Вся эта местность до 1723 г. представляла собою глубокое и непроходимое болото.
В 1723 г. Петр повелел «архитектору с.-петербургской фортификации Трезину» выводить здесь фундамент под 12 коллегий с аудиенциею и сенатом… Трезин приступил к работе по чертежу, им составленному и утвержденному государем. Ценность постройки по смете архитектора предполагалась в 117 567 руб. 48 коп., но Петр I не дожил до окончания здания.
В 1727 г. здание было выведено под крышу, а остальная отделка продолжалась до половины XVIII ст. С возведением нынешних зданий Синода и Сената дом 12 коллегий получил окончательное свое назначение, а после перестройки его в 1836-37 гг. здесь помещены С.-Петерб. университет и главный педагогический институт. При этом в здании была устроена и церковь…
Нынешняя университетская церковь, устроенная тщанием местного начальства в 1836-37 гг., находится в верхнем этаже, над главным входом. На устроение ее израсходовано 27 00 руб. асс., а на написание икон назначено 10 000 руб. асс.; но из этой суммы на церковь употреблено только 14 000 руб. асс., остальное же устроено усердием с.-петерб. 3 гильдии купца Василия Андреевича Пивоварова, пожертвовавшего на церковь более 24 000 руб. асс.
Храм университетский однопрестольный, во имя ап. Петра и Павла. Антиминс его священнодействован 1836 г. 29 ноября преосв. Венедиктом, а подписан митроп. Серафимом. Планы и разрезы храма составлены архитектором Щедриным. Комитет о постройке храма предполагал посвятить его св. ап. Петру, в память Петра Великого, положившего начало зданию 12 коллегий, но император, утверждая план 12 апреля 1836 г., приказал освятить церковь во имя ап. Петра и Павла. Храм освящен 29 июня 1837 г. присутствующим в Синоде преосв. Нафанаилом, епископом Псковским.
В храм ведут три двери: одна - с главного входа, от Биржи, другие боковые - из комнат университетских. Притвор составляет площадка в три окна, огражденная со стороны лестницы железною решеткою. Сам храм состоит из трех отделений: собственно церкви - в шесть окон, алтаря – в два окна и ризницы – в одно окно, отделенной от алтаря деревянною, оштукатуренною стеною. Иконостас каменный, обделанный под белый мрамор, царские врата деревянные, прорезные, вызолоченные; престол и жертвенник дубовые, вышина их обоих 1 арш. 6 верш., длина и ширина 1.5 арш. Колокольни и колоколов не имеется. Иконы в иконостасе, иконы 12 праздников и ап. Петра и Павла писаны частью на медных, частью на кипарисных досках академиком Петром Шамшиным. За написание их заплачено Шамшину 8 200 руб. асс…
Документы при церкви хранятся следующие: клировые ведомости, метрические и исповедные книги с 1827-28 гг.; обыскная книга, выданная в 1853 г., по возвращению в консисторию прежней, выданной в 1827 г.; опись церковного имущества, составленная в 1838 г.
Нельзя не упомянуть здесь о тех лицах, которые, нося звание ктитора университетской церкви, много содействовали ее устройству и приведению в благолепный вид. Первым ктитором был купец Василий Андреевич Пивоваров, определенный 6 ноября 1837 г. и за свои пожертвования награжденный несколькими медалями и крестами. Когда В.А. Пивоваров, по собственному его прошению, уволен был от должности ктитора, его место 11 апреля 1858 г. занял фридрихсгамский купец Сергей Сергеевич Козлов, награжденный за свои пожертвования золотой медалью. Причт получает жалование, квартирные деньги и отопление, церковный доход простирается до 300 руб. сер. в год.
Приход университетской церкви прежде составляли студенты, начальство, преподаватели и должностные лица, состоявшие при университете и главном педагогическом институте, а также многие обыватели, жившие вблизи университета. Когда студенты, вместо казенного помещения, стали получать стипендии и жить на частных квартирах, тогда они перестали быть посетителями университетской церкви.
6 апреля 1841 г. в 9 часу утра случился пожар, который был тотчас прекращен, и служба в церкви продолжалась, но он произвел немало убытков и повреждений в предметах церковной утвари. По приблизительному расчету убыток от пожара простирается до 3000 руб. асс. Убыток от пожара был возмещен усердием старосты, купца В.А. Пивоварова.
«Историко-статистические сведения о С.-Петербургской епархии» Выпуск 6, Санкт-Петербург, 1878 г., в синодальной типографии.