«…В 1859 году, согласно проекту архитектора А. П. Шахларева, под Свято-Троицким собором вместо построенной в 1753 году над местом погребения преподобного Германа каменной часовни была выстроена церковь. Западный фасад церкви на 4 метра выступает из фасада Троицкого собора.
Двускатная кровля церкви Преподобного Германа покрыта листовым железом. До начала ХХ века главка церкви была также покрыта железом и окрашена в голубой цвет. Восьмиконечный крест был вызолочен червонным золотом. Церковь была восстановлена в 80-е годы ХХ века. При реставрации луковичная главка церкви покрыта медью, крест поставлен деревянный.
Под кровом церкви Преподобного Германа были объединены места древнейших захоронений. Первой появилась на этом месте часовня над местом погребения мощей преподобного Савватия, перенесенных преподобным Зосимой из селения Сорока в 1465 году. Затем, в 1484 году, поблизости было погребено тело преподобного Германа, перенесенное братией с места погребения на берегу реки Свирь. Деревянная часовня преподобного Германа упоминается в описи 1668 года. В ней 5/18 июня 1663 года было погребено, согласно завещанию, тело святителя Маркелла, архиепископа Вологодского.
В 1753 году на месте деревянной часовни была построена каменная «четвероугольная с осмериком», причем места погребений были в ней отмечены вделанными в стены белокаменными плитами с надписями. После строительства каменной церкви эти плиты были установлены на ее стенах. Они упоминаются в описи 1866 года: «В церкви находятся три высеченные на камнях подписи: 1-я на южной стороне "О преставлении Преподобного Германа", 2-я на северной стороне "о преставлении Преподобного Савватия" и 3-я "о преставлении Маркелла Архиепископа Вологодского, бывшего Игумена Соловецкого"». Плита, сохранившаяся над местом погребения преподобного Германа, хорошо видна на фотографии конца XIX века.
Поставленный после Маркелла игумен Илия, преставившийся 1 июля 1659 года, был погребен рядом с деревянной часовней с восточной стороны.
26 июля 1819 года также с восточной стороны от часовни преподобного Германа был похоронен прах старца Феофана, преставившегося ко Господу 75 лет от роду. После того как на этом месте была построена церковь, могила его оказалась перед иконостасом, против местного образа Божией Матери, у царских врат.
Престол церкви Преподобного Германа был освящен 24 мая 1860 года преосвященным Александром, епископом Архангельским и Холмогорским. Святой антиминс на желтом атласе священнодействован 3 мая 1859 года также преосвященным Александром. Иконостас был одноярусный из окрашенного дерева, а рамы около икон вызолочены червонным золотом по полименту. Полы были настланы белой каменной плиткой, солея и алтарь возвышались на одну ступень (15 см).
В церкви справа от входа стояла бронзопосеребренная рака на месте, где под спудом покоились мощи преподобного Германа до их изъятия в 1925 году. «Рака над мощами Преподобнаго Германа Соловецкаго Чудотворца... близ южной стены, на деревянном помосте, медная, посеребренная, на четырех ножках, вышиною с крышею 20, длиною 48,5, шириною 19,5 вершков (89х215х87 см), на крыше чеканкою изображен Преподобный во весь рост, на нем одежда вызолочена; на боках: на южной стороне преставление, на северной пренесение мощей Преподобнаго, на восточной водружение Креста на Соловецком острове - изображены чеканною работою, на западной стороне молитва Преподобному Герману резная, на углах раки Херувимы и накладки золоченые, чеканной работы... На раке икона Преподобнаго Германа, длиною 8,25 вершков (37 см), на ней венец чеканной работы, серебряный, золоченый... с трех сторон поля серебряныя, басменныя, позлащенныя».
Церковь Преподобного Германа не отапливалась, в ней в летнее время служили ранние заупокойные литургии по заказу богомольцев. Во время СЛОНа церковь была разорена, по крайней мере к 1925 году, когда производилось «изъятие» мощей преподобного Германа. По свидетельству Д. С. Лихачева в церкви находился продуктовый ларек для заключенных, а по свидетельству Геннадия Русского - карцер.
Надгробные плиты, находящиеся во дворике перед церковью Преподобного Германа, положены в нынешнем порядке в 2002 году. Первоначально они располагались над захоронениями внутри монастыря или на монастырском кладбище…»
Из книги: Никона (Осипенко), монахиня. Соловецкая обитель: история и святыни: книга паломника / [Никона (Осипенко), монахиня]; Спасо-Преображен. Соловец. ставропиг. муж. монастырь. - Соловки: Издание Соловецкого монастыря, 2017, стр. 449-451.