На углу 12-й линии и Большого проспекта Васильевского острова в 1862 была открыта 7-я гимназия, разместившаяся в бывших служительских казармах Морского корпуса. Через десять лет ее преобразовали в реальное училище, которое в 1874 окончил писатель В. М. Гаршин.
В 1890-1891 к училищу по 12-й линии по проекту А. Н. Иоссы был пристроен трехэтажный директорский флигель, где на верхнем этаже епископ Ладожский Николай 23 ноября 1891, в день храмового праздника, в присутствии министра просвещения, освятил домовую церковь, посвященную спасению Императорской семьи в Борках. Она была посвящена также памяти свт. Митрофана Воронежского.
Стены храма, состоявшего из двух помещений, были отделаны под белый мрамор, трехъярусный белый с золотом иконостас вырезал из сосны С. А. Абросимов, образа написали в Вохонском монастыре, а запрестольный витраж исполнил акад. Н. П. Шаховской. Весь интерьер был выдержан в русско-византийском стиле. Серебряную утварь и бронзовое паникадило поставила фирма И. Е. Морозова, колокола - завод В. М. Орлова.
После того как афонский схимонах Иннокентий (Сибиряков) - сибирский золотопромышленник, принявший монашество, - пожертвовал храму 10 тыс. руб., в нем был создан и 19 ноября 1893 епископом Нарвским Никандром освящен придел новопрославленного свт. Иннокентия Иркутского (иконостас по проекту Иоссы). В день его праздника в храме собирались жившие в столице сибиряки. Через три года при училище возникло одноименное православное братство, имевшее близ станции Перкиярви (Кирилловское) Финляндской железной дороги дачу с Сергиевской церковью.
Перестройка и надстройка здания училища в 1900-1901 арх. В. А. Косяковым церкви не коснулись.В храме имелась старинная икона Казанской Божией Матери в богатой ризе с вложенным в нее крестом со св. мощами. Славился на всю округу церковный хор под руководством К. К. Бирючева.Весной 1918 при прот. Викторе Михайловиче Смирнове, служившем с 1900, богато убранный храм был закрыт, а в следующем году ликвидирован, причем часть вещей передали в Андреевский собор.
Сейчас переделанное внутри здание принадлежит Морскому корпусу им. Петра Великого.
Антонов В. В., Кобак А. В. Святыни Санкт-Петербурга. - СПб., 2010, с. 206-207